项目分类

样本数量（例）

真核有参全转录组测序

*

DIA定量蛋白质组

*

非靶代谢组

*

检测要求

蛋白质组学

检测内容

DIA定量蛋白质组学

检测要求

色谱分离后的样品用Q-Exactive HFX质谱仪（Thermo Scientific）进行DIA质谱分析

检测模式

正检测模式：正离子， * 级质谱扫描范围： 点击查看>> m/z，质谱分辨率： * , * （@m/z * ），AGC target：3e6，Maximum IT： * ms。MS2采用DIA数据采集模式，设置 * 个DIA采集窗口，质谱分辨率： * , * （@m/z * ），AGC target：3e6，Maximum IT：auto，MS2 Activation Type：HCD，Normalized collision energy： * ，Spectral data type: profile。

数据分析

鉴定与定量结果统计、所有样本PCA分析、组间样本venn分析、差异结果数量统计、火山图分析、聚类分析、亚细胞定位分析、结构域分析、GO功能分析（GO功能注释分类、GO功能富集分析、 topGO有向无环分析）、KEGG通路分析（KEGG通路注释、KEGG通路富集分析、KEGG通路图展示）、 (略) 络及module分析、表型与组学关联分析、质控分析（色谱峰平均数据点、peak capacity分析、内标iRT保留时间分析、QC样本CV分布、QC样本PCA分布、QC样本相关性、样本定量强度分布、组间样本鉴定数量分布）。

代谢组学

检测内容

非靶代谢组学

检测要求

采用AB Triple TOF * (略) 样本 * 级、 * 级谱图的采集。TOF MS scan m/z range： * - * Da，product ion scan m/z range： * - * Da，TOF MS scan accumulation time 0. * s/spectra, product ion scan accumulation time 0. * s/spectra； * 级质谱采用information dependent acquisition （IDA）获得，并且采用high sensitivity 模式。

数据分析

实验数据质量分析（QC样本总离子流图的比较、总体样本主成分分析）、代谢物鉴定等级、代谢物鉴定数量统计、代谢物化学分类归属统计、单变量统计分析、多维统计分析（主成分分析、偏最小 * 乘判别分析、正交偏最小 * 乘判别分析）、筛选差异代谢物、聚类分析、相关性分析、KEGG通路注释与分析。

数据库

采用本地自建标准品数据库搜库，通过与本地数据库中代谢物的保留时间、分子质量（分子质量误差在< * ppm内）、 * 级碎裂谱图、碰撞 (略) 匹配，对生物样本中 (略) 结构鉴定，并对 (略) 严格的人工 * 次核对、确认。鉴定等级在Level2以上。

转录组学

检测内容

转录组学

检测要求

Illumina测序平台

数据分析

样品间相关性评估、样本间主成分统计图展示、基因表达水平分析、样品基因表达量总体分布、基因差异表达分析、差异基因筛选、差异基因聚类、差异基因GO富集、top GO有向无环图分析、差异基因KEGG富集、KEGG富集散点图、差异基 (略) 络分析、可变剪切事件分类和数量统计、差异可变剪切事件分类和数量统计、新基因挖掘、基因结构优化。

注意：

联合分析要求：联合分析需在同 * 平台完成，且不允许转包。

项目分类

样本数量（例）

真核有参全转录组测序

*

DIA定量蛋白质组

*

非靶代谢组

*

检测要求

蛋白质组学

检测内容

DIA定量蛋白质组学

检测要求

色谱分离后的样品用Q-Exactive HFX质谱仪（Thermo Scientific）进行DIA质谱分析

检测模式

正检测模式：正离子， * 级质谱扫描范围： 点击查看>> m/z，质谱分辨率： * , * （@m/z * ），AGC target：3e6，Maximum IT： * ms。MS2采用DIA数据采集模式，设置 * 个DIA采集窗口，质谱分辨率： * , * （@m/z * ），AGC target：3e6，Maximum IT：auto，MS2 Activation Type：HCD，Normalized collision energy： * ，Spectral data type: profile。

数据分析

鉴定与定量结果统计、所有样本PCA分析、组间样本venn分析、差异结果数量统计、火山图分析、聚类分析、亚细胞定位分析、结构域分析、GO功能分析（GO功能注释分类、GO功能富集分析、 topGO有向无环分析）、KEGG通路分析（KEGG通路注释、KEGG通路富集分析、KEGG通路图展示）、 (略) 络及module分析、表型与组学关联分析、质控分析（色谱峰平均数据点、peak capacity分析、内标iRT保留时间分析、QC样本CV分布、QC样本PCA分布、QC样本相关性、样本定量强度分布、组间样本鉴定数量分布）。

代谢组学

检测内容

非靶代谢组学

检测要求

采用AB Triple TOF * (略) 样本 * 级、 * 级谱图的采集。TOF MS scan m/z range： * - * Da，product ion scan m/z range： * - * Da，TOF MS scan accumulation time 0. * s/spectra, product ion scan accumulation time 0. * s/spectra； * 级质谱采用information dependent acquisition （IDA）获得，并且采用high sensitivity 模式。

数据分析

实验数据质量分析（QC样本总离子流图的比较、总体样本主成分分析）、代谢物鉴定等级、代谢物鉴定数量统计、代谢物化学分类归属统计、单变量统计分析、多维统计分析（主成分分析、偏最小 * 乘判别分析、正交偏最小 * 乘判别分析）、筛选差异代谢物、聚类分析、相关性分析、KEGG通路注释与分析。

数据库

采用本地自建标准品数据库搜库，通过与本地数据库中代谢物的保留时间、分子质量（分子质量误差在< * ppm内）、 * 级碎裂谱图、碰撞 (略) 匹配，对生物样本中 (略) 结构鉴定，并对 (略) 严格的人工 * 次核对、确认。鉴定等级在Level2以上。

转录组学

检测内容

转录组学

检测要求

Illumina测序平台

数据分析

样品间相关性评估、样本间主成分统计图展示、基因表达水平分析、样品基因表达量总体分布、基因差异表达分析、差异基因筛选、差异基因聚类、差异基因GO富集、top GO有向无环图分析、差异基因KEGG富集、KEGG富集散点图、差异基 (略) 络分析、可变剪切事件分类和数量统计、差异可变剪切事件分类和数量统计、新基因挖掘、基因结构优化。

注意：

联合分析要求：联合分析需在同 * 平台完成，且不允许转包。