深圳大学-竞价公告
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深圳大学-竞价公告
申购单号:CF*
申购主题:10X单细胞转录组建库测序分析服务
采购单位:深圳大学
报价要求:
发票类型:增值税专用发票
币种:人民币
预算:*.0
签约时间:发布竞价结果后7天内签约合同
送货时间:合同签订后7天内送达
安装要求:免费上门安装（含材料费）
收货地址: (略) / (略) /南山区/点击查看>>*
付款方式:货到验收合格后付款
备注说明:申购明细：
| 序号 | 采购内容 | 数量 | 预算单价 |
| 1 | 10X单细胞转录组建库测序分析服务 | 1.0 | 个*.0 |
| 品牌 | |||
| 型号 | |||
| 规格参数 | 1.技术内容和路线。1）完成14个细胞样品10X genomic单细胞转录组3"V3测序，每个样本产生100 Gb的clean data，并完成相应的信息分析。2）对 14个细胞悬液样品进行检测，样品检测合格后采取以下技术路线进行10X genomic单细胞转录组测序：10X genomic单细胞转录组样品制备――上机测序――生物信息学分析。2.根据课题设计和样本特性，对样本采集保存运输和前处理给出可行方案。1）提供适合的样本采集、保存和转运方法及注意事项并现场辅助进行。2）提供适合的细胞悬液制备方法及注意事项并进行制备。3）按照此标准对细胞悬液进行严格质检：总细胞≥10万，细胞活性≥90%，结团率≤5%，碎片率≤5%，质检合格才标记。4）实验员和10xChromium仪器能24h在指定地点待命。5）技术人员在现场沟通和优化样本前处理和制备细胞悬液的过程与方法。3.单细胞悬液质检标记建库和测序。1）完成制备的细胞悬液，质检合格后，立即使用10x Genomics Chromium仪器和Chromium Next GEM Single Cell 3" Library Kit v3.1进行上机标记实验。2）标记实验结束，确认样本形成均一乳浊液状态后，当场进行PCR 反转录。3）反转录的cDNA进行cDNA扩增和质检，通过A、B、C三种等级评估样本后续建库的风险和分析数据的有效性。4）样本质量合格（判定结果至少达到B级），按照Chromium Next GEM Single Cell 3" Library Kit v3.1建库试剂盒进行建库，库检合格则安排上机测序。5）库检合格的样本，使用Ilumina NovaSeq 6000测序仪，PE150模式进行测序，每个样本单细胞转录组测序数据量不低于100G bp，Barcodes和UMIs Q30质控不低于90%，Read2 Q30 质控不低于85%。6）测序结束后，提供数据质控报告，数据质量不达标的，继续加测。4.测序数据标准分析。 1）测序数据Cell ranger流程分析：数据质控，比对基因组，单细胞基因表达定量。 2）细胞-基因表达矩阵导入Seurat 3进行流程分析，数据整合后，过滤多包、空包GEMs和凋亡逆境等低质量细胞，根据样本和数据特征进行过滤。多包GEMs较多时，使用DoubletFinder识别多包并进行过滤。 3）过滤后，对单细胞基因表达量数据进行均一化和PCA降维，矫正批次效应，对细胞进行聚类和分群，并可视化分群结果，根据样本主要细胞类型Marker基因评估分群效果。 4）各细胞亚群上调表达基因筛选和GO、KEGG、Reactome富集分析。 5）各细胞亚群Marker基因筛选和热图、气泡图、小提琴图和tSNE图可视化。 6）各细胞亚群Marker基因蛋白互作网络分析。5.个性化数据分析。 1）通过SingleR和人工辅助鉴定各亚群细胞类型。 2）全部或指定细胞类型拟时分析。 3）指定基因（目标基因或Marker基因）在样本与细胞图谱中表达分析。 4）组间细胞类型和频率差异比较。 5）单个样本scRNA数据聚类分群。 6）指定细胞类型进一步区分子亚群。 7）细胞亚群GSEA分析。 8）细胞亚群GSVA分析。 9）细胞亚群细胞周期分析。 10) 指定细胞类型RNA velocity分析。 12) 细胞亚群相互作用-WGCNA分析 13) 细胞亚群相互作用-细胞通讯分析（Cellphone）。 14）细胞亚群转录因子分析。15）Clonotype分型16）CDR3特征分析17）V/J基因特征分析18）V-J paired特征分析19）多样本分析6. 提供单细胞转录组在线报告系统和在线云平台工具，可供客户实时交互式分析、在线处理和分析数据，该平台需要具备的分析功能包括：1）修改样本名称；2）合并分组；3）重新调整有效细胞过滤参数（基因、UMI、线粒体、多包以及表达或者不表达某个基因）4）分群分析（可以调整不同参数进行分群分析）和细胞比例分析5）亚群上调基因分析6）亚群上调基因功能富集分析，包括GO富集和KEGG富集分析7）呈现目标基因表达分布t-SNE图、Umap图、小提琴图、气泡图、热图、豆荚图8）细胞群组间差异基因分析和富集分析，包括GO富集和KEGG富集分析9）拟时序分析（至少两种拟时序分析方法）10）转录因子分析11）细胞状态分析；7.主动式数据挖掘服务。 1）根据课题目标、样本特性和数据质量，探索出合适的基础的细胞-基因定量数据质控和过滤参数。 2）根据课题目标和数据分析结果，提炼文章框架，构思文章主旨。 3）结合已有知识和单细胞研究进展和已有单细胞数据分析经验，对个性化数据分析结果进行解读研判，并制定下一步数据分析方案。 4）针对关键数据分析结论或推测，需要明确分析结果是否充足，模型算法是否合适，能通过不同分析方法验证同一结论或推测。 5）开发项目在线报告系统，能实时使用在线报告进行数据分析、数据筛选、绘图等工作。 6）根据分析结果和杂志要求，研究和实现数据分析结果的可视化个性展示方式。 7）充分利用单细胞测序行业专业优势，及时掌握大鼠坐骨神经研究领域国际和国内研究进展和情报，遇到严峻竞争事态时，向*方提供预警和差异化研究方案。 8）对于文章投递过程中补充数据分析，能按要求进行数据分析并及时提供分析结果，对审稿人的疑问及时进行解答。 9）免费进行任何其它合理的定制化数据分析，协助至文章发表。 10）能上门进行研究方案讨论、结果解读和指导进行数据分析实操。8. 同类项目有高分文章发表经验。影响因子＞10分文章需要具有20篇，总文章数量＞50篇；9．项目周期。每例样本标记后，样本质量合格时，20个工作日内完成单细胞建库与流程数据分析，30个工作日完成个性化数据分析，跨年放假时间不计算在内。10．项目执行。1）在项目执行周期内，接受委托方参与项目内容相关的数据分析工作和上门探讨数据挖掘研究方案。2）项目执行结束形成正式项目报告书、连同实验原始数据和相关生物信息分析文件一并交付委托方，其后2年内仍需接受委托方提出与项目内容相关的生物信息分析服务。11．验收要求：使用Ilumina NovaSeq 6000测序仪，每个样本单细胞转录组测序数据量不少于100G bp，Barcodes和UMIs Q30质控不低于90%，Read2 Q30 质控不低于85%；流程分析结果能按项目进度安排中约定时间交付；定制化数据分析能下单后立即给出分析周期并到期反馈分析结果。12．培训要求：能对样本采集保存和转运提供培训，能现场观摩悬液制备实验，能上门指导单细胞转录组数据分析实操，能上门培训本项目单细胞转录组在线报告。13．售后服务要求：须于约定时间内出示完整版数据。测序数据不能向任何第三方透露，项目验收完成后将原始测序数据交付给课题组。须为数据后续分析提供技术支持。具有独立的技术支持团队，本项目成立研究小组，及时进行项目的商讨、研发和分析。技术支持至本项目完成后不少于2年。 | ||
| 质保及售后服务 | 按行业标准提供服务 | ||
申购单号:CF*
申购主题:10X单细胞转录组建库测序分析服务
采购单位:深圳大学
报价要求:
发票类型:增值税专用发票
币种:人民币
预算:*.0
签约时间:发布竞价结果后7天内签约合同
送货时间:合同签订后7天内送达
安装要求:免费上门安装（含材料费）
收货地址: (略) / (略) /南山区/点击查看>>*
付款方式:货到验收合格后付款
备注说明:申购明细：
| 序号 | 采购内容 | 数量 | 预算单价 |
| 1 | 10X单细胞转录组建库测序分析服务 | 1.0 | 个*.0 |
| 品牌 | |||
| 型号 | |||
| 规格参数 | 1.技术内容和路线。1）完成14个细胞样品10X genomic单细胞转录组3"V3测序，每个样本产生100 Gb的clean data，并完成相应的信息分析。2）对 14个细胞悬液样品进行检测，样品检测合格后采取以下技术路线进行10X genomic单细胞转录组测序：10X genomic单细胞转录组样品制备――上机测序――生物信息学分析。2.根据课题设计和样本特性，对样本采集保存运输和前处理给出可行方案。1）提供适合的样本采集、保存和转运方法及注意事项并现场辅助进行。2）提供适合的细胞悬液制备方法及注意事项并进行制备。3）按照此标准对细胞悬液进行严格质检：总细胞≥10万，细胞活性≥90%，结团率≤5%，碎片率≤5%，质检合格才标记。4）实验员和10xChromium仪器能24h在指定地点待命。5）技术人员在现场沟通和优化样本前处理和制备细胞悬液的过程与方法。3.单细胞悬液质检标记建库和测序。1）完成制备的细胞悬液，质检合格后，立即使用10x Genomics Chromium仪器和Chromium Next GEM Single Cell 3" Library Kit v3.1进行上机标记实验。2）标记实验结束，确认样本形成均一乳浊液状态后，当场进行PCR 反转录。3）反转录的cDNA进行cDNA扩增和质检，通过A、B、C三种等级评估样本后续建库的风险和分析数据的有效性。4）样本质量合格（判定结果至少达到B级），按照Chromium Next GEM Single Cell 3" Library Kit v3.1建库试剂盒进行建库，库检合格则安排上机测序。5）库检合格的样本，使用Ilumina NovaSeq 6000测序仪，PE150模式进行测序，每个样本单细胞转录组测序数据量不低于100G bp，Barcodes和UMIs Q30质控不低于90%，Read2 Q30 质控不低于85%。6）测序结束后，提供数据质控报告，数据质量不达标的，继续加测。4.测序数据标准分析。 1）测序数据Cell ranger流程分析：数据质控，比对基因组，单细胞基因表达定量。 2）细胞-基因表达矩阵导入Seurat 3进行流程分析，数据整合后，过滤多包、空包GEMs和凋亡逆境等低质量细胞，根据样本和数据特征进行过滤。多包GEMs较多时，使用DoubletFinder识别多包并进行过滤。 3）过滤后，对单细胞基因表达量数据进行均一化和PCA降维，矫正批次效应，对细胞进行聚类和分群，并可视化分群结果，根据样本主要细胞类型Marker基因评估分群效果。 4）各细胞亚群上调表达基因筛选和GO、KEGG、Reactome富集分析。 5）各细胞亚群Marker基因筛选和热图、气泡图、小提琴图和tSNE图可视化。 6）各细胞亚群Marker基因蛋白互作网络分析。5.个性化数据分析。 1）通过SingleR和人工辅助鉴定各亚群细胞类型。 2）全部或指定细胞类型拟时分析。 3）指定基因（目标基因或Marker基因）在样本与细胞图谱中表达分析。 4）组间细胞类型和频率差异比较。 5）单个样本scRNA数据聚类分群。 6）指定细胞类型进一步区分子亚群。 7）细胞亚群GSEA分析。 8）细胞亚群GSVA分析。 9）细胞亚群细胞周期分析。 10) 指定细胞类型RNA velocity分析。 12) 细胞亚群相互作用-WGCNA分析 13) 细胞亚群相互作用-细胞通讯分析（Cellphone）。 14）细胞亚群转录因子分析。15）Clonotype分型16）CDR3特征分析17）V/J基因特征分析18）V-J paired特征分析19）多样本分析6. 提供单细胞转录组在线报告系统和在线云平台工具，可供客户实时交互式分析、在线处理和分析数据，该平台需要具备的分析功能包括：1）修改样本名称；2）合并分组；3）重新调整有效细胞过滤参数（基因、UMI、线粒体、多包以及表达或者不表达某个基因）4）分群分析（可以调整不同参数进行分群分析）和细胞比例分析5）亚群上调基因分析6）亚群上调基因功能富集分析，包括GO富集和KEGG富集分析7）呈现目标基因表达分布t-SNE图、Umap图、小提琴图、气泡图、热图、豆荚图8）细胞群组间差异基因分析和富集分析，包括GO富集和KEGG富集分析9）拟时序分析（至少两种拟时序分析方法）10）转录因子分析11）细胞状态分析；7.主动式数据挖掘服务。 1）根据课题目标、样本特性和数据质量，探索出合适的基础的细胞-基因定量数据质控和过滤参数。 2）根据课题目标和数据分析结果，提炼文章框架，构思文章主旨。 3）结合已有知识和单细胞研究进展和已有单细胞数据分析经验，对个性化数据分析结果进行解读研判，并制定下一步数据分析方案。 4）针对关键数据分析结论或推测，需要明确分析结果是否充足，模型算法是否合适，能通过不同分析方法验证同一结论或推测。 5）开发项目在线报告系统，能实时使用在线报告进行数据分析、数据筛选、绘图等工作。 6）根据分析结果和杂志要求，研究和实现数据分析结果的可视化个性展示方式。 7）充分利用单细胞测序行业专业优势，及时掌握大鼠坐骨神经研究领域国际和国内研究进展和情报，遇到严峻竞争事态时，向*方提供预警和差异化研究方案。 8）对于文章投递过程中补充数据分析，能按要求进行数据分析并及时提供分析结果，对审稿人的疑问及时进行解答。 9）免费进行任何其它合理的定制化数据分析，协助至文章发表。 10）能上门进行研究方案讨论、结果解读和指导进行数据分析实操。8. 同类项目有高分文章发表经验。影响因子＞10分文章需要具有20篇，总文章数量＞50篇；9．项目周期。每例样本标记后，样本质量合格时，20个工作日内完成单细胞建库与流程数据分析，30个工作日完成个性化数据分析，跨年放假时间不计算在内。10．项目执行。1）在项目执行周期内，接受委托方参与项目内容相关的数据分析工作和上门探讨数据挖掘研究方案。2）项目执行结束形成正式项目报告书、连同实验原始数据和相关生物信息分析文件一并交付委托方，其后2年内仍需接受委托方提出与项目内容相关的生物信息分析服务。11．验收要求：使用Ilumina NovaSeq 6000测序仪，每个样本单细胞转录组测序数据量不少于100G bp，Barcodes和UMIs Q30质控不低于90%，Read2 Q30 质控不低于85%；流程分析结果能按项目进度安排中约定时间交付；定制化数据分析能下单后立即给出分析周期并到期反馈分析结果。12．培训要求：能对样本采集保存和转运提供培训，能现场观摩悬液制备实验，能上门指导单细胞转录组数据分析实操，能上门培训本项目单细胞转录组在线报告。13．售后服务要求：须于约定时间内出示完整版数据。测序数据不能向任何第三方透露，项目验收完成后将原始测序数据交付给课题组。须为数据后续分析提供技术支持。具有独立的技术支持团队，本项目成立研究小组，及时进行项目的商讨、研发和分析。技术支持至本项目完成后不少于2年。 | ||
| 质保及售后服务 | 按行业标准提供服务 | ||
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