序号

采购项目名称

需求概况

初步技术

参数

预算金额

（万元）

预计采购时间

备注

1

化合物库

为快速发现高效针对病毒靶点的小分子化合物。采购内容：《药物筛选软件》一套；《药物功能重定位库》一套

1、药物筛选软件

多种分子构建功能：支持各种类型分子的构建，涵盖小分子、大分子和复合物等多种应用场景。

分子构象搜索：支持多种分子构象搜索方法，特别针对饱和环的构象搜索优化。

蛋白同源模建：支持多模板融合建模和诱导契合建模，并能够进行蛋白，抗体等多聚体建模。

蛋白结构分析：能够分析蛋白质结构中的几何参数（如键长、键角、二面角）及内部残基相互作用。

★药效团建模：提供基于配体、复合物和受体的药效团建模功能。

★结合口袋预测：支持预测orthosteric（内源性）及allosteric（变构）口袋。

★电子轨道演示：针对小分子，能提供其电子轨道的3D演示。大蛋白也可以，只是需要更强的计算设备。

★分子对接：支持蛋白-小分子共价对接、蛋白-蛋白对接，并提供第三方对接工具的接口拓展。

氨基酸贡献分解：利用最新的算法，基于分子对接的结果进行蛋白质氨基酸能量贡献的分解，这样可以针对氨基酸进行小分子/大蛋白设计。

★抗体-抗原等大蛋白PPI对接表面分析：能基于蛋白-蛋白对接表面进行分析及筛选重要氨基酸，进行人源化设计，单点突变及序列改造。

★分子/蛋白可视化与交互：可在手机/HoloLens等设备可视化展示分子结构，包括原子、键合物、链条、残基等多种分子元素。支持分子模型的旋转、缩放和平移操作，支持触控和语音指令交互。提供药物点和口袋点的可视化展示，包括药物组合和口袋组合的批量渲染。

可视化设备支持：支持普通显示器或投影仪展示3D分子结构及相互作用，兼容多种输入设备。

(略) 任务：支持从用户动设备（如手机）/穿戴式设备（如HoloLens）提交任务，到用户指定的匹配服务器上进行运行，运行后结果返回用户设备进行三维演示。

基于结构的药物设计：提供交互式分子设计和优化功能，结合自由能、应力能和物化参数，设计高活性和生物利用度的分子。

模块化设计：集成FPocket和Pharmit模块，用于蛋白-配体相互作用分析和口袋点检测。支持C#开发的多线程任务管理和外部模块封装，能够扩展IDock模块进行对接计算。内置CurvedUI、Magic等第三方插件，支持复杂粒子效果和虚拟操纵杆操作。

第三方软件接口：支持与多种第三方软件的无缝对接，增强工作流程的灵活性。

GPU加速：支持GPU加速，提升计算效率。

穿戴式设备（如HoloLens）或移动设备（如手机）场景管理与持久化：内置场景锚点管理器，支持场景的自动记录与重定位，跨环境实现场景持久化渲染。

丰富的用户界面组件：支持基于GIF和曲线UI的互动操作。支持登录、口袋检测、对接操作和QR码扫描等UI面板的互动功能。

跨平台支持：支持Windows、HoloLens、PC、iOS (略) 的发布和运行。

扩展性：后台语言公开，支持C#模块的定制开发，便于用户进行二次开发。

用户组件/模块更新：用户可以选择跟新新的模块及功能。 (略) 项目的导入和导出，方便应用程序的分发。

2、药物功能重定位库

2.1不少于520 (略) 药物和临床药物，可用于高通量筛选和高内涵筛选，以及老药新用、新的药物靶点筛选和细胞诱导等研究方向。

2. (略) 化合物，均需表标 (略) 来源，如FDA、EMA、NMPA等权威部门审批或收录在USP、EP、BP、JP、CP等药典文献中；库中的临床期药物分子均提供临床阶段与适应症信息。

2.3涵盖多个研究领域。肿瘤相关药物不低于1100个、心血管药物相关药物不低于400个、抗炎/免疫相关药物不低于600个、神经系统相关药物不低于700个、抗感染相关分子不低于500个，呼吸系统相关药物不低于250个等。

2.4包括5-HT Receptor、Sodium Channel、p38 MAPK、PI3K、MEK等，覆盖 (略) 不低于30条。

2.5 FDA批准的药物分子不低于1700个；处于临床期的分子不低于3000个。

2.6不包含无机盐、造影剂、防晒剂等无活性的分子。

2.7提供详细的说明书，包含化合物结构、靶点信息、适应症信息、活性描述等。

2.8提供NMR、HPLC/LCMS等多种检测技术，保证产品结构正确，纯度不低于98%。

2.9超过2000种不同结构类型，具有较好的结构代表性。后续具备提供同系列衍生物和类似物的能力。

2.10提供包装量不低于1mg粉末。

50

2024年12月

2

“病原微生物靶点及药物信息库”网站

为构建病原微生物靶点及药物信息库需采购“病原微生物靶点及药物信息库”网站一套。

1、病原微生物靶点库

1.1 能够展示病原微生物的致病靶点及其三维结构；

1.2 通过同源建模的方法构建未报道结构的抗病毒关键靶蛋白的三维结构；

1.3 确定靶蛋白的活性位点；

2、药物信息库

能够展示作用于病原微生物靶点的化合物，包括结构式、适应症、药理、毒理、相互作用以及药物的药效学、毒理、药物吸收、药物代谢等数据；

3、 (略) 页的查询界面

实现用户在单机上安装数据库后，通过web界面登录加密的数据库系统，进行检索或查询功能；

4、药物筛选

基于分子对接的方法，预测小分子与靶蛋白之间的相互作用，进行病原微生物靶点的药物虚拟筛选；

30

2024年12月

序号

采购项目名称

需求概况

初步技术

参数

预算金额

（万元）

预计采购时间

备注

1

化合物库

为快速发现高效针对病毒靶点的小分子化合物。采购内容：《药物筛选软件》一套；《药物功能重定位库》一套

1、药物筛选软件

多种分子构建功能：支持各种类型分子的构建，涵盖小分子、大分子和复合物等多种应用场景。

分子构象搜索：支持多种分子构象搜索方法，特别针对饱和环的构象搜索优化。

蛋白同源模建：支持多模板融合建模和诱导契合建模，并能够进行蛋白，抗体等多聚体建模。

蛋白结构分析：能够分析蛋白质结构中的几何参数（如键长、键角、二面角）及内部残基相互作用。

★药效团建模：提供基于配体、复合物和受体的药效团建模功能。

★结合口袋预测：支持预测orthosteric（内源性）及allosteric（变构）口袋。

★电子轨道演示：针对小分子，能提供其电子轨道的3D演示。大蛋白也可以，只是需要更强的计算设备。

★分子对接：支持蛋白-小分子共价对接、蛋白-蛋白对接，并提供第三方对接工具的接口拓展。

氨基酸贡献分解：利用最新的算法，基于分子对接的结果进行蛋白质氨基酸能量贡献的分解，这样可以针对氨基酸进行小分子/大蛋白设计。

★抗体-抗原等大蛋白PPI对接表面分析：能基于蛋白-蛋白对接表面进行分析及筛选重要氨基酸，进行人源化设计，单点突变及序列改造。

★分子/蛋白可视化与交互：可在手机/HoloLens等设备可视化展示分子结构，包括原子、键合物、链条、残基等多种分子元素。支持分子模型的旋转、缩放和平移操作，支持触控和语音指令交互。提供药物点和口袋点的可视化展示，包括药物组合和口袋组合的批量渲染。

可视化设备支持：支持普通显示器或投影仪展示3D分子结构及相互作用，兼容多种输入设备。

(略) 任务：支持从用户动设备（如手机）/穿戴式设备（如HoloLens）提交任务，到用户指定的匹配服务器上进行运行，运行后结果返回用户设备进行三维演示。

基于结构的药物设计：提供交互式分子设计和优化功能，结合自由能、应力能和物化参数，设计高活性和生物利用度的分子。

模块化设计：集成FPocket和Pharmit模块，用于蛋白-配体相互作用分析和口袋点检测。支持C#开发的多线程任务管理和外部模块封装，能够扩展IDock模块进行对接计算。内置CurvedUI、Magic等第三方插件，支持复杂粒子效果和虚拟操纵杆操作。

第三方软件接口：支持与多种第三方软件的无缝对接，增强工作流程的灵活性。

GPU加速：支持GPU加速，提升计算效率。

穿戴式设备（如HoloLens）或移动设备（如手机）场景管理与持久化：内置场景锚点管理器，支持场景的自动记录与重定位，跨环境实现场景持久化渲染。

丰富的用户界面组件：支持基于GIF和曲线UI的互动操作。支持登录、口袋检测、对接操作和QR码扫描等UI面板的互动功能。

跨平台支持：支持Windows、HoloLens、PC、iOS (略) 的发布和运行。

扩展性：后台语言公开，支持C#模块的定制开发，便于用户进行二次开发。

用户组件/模块更新：用户可以选择跟新新的模块及功能。 (略) 项目的导入和导出，方便应用程序的分发。

2、药物功能重定位库

2.1不少于520 (略) 药物和临床药物，可用于高通量筛选和高内涵筛选，以及老药新用、新的药物靶点筛选和细胞诱导等研究方向。

2. (略) 化合物，均需表标 (略) 来源，如FDA、EMA、NMPA等权威部门审批或收录在USP、EP、BP、JP、CP等药典文献中；库中的临床期药物分子均提供临床阶段与适应症信息。

2.3涵盖多个研究领域。肿瘤相关药物不低于1100个、心血管药物相关药物不低于400个、抗炎/免疫相关药物不低于600个、神经系统相关药物不低于700个、抗感染相关分子不低于500个，呼吸系统相关药物不低于250个等。

2.4包括5-HT Receptor、Sodium Channel、p38 MAPK、PI3K、MEK等，覆盖 (略) 不低于30条。

2.5 FDA批准的药物分子不低于1700个；处于临床期的分子不低于3000个。

2.6不包含无机盐、造影剂、防晒剂等无活性的分子。

2.7提供详细的说明书，包含化合物结构、靶点信息、适应症信息、活性描述等。

2.8提供NMR、HPLC/LCMS等多种检测技术，保证产品结构正确，纯度不低于98%。

2.9超过2000种不同结构类型，具有较好的结构代表性。后续具备提供同系列衍生物和类似物的能力。

2.10提供包装量不低于1mg粉末。

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2024年12月

2

“病原微生物靶点及药物信息库”网站

为构建病原微生物靶点及药物信息库需采购“病原微生物靶点及药物信息库”网站一套。

1、病原微生物靶点库

1.1 能够展示病原微生物的致病靶点及其三维结构；

1.2 通过同源建模的方法构建未报道结构的抗病毒关键靶蛋白的三维结构；

1.3 确定靶蛋白的活性位点；

2、药物信息库

能够展示作用于病原微生物靶点的化合物，包括结构式、适应症、药理、毒理、相互作用以及药物的药效学、毒理、药物吸收、药物代谢等数据；

3、 (略) 页的查询界面

实现用户在单机上安装数据库后，通过web界面登录加密的数据库系统，进行检索或查询功能；

4、药物筛选

基于分子对接的方法，预测小分子与靶蛋白之间的相互作用，进行病原微生物靶点的药物虚拟筛选；

30

2024年12月