多组学检测采购公告
（2024-JQXWCD-F3116）
我部就以下项目进行国内询价采购，采购资金已全部落实，欢迎符合条件的供应商参加询价。
一、项目名称：多组学检测
二、项目编号：2024-JQXWCD-F3116
三、项目概况：
序号 | 项目及品种名称 | 规格/型号 | 物资质量技术标准或
服务内容及标准要求 | 计量
单位 | 采购
数量 | 预算单价（万元） | 预算
总金额
（万元） |
| 项目名称 |
|
|
|
|
| 78.1 |
1 | 多组学检测 | 转录组学 | 1. 样本类型：白膜层细胞
2. RNA提取要求：（1）RNA总量要求：每个样本RNA提取量不低于100ng且浓度不低于50ng/μl；（2）RNA完整性要求：RNA的RIN≥4
3. 建库方式要求：普通转录组文库
●4. (略) ：Illumina Xplus
5.上机模式：PE150测序
6. 数据量及质控要求：（1）数据量要求：每个样本有效数据量≥6 G raw data；（2）下机数据质量要求，Q20＞90%，Q30＞85%，GC分布正常。
7. 生信分析要求
7.1数据质控：对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。
7.2参考基因组比对分析。
7.3基因表达水平分析：样本间基因表达水平的相关性分析、主成分分析、基因差异表达分析。
7.4差异表达基因中转录因子鉴定。
7.5差异基因富集分析：GO、KEGG富集分析。
7.6差异表达基因的蛋 (略) 络分析。
7.7 GSEA分析。
8. 周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 280 | 0.0405 | 11.34 |
2 | 宏基因组学 | 1. 样本类型：粪便
2. 样本提取质控要求：（1）DNA提取量要求：单个样本提取DNA总量不低于25ng且浓度不低于5ng/μl
3. 建库方式要求：DNA小片段文库
●4. (略) ：Illumina Xplus
5.上机模式：PE150测序
6. 数据量及质量要求：（1）数据量要求：每个样本有效数据量≥6 G raw data；（2）数据质量要求，Q20＞90%，Q30＞85%，GC分布正常
7. 生信分析要求
7.1数据质控：对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。
7.2 Metagenome组装。
7.3基因预测及丰度分析：gene catalogue统计、core-pan 分析、基因数目差异分析（异箱图、Venn图/花瓣图）、相关性分析。
7.4物种相对丰度分析：物种相对丰度概况，注释基因数目及相对丰度聚类分析，基于物种丰度的降维分析、Anosim分析、聚类分析、MetaGenomeSeq分析、LEfSe 分析、Random Forest分析。
7.5功能注释及分析：KEGG、eggNOG、CAZy、PHI、VFDB、注释基因数目分析、功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类分析、基于功能丰度的降维分析、Anosim分析、聚类分析、 (略) 比较分析、 (略) 注释基因数目及差异EC分析、MetaGenomeSeq分析、LEfSe 分析。
7.6抗性基因注释及分析：抗性基因丰度概况，抗性基因类型的分布及丰度聚类分析，基于抗性基因丰度的Anosim分析、组间抗性基因数目差异分析、MetaGenomeSeq分析、Lefse分析、抗性基因与物种归属关系。
8. 周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 120 | 0.0435 | 5.22 |
3 | 非靶向代谢组学 | 1．样本类型：血浆，尿液，唾液
●2. (略) 满足：扫描速率最高12 Hz，分辨率在m/z (略) 为140,000，质量范围：50至6000m/z。动态范围＞5000:1；质量准确度:内部：<1 ppm RMS，外部：<3 ppm RMS。灵敏度：全扫描MS：柱上500 fg*螺环酮S/N 100:1，SIM：柱上50 fg*螺环酮可获得100:1或更佳的S/N。
3. 检测时间要求：使用内标大于5个，正负离子模式，单个样本检测时长20-30 min。
4. 生信分析要求
4.1数据质控：QC相关性分析、总样品PCA分析；
4.2代谢物定性定量分析，代谢物分类分析；
4.3 (略) 及分类注释：HMDB注释，LIPID注释，LIPIDMaps等；
4.4差异代谢物筛选：PCA分析、PLS-DA分析、火山图分析、火柴杆图分析、Venn图、箱线图、小提琴图、聚类分析热图、K-Means分析、相关性热图、Z-score分析等；
4.5差异代谢物富集分析：KEGG分类图、KEGG气泡图、K (略) 图、KE (略) 络图分析等
4.6GSEA分析及差异代谢物ROC曲线分析（生物标志物筛选）；
4.7代谢组学与宏基因组学关联分析。
5.分析软件及数据库要求
5.1分析软件要求：使用Compound Discover 进行数据分析；
5.2分析数据库要求：利用不少于两个代谢化合物数据库（包含mzCloud、mzVault等）进行搜库鉴定及注释。
6. 周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 620 | 0.027 | 16.74 |
4 | DIA定量蛋白质组学 | 1. 样本类型：血浆
2. 蛋白提取质控要求：每个样本提取获总量不低于10 μg，且浓度不低于1 μg/μl。
●3. (略) 满足：动态范围单张 Orbitrap 质谱谱图内 >5,000，质量检测范围在40-8,000道尔顿，质量准确度：外标法<3ppm RMS;内标法 <1 ppm RMS，质量分辨率m/z 200 时高达480,000，扫描速率200 Hz。
●4.液相色谱仪满足：最大压力1500 bar (21,750 psi)，流速范围1 nL/min - 100 μL/min，增幅为 1 nL，色谱柱温度范围高于环境温度 5°C 至 80°C。
●5. 采用Top14 Abundant Protein Depletion 中型离心柱方法去除血液中的高峰度蛋白。
6.仪器运行时间要求：单个样品上机时间10-20 min。
7.有设备连续30个自然日以上的稳定测试，且拥有血液大队列样本(n＞300)经验和批 (略) 理的方案。
8. 生信分析要求
8.1数据质控：DIA质控报告、鉴定总览统计表格；
8.2蛋白功能注释：功能注释结果Venn图、低丰度蛋白浓度注释分析、组织特异性分泌注释分析、亚细胞定位分析、结构域注释分析、GO功能注释分析、COG功能注释分析、KEGG功能注释分析、转录因子分析等；
8.3定量分析：定量统计结果、PCA分析、重复性分析；
8.4差异蛋白筛选和分析：火山图、差异蛋白浓度注释分析、聚类分析、富集分析（GO、KEGG、结构域、亚细胞定位）、组织特异性分泌注释分析、GSEA分析、互作分析等；
8.5 DIA质控：肽段长度分布、内标iRT检出分析、unique肽段数分布；
8.6蛋白组与代谢组、转录组关联分析。
9. 蛋白鉴定数量要求：合格样品鉴定的蛋白数量不低于2000个。
10.周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 280 | 0.16 | 44.8 |
四、报价供应商资格条件
（一）符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条资格条件：
1.具有独立承担民事责任的能力；
2.具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度；
3.具有履行合同所必需的设备和专业技术能力；
4.有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录；
5.参加政府采购活动前3年内，在经营活动中没有重大违法记录；
6.法律、行政法规规定的其他条件。
（二）国有企业；事业单位；军队单位；成立3年以上的非外资独资企业或控股企业。
（三）单位负责人为同一人或存在直接控股或管理关系的不同供应商，不得同时参加同一包的采购活动。生产场经营地址或注册登记地址为同一地址的不同生产型企业，股东和管理人员（法定代表人、董事或监事）之间存在近亲属或相互占股等关联关系的不同非国有销售型企业，也不得同时参加同一包的采购活动。近亲属指夫妻、直系血亲、三代以内旁系血亲或近姻亲关系。
（四）未被中国 (略) （http://**.cn）列入政府采购严重违法失信行为记录名单，未在 (略) （www.http://**）军队采购暂 (略) 罚范围内或军队采购失信名 (略) (略) 罚范围内，以及未被“信用中国”（http://**.cn）列入严重失信主体名单或国家企业信用信息公示系统（http://**.cn）列入严重违法失信名单（处罚期内）。
（五）供应商管理信息系统进行注册
参加本单位采购活动的供应商，必须事先通过 (略) （ (略) ：http://**）供应商管理信息系统进行注册，实行凡采必入。依托电子招投标系统实施的电子化项目，供应商必须完成注册，方可报名、获取采购文件。线下组织的非电子化项目，供应商可先行获取采购文件，但必须在提交投标（报价）文件截止时间前完成注册，未完成的不得参加采购活动（应急采购项目除外）。提供完成注册相关证明截图。
五、询价文件申领时间、地点、方式
（一）申领时间：2024年12月02日至12月12日，每日上午8:00至12:00，下午15:00至18:00（申领时间不少于5个工作日）。
（二）申领地点： 网上发售 。
（三）申领询价文件时需提供以下材料：
1.营业执照或事业单位法人证书复印件加盖公章（军队单位不需要提供）；
2.法定代表人资格证明书原件；
3.法定代表人授权书原件，授权代表身份证和授权代表在报价前4个月内（不含报价当月）连续3个月由报价供应商缴纳社保证明材料的复印件；
4.非外资独资企业或控股企业的书面声明（事业单位、军队单位不需要提供）；
5.报价供应商主要股东或出资人信息；
6.未被列入本公告第四条第（四）项明确的违法失信名单的承诺书；
7.报名登记表。
（四）申领方式
网上发送。报价供应商采取发送电子邮件方式提交报名材料，邮件主题：项目名称+项目编号+公司名称；邮件内容：列明公司名称、法定代表人或授权代表人姓名及联系方式；邮件附件：需采用A4纸幅面，将报名材料加盖企业鲜章，按顺序制作成1个PDF格式文件，文件名称与主题一致，复印件扫描无效。报名材料审核通过后，采购机构联系人向供应商邮箱发送谈判文件电子版；审核未通过的，采购机构联系人以邮件形式回复审核情况，供应商可在谈判文件申领时间内重新提交材料。采购机构或代理机构邮箱：*@*q.com。
（五）免收标书费。
六、报价开始和截止时间及地点、方式
（一）报价开始时间：2024年12月18日9时0分。
（二）报价截止时间：2024年12月18日9时30分。
（三）报价地点： (略) （详见竞争性谈判文件）。
（四）报价方式：由报价供应商法定代表人或授权代表现场提交报价文件，不接受邮寄等其他方式。
七、谈判时间、地点
（一）谈判时间：2024年12月18日9时30分（应当与报价截止时间保持一致）。
（二）谈判地点： (略) （详见竞争性谈判文件）。
八、本采购项目相关信息在《 (略) 》（www.http://**）和《 (略) 站》http://**)上发布。
九、采购机构联系方式
联系人：杨助理
邮箱：*@*q.com,
十、监督部门联系方式
项目监督人： 医院纪委
多组学检测采购公告
（2024-JQXWCD-F3116）
我部就以下项目进行国内询价采购，采购资金已全部落实，欢迎符合条件的供应商参加询价。
一、项目名称：多组学检测
二、项目编号：2024-JQXWCD-F3116
三、项目概况：
序号 | 项目及品种名称 | 规格/型号 | 物资质量技术标准或
服务内容及标准要求 | 计量
单位 | 采购
数量 | 预算单价（万元） | 预算
总金额
（万元） |
| 项目名称 |
|
|
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| 78.1 |
1 | 多组学检测 | 转录组学 | 1. 样本类型：白膜层细胞
2. RNA提取要求：（1）RNA总量要求：每个样本RNA提取量不低于100ng且浓度不低于50ng/μl；（2）RNA完整性要求：RNA的RIN≥4
3. 建库方式要求：普通转录组文库
●4. (略) ：Illumina Xplus
5.上机模式：PE150测序
6. 数据量及质控要求：（1）数据量要求：每个样本有效数据量≥6 G raw data；（2）下机数据质量要求，Q20＞90%，Q30＞85%，GC分布正常。
7. 生信分析要求
7.1数据质控：对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。
7.2参考基因组比对分析。
7.3基因表达水平分析：样本间基因表达水平的相关性分析、主成分分析、基因差异表达分析。
7.4差异表达基因中转录因子鉴定。
7.5差异基因富集分析：GO、KEGG富集分析。
7.6差异表达基因的蛋 (略) 络分析。
7.7 GSEA分析。
8. 周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 280 | 0.0405 | 11.34 |
2 | 宏基因组学 | 1. 样本类型：粪便
2. 样本提取质控要求：（1）DNA提取量要求：单个样本提取DNA总量不低于25ng且浓度不低于5ng/μl
3. 建库方式要求：DNA小片段文库
●4. (略) ：Illumina Xplus
5.上机模式：PE150测序
6. 数据量及质量要求：（1）数据量要求：每个样本有效数据量≥6 G raw data；（2）数据质量要求，Q20＞90%，Q30＞85%，GC分布正常
7. 生信分析要求
7.1数据质控：对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。
7.2 Metagenome组装。
7.3基因预测及丰度分析：gene catalogue统计、core-pan 分析、基因数目差异分析（异箱图、Venn图/花瓣图）、相关性分析。
7.4物种相对丰度分析：物种相对丰度概况，注释基因数目及相对丰度聚类分析，基于物种丰度的降维分析、Anosim分析、聚类分析、MetaGenomeSeq分析、LEfSe 分析、Random Forest分析。
7.5功能注释及分析：KEGG、eggNOG、CAZy、PHI、VFDB、注释基因数目分析、功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类分析、基于功能丰度的降维分析、Anosim分析、聚类分析、 (略) 比较分析、 (略) 注释基因数目及差异EC分析、MetaGenomeSeq分析、LEfSe 分析。
7.6抗性基因注释及分析：抗性基因丰度概况，抗性基因类型的分布及丰度聚类分析，基于抗性基因丰度的Anosim分析、组间抗性基因数目差异分析、MetaGenomeSeq分析、Lefse分析、抗性基因与物种归属关系。
8. 周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 120 | 0.0435 | 5.22 |
3 | 非靶向代谢组学 | 1．样本类型：血浆，尿液，唾液
●2. (略) 满足：扫描速率最高12 Hz，分辨率在m/z (略) 为140,000，质量范围：50至6000m/z。动态范围＞5000:1；质量准确度:内部：<1 ppm RMS，外部：<3 ppm RMS。灵敏度：全扫描MS：柱上500 fg*螺环酮S/N 100:1，SIM：柱上50 fg*螺环酮可获得100:1或更佳的S/N。
3. 检测时间要求：使用内标大于5个，正负离子模式，单个样本检测时长20-30 min。
4. 生信分析要求
4.1数据质控：QC相关性分析、总样品PCA分析；
4.2代谢物定性定量分析，代谢物分类分析；
4.3 (略) 及分类注释：HMDB注释，LIPID注释，LIPIDMaps等；
4.4差异代谢物筛选：PCA分析、PLS-DA分析、火山图分析、火柴杆图分析、Venn图、箱线图、小提琴图、聚类分析热图、K-Means分析、相关性热图、Z-score分析等；
4.5差异代谢物富集分析：KEGG分类图、KEGG气泡图、K (略) 图、KE (略) 络图分析等
4.6GSEA分析及差异代谢物ROC曲线分析（生物标志物筛选）；
4.7代谢组学与宏基因组学关联分析。
5.分析软件及数据库要求
5.1分析软件要求：使用Compound Discover 进行数据分析；
5.2分析数据库要求：利用不少于两个代谢化合物数据库（包含mzCloud、mzVault等）进行搜库鉴定及注释。
6. 周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 620 | 0.027 | 16.74 |
4 | DIA定量蛋白质组学 | 1. 样本类型：血浆
2. 蛋白提取质控要求：每个样本提取获总量不低于10 μg，且浓度不低于1 μg/μl。
●3. (略) 满足：动态范围单张 Orbitrap 质谱谱图内 >5,000，质量检测范围在40-8,000道尔顿，质量准确度：外标法<3ppm RMS;内标法 <1 ppm RMS，质量分辨率m/z 200 时高达480,000，扫描速率200 Hz。
●4.液相色谱仪满足：最大压力1500 bar (21,750 psi)，流速范围1 nL/min - 100 μL/min，增幅为 1 nL，色谱柱温度范围高于环境温度 5°C 至 80°C。
●5. 采用Top14 Abundant Protein Depletion 中型离心柱方法去除血液中的高峰度蛋白。
6.仪器运行时间要求：单个样品上机时间10-20 min。
7.有设备连续30个自然日以上的稳定测试，且拥有血液大队列样本(n＞300)经验和批 (略) 理的方案。
8. 生信分析要求
8.1数据质控：DIA质控报告、鉴定总览统计表格；
8.2蛋白功能注释：功能注释结果Venn图、低丰度蛋白浓度注释分析、组织特异性分泌注释分析、亚细胞定位分析、结构域注释分析、GO功能注释分析、COG功能注释分析、KEGG功能注释分析、转录因子分析等；
8.3定量分析：定量统计结果、PCA分析、重复性分析；
8.4差异蛋白筛选和分析：火山图、差异蛋白浓度注释分析、聚类分析、富集分析（GO、KEGG、结构域、亚细胞定位）、组织特异性分泌注释分析、GSEA分析、互作分析等；
8.5 DIA质控：肽段长度分布、内标iRT检出分析、unique肽段数分布；
8.6蛋白组与代谢组、转录组关联分析。
9. 蛋白鉴定数量要求：合格样品鉴定的蛋白数量不低于2000个。
10.周期要求：30个自然日内交付结果 | 例 | 280 | 0.16 | 44.8 |
四、报价供应商资格条件
（一）符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条资格条件：
1.具有独立承担民事责任的能力；
2.具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度；
3.具有履行合同所必需的设备和专业技术能力；
4.有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录；
5.参加政府采购活动前3年内，在经营活动中没有重大违法记录；
6.法律、行政法规规定的其他条件。
（二）国有企业；事业单位；军队单位；成立3年以上的非外资独资企业或控股企业。
（三）单位负责人为同一人或存在直接控股或管理关系的不同供应商，不得同时参加同一包的采购活动。生产场经营地址或注册登记地址为同一地址的不同生产型企业，股东和管理人员（法定代表人、董事或监事）之间存在近亲属或相互占股等关联关系的不同非国有销售型企业，也不得同时参加同一包的采购活动。近亲属指夫妻、直系血亲、三代以内旁系血亲或近姻亲关系。
（四）未被中国 (略) （http://**.cn）列入政府采购严重违法失信行为记录名单，未在 (略) （www.http://**）军队采购暂 (略) 罚范围内或军队采购失信名 (略) (略) 罚范围内，以及未被“信用中国”（http://**.cn）列入严重失信主体名单或国家企业信用信息公示系统（http://**.cn）列入严重违法失信名单（处罚期内）。
（五）供应商管理信息系统进行注册
参加本单位采购活动的供应商，必须事先通过 (略) （ (略) ：http://**）供应商管理信息系统进行注册，实行凡采必入。依托电子招投标系统实施的电子化项目，供应商必须完成注册，方可报名、获取采购文件。线下组织的非电子化项目，供应商可先行获取采购文件，但必须在提交投标（报价）文件截止时间前完成注册，未完成的不得参加采购活动（应急采购项目除外）。提供完成注册相关证明截图。
五、询价文件申领时间、地点、方式
（一）申领时间：2024年12月02日至12月12日，每日上午8:00至12:00，下午15:00至18:00（申领时间不少于5个工作日）。
（二）申领地点： 网上发售 。
（三）申领询价文件时需提供以下材料：
1.营业执照或事业单位法人证书复印件加盖公章（军队单位不需要提供）；
2.法定代表人资格证明书原件；
3.法定代表人授权书原件，授权代表身份证和授权代表在报价前4个月内（不含报价当月）连续3个月由报价供应商缴纳社保证明材料的复印件；
4.非外资独资企业或控股企业的书面声明（事业单位、军队单位不需要提供）；
5.报价供应商主要股东或出资人信息；
6.未被列入本公告第四条第（四）项明确的违法失信名单的承诺书；
7.报名登记表。
（四）申领方式
网上发送。报价供应商采取发送电子邮件方式提交报名材料，邮件主题：项目名称+项目编号+公司名称；邮件内容：列明公司名称、法定代表人或授权代表人姓名及联系方式；邮件附件：需采用A4纸幅面，将报名材料加盖企业鲜章，按顺序制作成1个PDF格式文件，文件名称与主题一致，复印件扫描无效。报名材料审核通过后，采购机构联系人向供应商邮箱发送谈判文件电子版；审核未通过的，采购机构联系人以邮件形式回复审核情况，供应商可在谈判文件申领时间内重新提交材料。采购机构或代理机构邮箱：*@*q.com。
（五）免收标书费。
六、报价开始和截止时间及地点、方式
（一）报价开始时间：2024年12月18日9时0分。
（二）报价截止时间：2024年12月18日9时30分。
（三）报价地点： (略) （详见竞争性谈判文件）。
（四）报价方式：由报价供应商法定代表人或授权代表现场提交报价文件，不接受邮寄等其他方式。
七、谈判时间、地点
（一）谈判时间：2024年12月18日9时30分（应当与报价截止时间保持一致）。
（二）谈判地点： (略) （详见竞争性谈判文件）。
八、本采购项目相关信息在《 (略) 》（www.http://**）和《 (略) 站》http://**)上发布。
九、采购机构联系方式
联系人：杨助理
邮箱：*@*q.com,
十、监督部门联系方式
项目监督人： 医院纪委
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