技术部分
★一、功能需求
通过全自动扫描成像系统,对组织学染色,免疫组织化学染色,荧光原位杂交,荧光多色标记等类型样本进行全视野成像,完成传统切片的数字化。从而进行AI辅助诊断或是科研的各种数据统计分析。
二、技术要求
1.扫片扫描系统技术参数
1.1. 适用于各类组织切片的数字化扫描。
1.2. 扫描系统采用一体化封闭式设计, (略) 改装和拼凑的产品,光路简单高效,系统稳定性高,受外界影响小,无需暗室环境下即可实现荧光玻片自动扫描
1.3. 系统为全自动扫描,上样之后无需人工操作,批量自动扫描。
1.4. 扫描方式:具有单层扫描、多层扫描(Z-stack)、多层融合扫描(Extended Focus)三种扫描方式,其中多层融合扫描可对组织多层扫描后,将每一层最清 (略) 域融合叠加为一层图像以提高图像质量。
★1.5. 单次切片装载量≥300,可连续加载。
★1.6系统具备光谱拆分功能,可根据扫描染料样片进行多色成像的光谱拆分。
1.7系统具备反卷积模块,荧 (略) 理后可有效提高信噪比和分辨率。
1.8. 全电动载物台设计,可进行Z轴层切扫描,Z轴步径≤200nm,可对Z轴扫描数据进行景 (略) 理。
1.9. 系统具备彩色明场相机,具备条形码识别功能,可自动预览样本并对标识进行拍照及保存玻片信息。
2. 物镜:
2.1物镜:具有双物镜电动转换功能,平场复消色差物镜20倍,数值孔径N.A.≥0.8;40倍,数值孔径N.A.≥0.95。
2.2成像分辨率:像素分辨率≤0.13um(40倍物镜)。
3. 明场光源及检测单元:
3.1明场光源:氙气闪光灯照明。
3.2 明场检测单元:像素分辨率≥12MP相机 帧率≥180fps或者像素分辨率≥25MP,帧率≥150fps。
★3.3扫描速度:扫描15mm×15mm (略) 域时,扫描时间≤35s 。
3. (略) 域:可自动识别样 (略) 域,自动完成对焦并可跳 (略) 域,只针 (略) 域进行扫描。也可以手动完成相关设置。
★3.5 高通量:≥60片/小时(0.242 μm/pixel)
4.荧光光源及检测单元
★4.1荧光光源:高稳定光源,8通道单激发谱线,八个可单独寻址的固态光源,组成光源包括LED,专有的发光光导管和激光器(光谱范围:380-750nm以内),支持紫外到近红外波段。
4.2全电动10孔激发块转盘,支持荧光成像≥9色。
★4.3荧光检测单元:科研级背照式sCMOS, 16bit,量子效率≥95%,制冷温度≤-25℃。
★4.4配备荧光滤色块,至少包含DAPI/Green/Red三种颜色。
5.服务器及基于服务器的软件技术参数
5.1服务器
5.1.1服务器,用于硬件控制,数据储存和图像分析 (略) 。
5.1.2 CPU 主频≥3.6GHz,32核,内存≥128GB,显存≥4GB,硬盘存储≥200TB(可外接硬盘)
5.2.基于服务器的流程管理软件
5.2.1基 (略) 页,方便和管理。
5.2.2支持多人的数据访问,上传,下载,批注以及设定不同的用户权限和访问权限。可支持的同时用户访问数量≥5。
5.2.3支持切片色彩还原标准化,针对不同来源的切片进行 (略) 理。
5.2.4整合数据分析功能,可一键进入数据分析界面。
5.3.基于服务器的数据浏览软件
5.3.1可在光学分辨范围内以任意倍率切片,并进行测量和标注。
★5.3.2切片校对功能:至少同屏打开九张连续切片(相同或不同染色),具备一键自动校正、匹配,使所 (略) 于相同倍率、相同角度、相同位置,可以从一张切片精准定位到其余切片。
5.3.3三维渲染功能:可对Z轴扫描的数据结果进行3D渲染和展示,组织或细胞三维空间效果,并录制视频导出。
5.3.4数字DIC功能:扫描成型的数字切片,可实现微分干涉的观察形式。
5.4基于服务器的数据分析软件
5.4.1支持≥3人同时访问,进行数字切片的数据分析和统计,并可导出数据。
★5.4.2图像分割模块:可根据颜色和强度等识别并分割组织结构。该模块可用于多重荧光染色分析,并可进行共定位分析。适用于荧光和明场切片。
5.4.3 AI算法的结构分类和识别模块:基于人工智能算法的模型训练,可根据组织的颜色纹理等多种表征进行组织结构的分割和识别,适用于荧光和明场切片。
5.4.4细胞检测模块,适用于细胞核,细胞质和细胞膜标记物的定量与分析,可根据信号进行阳性判断和评分。
5.4.5免疫组织化学定量分析模块,该模块可基于染色强度识别阳性染色结果,并借助阈值范围对特定阳性结果进行计数和分类。
★5.4.6遗传学分析模块,针对FISH荧光原位杂交信号,进行定量分析。对于血液学的样本,该模块还可对间期和中期的细胞进行单独分类,以便于后续的定量和评估。
5.4.7数据分析可 (略) 理,数据结果可导出excel.
5.4.8支持三方编程软件如python,可自定义算法并有效地整合在原有的框架中。
5.5.数据格式转换功能
5.5.1支持多种三方数据格式的转换,如SVS, TIFF, NDP, DICOM。
5.5. (略) 径后,可全自动后台运行,方便多种成像设备的数据管理和分析。
6. AI (略)
6.1.图像及管理
6.1.1图像及管理基于数据库管理模式,可直接导入图像所在目录快速浏览及图片。同时,数据管理功能可为图 (略) 提供快速接口;
6.1.2软件操作界面简洁清晰,具有便于操作的转轮式工具栏,用于图像数据浏览、创建注释、测量、标注;提供多种类型的图像标注、测量工具。支持图像无极缩放;
6.1. (略) 面上主流数字切片扫描格式,如:3D Histech(MRXS).
6.1.4此外也兼容Akoya, Standard Bio Tools 等其他不同成像设备图像格式,以及TIFF/JPEG/BMP等多种常规图像格式;
6.1.5支持对明场图像进行角度、镜像、色彩的调整以及荧光图片自动调优功能,去除自发荧光功能;
6.1.6多张切片同屏浏览及多张切片同时展示,可通过关联多张切片实现等比缩放。
6.1.7支持将图层标注及ROI坐标系单独导出,支持MDL,XML,TIF三种格式,以 (略) 做下 (略) 理分析。
6.2. (略) 理功能
6.2.1 采用阈值分割和深度学均荧光强度等特征。
6.3.8神经生物学组织样品分析,可通过深度学习训练识别各种染色脑组织中神经突起长度定量、神经元细胞计数及神经突起分支点定量,量化神经元轴突横截面积,髓鞘厚度和G比值(轴突长轴长度/髓鞘长), (略) 的轴突密度,Aβ斑块的识别定量,小胶质细胞激活活化细胞的识别与定量等。
6.3.9软件具有灵 (略) 理功能,可根据分析需求自定义创建分析模板,也可自定义输出分析数据,包括:组织面积,阳性 (略) 域面积数据 (略) 域百分比等数据;阳性及阴性细胞数量、细胞长度、面积、周长、交界长度、H-Score评分等数据
6.3.10支持导出图像分析过程中的注释、分析算法以及分析后的图示。支持生成 “tsv”文本文件。支持以TIFF、PNG等格式生成分析前、分析后的组织图示数据。
6.3.11可联用多个APP,并创建批量分析流程,自动化批量分析各类图像。
6.4. Application Protocol Package Center应用程序协议包(APP数据库)
★6.4.1 软件包含130+具有独立编号的训练成熟的即用型分析APP;同类样品无需任何设置即可一键调用、运行分析,导出数据结果。数据库“APP”按照应用方向分类,并具有详细注释。具体类型包括“骨骼及肌肉组织,肝脏组织,肾脏组织,脑组织神经系统,心脏组织,皮肤组织”等样品类型分类。
6.4.2 所有APP可以根据具体分析样品图像,进行再次训练,以适应不同类型新样品进行分析,大大缩短重新创建时间。
6.5. 可创建编辑分析应用包APP(AI Author)
▲6.5.1系统内置U-NET ,DeeplabV3,FCN-8s等AI深度学习算法以及阈值分割(Threshold )图像识别方法,采购人可利用 (略) 络的深度学习算法(AI Deep Learning)自由创建全新的专属分析APP,仅需简单的圈选训练即可创建,操作简单明了。
6.5.2 创建过程提供图像预览功能,可实时观察参数调整效果,另有loss function 函数曲线实时展示训练效果和学习进度。
6.5.3可设定固定训练迭代次数,检验学习效果。支持对多张切片数据的训练学习。
6.6. 多重免疫荧光分析工具
▲6.6.1多靶标及超多靶标免疫荧光组织样品分析,可自动识别组织中所有细胞,并具有Threshold门槛式、机器学习自动分析和手动向导式(Guided workflow)三种细胞表型鉴定工具,同时定量单阳、双阳、三阳、多阳(按照细胞阳性、阴性对多种不同细胞表型进行组合)等各种细胞表型分析,并自动生成所有细胞表型列表,无须手动设置表型,且分析通道数量不受限制。
6.6.2在针对超多靶标数据(40色以上)分析时,数据分组功能实现自定义分组设定进行感兴趣靶标数据分类,方便快速的浏览感兴趣的通道数据。
6.6.3具有交互式多视图分析功能,允许您同时对多幅图像设置生物标志物阳性的阈值,优化图像中的生物标志物阈值,加快生物标志物表型分析。也可检查数据异质性并使用同步缩放工具多幅图像。
6.6.4具有交互式分析质控工具,蛋白共表达矩阵图,可直接共表达靶标双阳细胞个数,并可点击共表达热图快速方便细胞表型及原位信息,以便验证表型鉴定的精确性。
6.6.5空间相对位置关系分析,可分析不同表型细胞之间的邻近关系、细胞与组织之间的浸润程度等组织原位的空间关系,并可自由设定浸润边界空间距离。可进行细胞邻近度分析,计算某一细胞类群在一定距离范围内最近邻的其他细胞类群的数量及两者之间的相互位置距离关系;具有浸润分析功能,计算感兴趣的浸润边界一定范围内某一细胞类群或感兴趣目标物的数量、密度等;
★6.6.6多靶标数据可视化呈现,可自动生成t-SNE、scatter plot,box-plot等专业图表,利用t-SNE可实现多维数据 (略) 理, (略) 进行统计图表生成。可导出每个通道每个细胞的荧光表达强度原始数据值并追溯到切片位置。或点击、选择原始图像中的感兴趣细胞,也可追溯回可视化图表中,实现数据的交互式展示。
6.6.7 支持Imaging Mass Cytometry质谱流式成像数据的表型鉴定及空间分析.
6.7. 工作站硬件参数:
6.7.1 CPU:Intel Core i9 or better;内存≥64GB;硬盘存储:≥256GB SSD/4T 机械存储;GPU:RTX3090 or better;显示器:≥32寸液晶显示器,分辨率≥1920*1080。
★三、其他要求:
1.如果投标人所投货物为进口产品(必须境外生产同时需要报关入境)且需要办理免税,则投标人须具备对外贸易经营及进出口货物海关报关能力。(如果投标人所投货物为国产产品,此条不适用)
2. 如果投标人所投货物为进口产品,则必须为整机原装进口产品。(如果投标人所投货物为国产产品,此条不适用)
★四、配置清单:配置清单中内容为必须满足项,不参与打分,不得负偏离,否则投标无效。
1. 数字病理扫片扫描仪主机1套
2. 物镜20×和40×各1个
3. 明场光源及检测单元1套
4. 荧光光源及检测单元等1套
5. 服务器1台;基于服务器的流程管理软件、
数据浏览软件、数据分析软件1套
6. AI (略) 1套
商务部分
★1 交货/交付时间:签订合同后60个工作日内交付(包含免税办理时间),并于交货后7个工作日内安装、调试完毕。
★2 交货/交付地点:中国医科大学 (略) ( (略) (略) (略) 77号),采购人指定的地点(指定建筑、楼层、房间)。
★3 付款方式及条件:
1.付款方式:银行转账结算。
2.付款时间及条件:
(1)合同标的和数量送到采购人指定地点,验收合格并签署验收书,提供有效发票后15日内,采购人一次性支付合同总金额的100%。
(2)如遇特殊原因付款时间顺延,最长不超过15日。
3.中标金额包含了本项目可能涉及的一切费用,包括货物费用、包装费、运输费、搬运费、安装调试费及所需的一切材料费、人员费用、免费保修期内的维护费用、税费及合同履行过程中不可预见费用等,采购人不再支付任何其他费用。
★4 验收标准:按政府采购合同条款第6条、其他国家有关标准及招标文件执行。
验收程序:按照《关于印发辽宁省政府采购履约验收管理办法的通知》(辽财采[2017]603号)以及中国医科大学职能管理部门相关要求执行。
验收报告:由采购人出具验收报告
组织验收主体:本项目的履约验收工作由采购人依法组织实施。
验收时中标人需向采购人提供产品的电子版及纸质版使用说明书,操作手册,仪器维护的有关资料(包括但不限于系统安装软件等)及质量认证书。
★5 质量保证期:验收书签署之日起至少(10)年;
免费保修期:验收书签署之日起至少(7)年
★6 免费保修期内由货物制造厂家(或货物制造厂家授权的)维修工程师提供(1)小时内响应、(6)小时内提供维修方案,如问题仍无法解决(48)小时内到达现场的免费维修服务。
★7 (略) 络: (略) 络在线咨询服务。
★8 维修技术人员及设备方面的保证措施及收费标准的要求:
免费保修期内由货物制造厂家(或货物制造厂家授权的)维修工程师现场免费维修服务,并提供每年至少2次的上门维护保养工作。
免费保修期后,中标人须按照采购人要求继续提供维修服务。免费保修期后的收费标准:原厂备品配件按照出厂价给予7折优惠,除备品配件费外免收其他一切费用。
★9 备品备件供应及优惠价格要求:免费保修期内发生故障无法现场修复时,中标人须无偿向采购人提供备品使用。
★10 培训人员现场培训(操作、维护等):培训前中标人提供完整的培训计划,由仪器制造厂家技术人员对采购人进行免费培训,不限人数。培训内容包括仪器的技术原理、操作、 (略) 理、基本维护等,直至采购人掌握为准。提供详细培训记录。
★11 系统扩展、升级服务要求:
免费保修期内,提供对本货物的相关软件予以免费更换、维护或升级服务。
免费保修期外,提供对本货物的相关软件终身免费维护、升级服务。
★12 中标人在货物运输、搬运、安装、培训过程中要注意自身与他人的安全,由于中标人原因造成的一切责任和后果由中标人承担。
2.落实政府采购政策需满足的资格要求:无,本项目允许进口产品投标且采购的设备满足《政府采购促进中小企业发展管理办法》第六条第三款内容,故不具备专门面向中小企业采购的条件。
参加辽宁省政府采购活动的供应商未进入辽宁省政府采购供应商库的,请详阅辽宁 (略) “首页—政策法规”中公布的“政府采购供应商入库”的相关规定,及时办理入库登记手续。填写单位名称、统一社会信用代码和联系人等简要信息,由系统自动开通账号后,即可参与政府采购活动。具体规定详见《关于进一步优化辽宁省政府采购供应商入库程序的通知》(辽财采函〔2020〕198号)。
1.投标文件递交方式采用线上递交及现场递交备份投标文件同时执行并保持一致,参与本项目的供应商须自行办理好CA锁,如因供应商自身原因导致未线上递交投标文件的按照无效投 (略) 理。具体操作流程详见辽宁政府采购相关通知。 2.关于电子标评审的相关要求详见辽财采函〔2021〕363号“关于完善政府采购电子评审业务流程等有关事宜的通知”。电子文件报送截止时间同递交投标文件截止时间(即开标时间),解密时限为30分钟,如供应商未按照规定的时限响应按照无效投 (略) 理。 3.如供应商现场解密须自行准备笔记本电脑并下载好对应的CA认证证书带至开标现场进行电子解密(开标现 (略) 络支持)。同时供应商须自行准备好备份投标文件于递交投标文件截止时间前递交至代 (略) ,如未递交备份文件的按照投 (略) 理,供应商仅提交备份文件而 (略) 上递交投标文件的,投标无效。关于具体的备份文件的格式、存储、密封要求详见招标文件。