序号

主　　　要　　　 内　　　 容

1

项目名称： 分子病理数据分析管理系统

2

调研报名时间： 2024 年6月28日至7月5日 (节假日除外)8：00-12：00或14：00-17：30(北京时间）

调研会时间： 2024 年7月 12日 9:00

3

文件正本*份,副本*份胶装并密封加盖投标人公章。文件未胶装将视为无效。

4

文件递交处： (略) (略) 网络技术中心

5

上述时间、地点如有变动，以单位届时通知为准。

6

采购报名、采购调研等采购过程中有任何异议， (略) 监督科室。电话：*-8407；*-8467。

合同包

名 称

数量

预算（万元）

（一）

分子病理数据分析管理系统

1

70

序号

项目

技术参数要求

1

数据集成与管理

（1）系统支持连接各平台测序仪，下机原始数据自动上传至统一的存储服务器：自动化实现测序仪下机数据的存储与迁移。

（2）根据提供的项目号对原始的下机数据进行自动化的程序拆分，并且自动对接至各个试剂盒项目，实现下机文件的推送，支持后续新项目的增加。

（3）支持按批次自动进行下机数据的上传。可以将数据进行对接上传，支持SAMBA、NFS协议，实现跨服务器数据的自动拷贝、传输及共享。

（4）实现自动化fastq质控分析文件的对接，并且针对不同试剂盒厂商的不同类型的质控文件的识别，自动化对接不同试剂盒厂商的结果文件（excel、tsv、csv等），并生成需要且统一的报告格式。

2

芯片管理

（1）系统支持湿试验记录管理：湿实验记录表的上传（Excel格式）、和查看功能，从分子病理质控管理系统同步湿实验记录，支持模板文件的下载功能。

（2）根据湿实验记录来拆分测序仪下机的原始FASTQ文件，支持下机数据再次拆分功能。

（3）支持分析需求表管理：根据湿实验记录直接生成记录表

（4）支持自动获取一级拆分的质控结果，并根据规则对整个芯片的质控做初步判断。查看芯片整体的质控结果，下载芯片质控结果（Excel格式）。

（5）支持查看质控品的质控信息，质控信息支持SNP/INDEL，FUSION，CNV，TMB，MSI等多个层面。

（6）支持测序仪器的基本管理，用于记录不同测序仪下机数据规则信息，包括机器编号，平台等。

3

样本分析

（1）系统支持分析流程的基本管理，配置流程的名称、编码、样本类型、PANEL、启动命令等。支持分析流程在SGE计算集群中运行，能够通过页面对分析任务进行查看和启动分析，可以让项目对应的分析流程在计算服务器上启动或关闭。能够跟进设定的规则，自动启动符合条件的分析任务。

（2）支持对分析流程进行查看，可以监控现在分析任务执行状况，如起止时间、任务状态等。

（3）支持分析任务的终止操作，对于终止的分析任务能够进行恢复操作，让任务重新执行。

（4）对分析的质控结果进行查看，判断质控指标是否吻合指标，质控失败可查看相关信息。

（5）支持质控预警提示，根据不同二代测序分析流程制定相应的质控指标，质控不满足时能够显著标识提醒用户，以方便对分析任务进一步操作。

（6）支持查看分析流程输出结果目录及文件信息，可以获取相关具体分析结果的文件内容。

4

分子报告管理

（1）系统支持样本信息的手工单个创建。支持样本信息的文件导入，支持上传模板文件的下载功能。 (略) 信息对接，通过接口获取样本信息。

（2） (略) 自建项目及试剂盒厂商的结果文件或接口，基于不同的试剂盒进行不同结果类型文件的数据对接。

（3）支持对位点信息进行预览、查询、审核，并撰写解读信息等相关位点信息的操作。提供位点常用检索功能，以便快捷找到所需位点。支持位点审核阳性判别标准提示功能。支持SNV/INDEL，CNV（含图片）、FUSION、TMB、MSI、HLA和化疗数据。

（4）支持位点信息直接跳转至基因组浏览器网页工具在线浏览，便于用户直接判断位点的准确性。

（5）支持二代报告基于位点信息自动生成文案，报告编辑及预览功能。对报告基本信息的修改以及报告需要信息的补充。

（6）需要推送工作站的报告进行审核及签发。支持报告撤回，重新对报告的审核和编辑操作，再次发送报告。报告归档功能，归档之后报告数据不允许更改，只能查看。归档报告的撤回功能，以便于对报告再次进行调整。

4

分子报告管理

（7）对接分子病理质控管理系统，获取患者及医嘱信息，并回传二代测序检测结果或报告。

（8）针对不同的二代测序项目定制二代测序检测报告模板，支持对不同试剂盒的检测报告格式的信息对接。

（9）支持对位点结果数据的保存，在新项目位点操作的时候可以对位点结果库进行调取，实现半自动化的位点结果解读。

（10）对完成项目的位点信息和报告信息进行自定义化查询、检索和汇总获取需要的相关位点信息。

（11）支持对报告进行ICDO编码标注功能。

5

接口对接

（1）支持与测序仪、存储服务器、分析服务器相关信息对接。

（2） (略) 内的病理系统及分子病理质控管理系统获取相关的信息，在报告完成后将报告回传。支持报告所需医嘱、患者诊疗信息的获取。支持湿实验记录的获取。支持报告回传。回传报告前的签名系统的对接。

（3） (略) 要求开放系统接口用于对接。

6

查询和统计

（1）支持对样本信息的综合查询：根据多种组合条件查询样本信息，便于获取需要的特定样本项目。

（2）突变位点的查询与统计：根据基因、位点、时间段等条件相关信息进行查询，并统计样本数量等日常查询统计功能。

（3）支持日常使用报表的直接导出，可以按照预设的统计条件生成常规报表，如质控统计报表、样本分析报表等。

7

系统管理功能

（1）支持多层次的权限管理：可通过设定不同的角色来设置系统使用权限，对不同权限进行细分。按照菜单、按钮、试剂盒等来设置内容权限。

（2）支持用户添加、修改用户登录密码的功能。为用户配置权限角色。

（3）支持医生的增加、修改和删除功能。能够在报告页面选择医生。

（4）操作日志记录：对用户操作记录详细的日志，并提供在线查看便于用户的项目操作进行回溯。

（5）对系统产生的数据定期自动备份，数据包括测序仪下机数据、分析流程输出的vcf、tsv、excel数据，位点数据、解读数据等。

序号

项目名称

数量

品牌及型号

1

2

序号

主　　　要　　　 内　　　 容

1

项目名称： 分子病理数据分析管理系统

2

调研报名时间： 2024 年6月28日至7月5日 (节假日除外)8：00-12：00或14：00-17：30(北京时间）

调研会时间： 2024 年7月 12日 9:00

3

文件正本*份,副本*份胶装并密封加盖投标人公章。文件未胶装将视为无效。

4

文件递交处： (略) (略) 网络技术中心

5

上述时间、地点如有变动，以单位届时通知为准。

6

采购报名、采购调研等采购过程中有任何异议， (略) 监督科室。电话：*-8407；*-8467。

合同包

名 称

数量

预算（万元）

（一）

分子病理数据分析管理系统

1

70

序号

项目

技术参数要求

1

数据集成与管理

（1）系统支持连接各平台测序仪，下机原始数据自动上传至统一的存储服务器：自动化实现测序仪下机数据的存储与迁移。

（2）根据提供的项目号对原始的下机数据进行自动化的程序拆分，并且自动对接至各个试剂盒项目，实现下机文件的推送，支持后续新项目的增加。

（3）支持按批次自动进行下机数据的上传。可以将数据进行对接上传，支持SAMBA、NFS协议，实现跨服务器数据的自动拷贝、传输及共享。

（4）实现自动化fastq质控分析文件的对接，并且针对不同试剂盒厂商的不同类型的质控文件的识别，自动化对接不同试剂盒厂商的结果文件（excel、tsv、csv等），并生成需要且统一的报告格式。

2

芯片管理

（1）系统支持湿试验记录管理：湿实验记录表的上传（Excel格式）、和查看功能，从分子病理质控管理系统同步湿实验记录，支持模板文件的下载功能。

（2）根据湿实验记录来拆分测序仪下机的原始FASTQ文件，支持下机数据再次拆分功能。

（3）支持分析需求表管理：根据湿实验记录直接生成记录表

（4）支持自动获取一级拆分的质控结果，并根据规则对整个芯片的质控做初步判断。查看芯片整体的质控结果，下载芯片质控结果（Excel格式）。

（5）支持查看质控品的质控信息，质控信息支持SNP/INDEL，FUSION，CNV，TMB，MSI等多个层面。

（6）支持测序仪器的基本管理，用于记录不同测序仪下机数据规则信息，包括机器编号，平台等。

3

样本分析

（1）系统支持分析流程的基本管理，配置流程的名称、编码、样本类型、PANEL、启动命令等。支持分析流程在SGE计算集群中运行，能够通过页面对分析任务进行查看和启动分析，可以让项目对应的分析流程在计算服务器上启动或关闭。能够跟进设定的规则，自动启动符合条件的分析任务。

（2）支持对分析流程进行查看，可以监控现在分析任务执行状况，如起止时间、任务状态等。

（3）支持分析任务的终止操作，对于终止的分析任务能够进行恢复操作，让任务重新执行。

（4）对分析的质控结果进行查看，判断质控指标是否吻合指标，质控失败可查看相关信息。

（5）支持质控预警提示，根据不同二代测序分析流程制定相应的质控指标，质控不满足时能够显著标识提醒用户，以方便对分析任务进一步操作。

（6）支持查看分析流程输出结果目录及文件信息，可以获取相关具体分析结果的文件内容。

4

分子报告管理

（1）系统支持样本信息的手工单个创建。支持样本信息的文件导入，支持上传模板文件的下载功能。 (略) 信息对接，通过接口获取样本信息。

（2） (略) 自建项目及试剂盒厂商的结果文件或接口，基于不同的试剂盒进行不同结果类型文件的数据对接。

（3）支持对位点信息进行预览、查询、审核，并撰写解读信息等相关位点信息的操作。提供位点常用检索功能，以便快捷找到所需位点。支持位点审核阳性判别标准提示功能。支持SNV/INDEL，CNV（含图片）、FUSION、TMB、MSI、HLA和化疗数据。

（4）支持位点信息直接跳转至基因组浏览器网页工具在线浏览，便于用户直接判断位点的准确性。

（5）支持二代报告基于位点信息自动生成文案，报告编辑及预览功能。对报告基本信息的修改以及报告需要信息的补充。

（6）需要推送工作站的报告进行审核及签发。支持报告撤回，重新对报告的审核和编辑操作，再次发送报告。报告归档功能，归档之后报告数据不允许更改，只能查看。归档报告的撤回功能，以便于对报告再次进行调整。

4

分子报告管理

（7）对接分子病理质控管理系统，获取患者及医嘱信息，并回传二代测序检测结果或报告。

（8）针对不同的二代测序项目定制二代测序检测报告模板，支持对不同试剂盒的检测报告格式的信息对接。

（9）支持对位点结果数据的保存，在新项目位点操作的时候可以对位点结果库进行调取，实现半自动化的位点结果解读。

（10）对完成项目的位点信息和报告信息进行自定义化查询、检索和汇总获取需要的相关位点信息。

（11）支持对报告进行ICDO编码标注功能。

5

接口对接

（1）支持与测序仪、存储服务器、分析服务器相关信息对接。

（2） (略) 内的病理系统及分子病理质控管理系统获取相关的信息，在报告完成后将报告回传。支持报告所需医嘱、患者诊疗信息的获取。支持湿实验记录的获取。支持报告回传。回传报告前的签名系统的对接。

（3） (略) 要求开放系统接口用于对接。

6

查询和统计

（1）支持对样本信息的综合查询：根据多种组合条件查询样本信息，便于获取需要的特定样本项目。

（2）突变位点的查询与统计：根据基因、位点、时间段等条件相关信息进行查询，并统计样本数量等日常查询统计功能。

（3）支持日常使用报表的直接导出，可以按照预设的统计条件生成常规报表，如质控统计报表、样本分析报表等。

7

系统管理功能

（1）支持多层次的权限管理：可通过设定不同的角色来设置系统使用权限，对不同权限进行细分。按照菜单、按钮、试剂盒等来设置内容权限。

（2）支持用户添加、修改用户登录密码的功能。为用户配置权限角色。

（3）支持医生的增加、修改和删除功能。能够在报告页面选择医生。

（4）操作日志记录：对用户操作记录详细的日志，并提供在线查看便于用户的项目操作进行回溯。

（5）对系统产生的数据定期自动备份，数据包括测序仪下机数据、分析流程输出的vcf、tsv、excel数据，位点数据、解读数据等。

序号

项目名称

数量

品牌及型号

1

2