1. 文库构建：构建好的文库后进行质量和产量的检测

2. 测序策略及质控

2.1 PE150及以上高通量测序；

2.2 高质量的下机数据>=1G;

2.3 基因组覆盖度>=95%;

2.4 (略) 覆盖率>=98%,整体覆盖深度>=100x；

2.5 碱基数据质量值Q30比值>=85%；

2.6 组装结果contig数量<=200哥；

2.7 对组装结果进行物种注释；

2.8 满足国家致 (略) 监测工作要求；

2.9 根据需求，可提供个性分析，比如耐药基因预测、毒力基因预测、血清型预测、mlst分析、SNP进化树分析。

2.10 提供送检样本后15个工作日内完成测序和数据交付，并提供后续相关数据质控和分析服务。

1. 对符合生物安全的生物样本进行宏基因组测序（二代高通量测序）及后续的数据质控，交付完整原始数据、宏基因组分析数据和报告。

2. 服务要求：

（1）服务方应对检测内容进行预实验，我中心对预实验结果进行质量复核。

（2）应对核酸进行浓度、纯度检测，测序策略：双端测序，PE150起。

（3）服务方应采用高通量测序技术进行建库测序，每个样品产生的平均原始数据不应低于rawdata数据量：>=10G;

(4)提供送检样本后15个工作日内完成测序和数据交付，并提供后续相关数据质控和分析服务。

（5）rawdata质量：PE150、PE250及以上测序，Q30以上占比>=85%,Q20以上占比>=90%

(6)数据分析内容：Rawdata过滤原则：去接头数据，去掉平均质量低于20的reads,去除含连续5个及以上N的reads，去宿主序列。

1. 数据质控（低质量reads过滤、adaptor过滤、宿主过滤）

2. 基因组组装。

3. 基因测序、去冗余。

4. 基因丰度统计：样本基因数目统计、core-pan基因稀释曲线、基因数目差异分析（组间基因数目差异箱图、Venn图/花瓣图）、基因数目的样品间相关性分析。

5. 物种注释及统计：物种丰度概况、注释基因数目及相对丰度聚类分析、基于物种丰度的降维分析、基于物种丰度Bray-Curtis距离的降维分析、基于物种丰度的Anosim分析、基于物种丰度的样品聚类分析、组间差异物种的Metastat分析、组间差异物种的LEfSe分析、随机森林分析。

6. 功能注释及统计：KEGG、eggNOG、CAZy。

7. 功能丰度统计：功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类、基于功能丰度的降维分析、基于功能丰度的Bray-Curtis距离的降维分析、基于功能丰度的Anosim分析、基于功能丰度的样品聚类分析

8. (略) 比较分析： (略) 比较分析、 (略) 注释基因数目及差异EC分析

9. 组间功能差异的Metastat分析、组间功能差异的LEfSe分析

10. 抗性基因注释：抗性基因丰度概况、抗性基因类型的分布及丰度聚类分析、组间抗性基因数目差异分析、抗性基因与物种归属关系。

11. 服务方对检测资料及数据严格保密，不得对外泄露。

1. 文库构建：构建好的文库后进行质量和产量的检测

2. 测序策略及质控

2.1 PE150及以上高通量测序；

2.2 高质量的下机数据>=1G;

2.3 基因组覆盖度>=95%;

2.4 (略) 覆盖率>=98%,整体覆盖深度>=100x；

2.5 碱基数据质量值Q30比值>=85%；

2.6 组装结果contig数量<=200哥；

2.7 对组装结果进行物种注释；

2.8 满足国家致 (略) 监测工作要求；

2.9 根据需求，可提供个性分析，比如耐药基因预测、毒力基因预测、血清型预测、mlst分析、SNP进化树分析。

2.10 提供送检样本后15个工作日内完成测序和数据交付，并提供后续相关数据质控和分析服务。

1. 对符合生物安全的生物样本进行宏基因组测序（二代高通量测序）及后续的数据质控，交付完整原始数据、宏基因组分析数据和报告。

2. 服务要求：

（1）服务方应对检测内容进行预实验，我中心对预实验结果进行质量复核。

（2）应对核酸进行浓度、纯度检测，测序策略：双端测序，PE150起。

（3）服务方应采用高通量测序技术进行建库测序，每个样品产生的平均原始数据不应低于rawdata数据量：>=10G;

(4)提供送检样本后15个工作日内完成测序和数据交付，并提供后续相关数据质控和分析服务。

（5）rawdata质量：PE150、PE250及以上测序，Q30以上占比>=85%,Q20以上占比>=90%

(6)数据分析内容：Rawdata过滤原则：去接头数据，去掉平均质量低于20的reads,去除含连续5个及以上N的reads，去宿主序列。

1. 数据质控（低质量reads过滤、adaptor过滤、宿主过滤）

2. 基因组组装。

3. 基因测序、去冗余。

4. 基因丰度统计：样本基因数目统计、core-pan基因稀释曲线、基因数目差异分析（组间基因数目差异箱图、Venn图/花瓣图）、基因数目的样品间相关性分析。

5. 物种注释及统计：物种丰度概况、注释基因数目及相对丰度聚类分析、基于物种丰度的降维分析、基于物种丰度Bray-Curtis距离的降维分析、基于物种丰度的Anosim分析、基于物种丰度的样品聚类分析、组间差异物种的Metastat分析、组间差异物种的LEfSe分析、随机森林分析。

6. 功能注释及统计：KEGG、eggNOG、CAZy。

7. 功能丰度统计：功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类、基于功能丰度的降维分析、基于功能丰度的Bray-Curtis距离的降维分析、基于功能丰度的Anosim分析、基于功能丰度的样品聚类分析

8. (略) 比较分析： (略) 比较分析、 (略) 注释基因数目及差异EC分析

9. 组间功能差异的Metastat分析、组间功能差异的LEfSe分析

10. 抗性基因注释：抗性基因丰度概况、抗性基因类型的分布及丰度聚类分析、组间抗性基因数目差异分析、抗性基因与物种归属关系。

11. 服务方对检测资料及数据严格保密，不得对外泄露。