华中农业大学4个解淀粉芽孢杆菌的Hi-C互作数据采集和分析技术开发项目结果公告-采招网

华中农业大学4个解淀粉芽孢杆菌的Hi-C互作数据采集和分析技术开发项目结果公告

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华中农业大学4个解淀粉芽孢杆菌的Hi-C互作数据采集和分析技术开发项目结果公告

项目名称： (略) 4个解淀粉芽孢杆菌的Hi-C互作数据采集和分析技术开发

采购联系人：魏雪团

采购单位：食 (略)

(略) 4个解淀粉芽孢杆菌的Hi-C互作数据采集和分析技术开发项目经过磋商谈判，结果公告如下：

采购内容：

序号	货物名称	数量	技术指标	成交供应商	成交金额
1	Hi-C互作数据采集和分析	4个	对4个解淀粉芽孢杆菌的组织样品进行高通量染色体构像捕获（Hi-C），采用T7测序平台（PE150模式）完成DNA互作信息采集。每个样品构建1个Hi-C文库，每个Hi-C文库测序30Gb，分辨率至少达到1 kb，然后进行如下分析：一、基础分析：1.测序质量评估；1.1 测序质量评估1.2 数据过滤结果 2.将数据迭代比对到参考基因组并进行有效比对过滤；3. 样本间Hi-C文库相关性分析4.构建互作矩阵并校正； 4.1 分配到bin矩阵构建互作矩阵 4.2 分辨率统计 4.3 距离互作频率分析二、高级分析：1. chromosomal interaction domains (CIDs) 结构分析；1.1 CIDs结构图（Directionality index analysis）；1.2 CIDs数目及长度分布与统计；1.3 CIDs的基因密度分布1.4 CIDs GC含量分布；1.5 CIDs的边界motif分析1.4 CID 边界基因注释；2. 显著互作位点分析；3. FIRE（Frequently Interacting Regions）检测；4. 基因组compact分析5. 样本间差异比较；5.1 全基因组层面比较分析5.2 CIDs层面的比较分析5.3 显著互作层面的比较分析5.4 样本间compact的比较三、个性化分析：1. 与RNA-seq数据联合分析；1.1 高表达基因和低表达基因在CID内的分布特征；1.2 (略) 值与RNA-seq覆盖度相关性；	武汉 (略)	点击查看>> .00

公告期限：自发布之日起公告期限为1个工作日。

如对上述成交结果存在疑问，请在有效的质疑期内以实名书面（包括联系人、地址、联系电话）形式将意见反馈至 (略) 。

联系电话：027- 点击查看>> ，邮箱： @@@ ail. 点击查看>>

(略)

2022年03月14日

项目名称： (略) 4个解淀粉芽孢杆菌的Hi-C互作数据采集和分析技术开发

采购联系人：魏雪团

采购单位：食 (略)

(略) 4个解淀粉芽孢杆菌的Hi-C互作数据采集和分析技术开发项目经过磋商谈判，结果公告如下：

采购内容：

序号	货物名称	数量	技术指标	成交供应商	成交金额
1	Hi-C互作数据采集和分析	4个	对4个解淀粉芽孢杆菌的组织样品进行高通量染色体构像捕获（Hi-C），采用T7测序平台（PE150模式）完成DNA互作信息采集。每个样品构建1个Hi-C文库，每个Hi-C文库测序30Gb，分辨率至少达到1 kb，然后进行如下分析：一、基础分析：1.测序质量评估；1.1 测序质量评估1.2 数据过滤结果 2.将数据迭代比对到参考基因组并进行有效比对过滤；3. 样本间Hi-C文库相关性分析4.构建互作矩阵并校正； 4.1 分配到bin矩阵构建互作矩阵 4.2 分辨率统计 4.3 距离互作频率分析二、高级分析：1. chromosomal interaction domains (CIDs) 结构分析；1.1 CIDs结构图（Directionality index analysis）；1.2 CIDs数目及长度分布与统计；1.3 CIDs的基因密度分布1.4 CIDs GC含量分布；1.5 CIDs的边界motif分析1.4 CID 边界基因注释；2. 显著互作位点分析；3. FIRE（Frequently Interacting Regions）检测；4. 基因组compact分析5. 样本间差异比较；5.1 全基因组层面比较分析5.2 CIDs层面的比较分析5.3 显著互作层面的比较分析5.4 样本间compact的比较三、个性化分析：1. 与RNA-seq数据联合分析；1.1 高表达基因和低表达基因在CID内的分布特征；1.2 (略) 值与RNA-seq覆盖度相关性；	武汉 (略)	点击查看>> .00

公告期限：自发布之日起公告期限为1个工作日。

如对上述成交结果存在疑问，请在有效的质疑期内以实名书面（包括联系人、地址、联系电话）形式将意见反馈至 (略) 。

联系电话：027- 点击查看>> ，邮箱： @@@ ail. 点击查看>>

(略)

2022年03月14日

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