森林溪流凋落物样品检测采购

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森林溪流凋落物样品检测采购


森林溪流凋落物样品GeoChip检测（FJNU-JJ-230083）采购公告
发布时间：2023-11-14 10:37:15阅读量：13 次

项目名称森林溪流凋落物样品GeoChip检测项目编号FJNU-JJ-*
公告开始日期2023-11-14 10:37:15公告截止日期2023-11-17 12:00:00
采购单位福建师范大学付款方式服务完成验收合格付清全款
联系人成交后在我参与的项目中查看联系电话成交后在我参与的项目中查看
签约时间要求成交后7日内到货时间要求签约后90个工作日内
预算总价￥ *.00
发票要求
收货地址福建师范大学 (略)
供应商资质要求

符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件




采购清单1
采购商品采购数量计量单位所属分类
森林溪流凋落物样品GeoChip检测1批技术测试和分析服务

预算单价￥ *.00
技术参数及配置要求1. 森林溪流凋落物样品 GeoChip检测：
1.1 完成88个溪流凋落物样本的DNA提取。DNA样本质检结果要求：无 RNA、蛋白质等杂质污染，OD260/280：1.8-2.0，D260/230:1.5-1.8；DNA浓度≥50ng/ul，总量≥4ug。如个别样本不能满足后续实验需求，免费重新抽提质检；
1.2 基于荧光标记和芯片杂交的GeoChip技术，检测88个溪流凋落物样本的GeoChip 60K功能基因的信号和丰度信息。
GeoChip 60K检测数据质量要求：
1.2.1 必须使用 Multi-TIFF模式对芯片进行扫描，生成图片格式数据；
1.2.2 必须使用Agilent Feature Extraction 软件将探针的光学信号转换为数字信号；
1.2.3 必须使各个样本光强总和调整到同一批次光强最高的样本的水平；
1.2.4 每个点周围的空白点的信号强度用于计算信噪比，移除信噪比小于 2.0 的信号点；
2. 森林溪流凋落物样本的GeoChip数据分析：
2.1 功能基因组成分析
基于raw_data分别统计各样品在功能大类、功能亚类和基因层级的探针检出数及信号强度，同时绘制柱状图和热图，并基于raw_data中探针的有无进行样品间/组间共有特有探针数统计以及 venn 图的绘制。
2.2 Alpha 多样性分析
基于normalized_data进行Alpha多样性指数计算，了解各样品探针的多样性，同时以柱状图的形式进行展示。
2.3 Beta多样性分析
基于normalized_data进行Beta多样性指数计算，得到样品间距离矩阵，了解样品间探针 构成的差异性和相似性，并结合样本距离heatmap图进行直观展示。
2.4 降维分析
基于normalized_data或Beta多样性指数的距离矩阵进行PCA、PCoA和DCA等降维分析，以便直观展示样本间的差异性和相似性。
2.5 组间差异分析
基于normalized_data分析组间功能结构的差异是否显著，默认选择常见的Anosim和Adonis等组间群落差异显著性检验方法.基于norm_gene_intensity、norm_sub_cat_intensity、 norm_gene_cat_intensity分析gene、sub_cat及gene_cat层级对应的探针信号强度在组间的差异大小，挖掘组间有显著差异的基因或功能类别。
2.6 相关性分析
基于normalized data进行基因和环境参数的基础相关性分析，并以heatmap图进行展示，并进一步进行CCA/RDA分析，BioEnv分析，VPA分析，曼特尔检验等。
3. 交付周期
3.1 成交人收到所需样品和样品信息单，且样本核酸质检合格正式开始计算项目服务周期；
3.2 成交人在样本入库完毕后的6个自然日内完成样本核酸提取和核酸质检，并发送核酸质检报告；
3.3 样本质检合格并得到用户的确认后，在90个自然日内完成GeoChip检测与分析工作；
4. 其它要求：
4.1 所获得的数据成果所有权归采购人所有；
4.2 成交人需与采购人充分沟通样品制备、保存及运输方式以使项目顺利进行。
4.3 签订合同时，成交人须提交获得GeoChip产品厂家Glomics Inc.的代理授权证明原件复印件并加盖成交方公章。
售后服务1、 售后咨询：项目交付 12 个月内，供应方免费提供项目咨询服务；2 、项目结题：成交人以邮件形式所提供的结题报告后 2 个工作日内回复邮件进行确认，逾期未确认的，默认为项目结题；3 、个性化分析：用户在个性化分析启动前一次性以书面方式列出所有分析需求，由成交人后台人员评估后给出分析方案、费用及周期。;

2023-11-14 10:37:15


森林溪流凋落物样品GeoChip检测（FJNU-JJ-230083）采购公告
发布时间：2023-11-14 10:37:15阅读量：13 次

项目名称森林溪流凋落物样品GeoChip检测项目编号FJNU-JJ-*
公告开始日期2023-11-14 10:37:15公告截止日期2023-11-17 12:00:00
采购单位福建师范大学付款方式服务完成验收合格付清全款
联系人成交后在我参与的项目中查看联系电话成交后在我参与的项目中查看
签约时间要求成交后7日内到货时间要求签约后90个工作日内
预算总价￥ *.00
发票要求
收货地址福建师范大学 (略)
供应商资质要求

符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件




采购清单1
采购商品采购数量计量单位所属分类
森林溪流凋落物样品GeoChip检测1批技术测试和分析服务

预算单价￥ *.00
技术参数及配置要求1. 森林溪流凋落物样品 GeoChip检测：
1.1 完成88个溪流凋落物样本的DNA提取。DNA样本质检结果要求：无 RNA、蛋白质等杂质污染，OD260/280：1.8-2.0，D260/230:1.5-1.8；DNA浓度≥50ng/ul，总量≥4ug。如个别样本不能满足后续实验需求，免费重新抽提质检；
1.2 基于荧光标记和芯片杂交的GeoChip技术，检测88个溪流凋落物样本的GeoChip 60K功能基因的信号和丰度信息。
GeoChip 60K检测数据质量要求：
1.2.1 必须使用 Multi-TIFF模式对芯片进行扫描，生成图片格式数据；
1.2.2 必须使用Agilent Feature Extraction 软件将探针的光学信号转换为数字信号；
1.2.3 必须使各个样本光强总和调整到同一批次光强最高的样本的水平；
1.2.4 每个点周围的空白点的信号强度用于计算信噪比，移除信噪比小于 2.0 的信号点；
2. 森林溪流凋落物样本的GeoChip数据分析：
2.1 功能基因组成分析
基于raw_data分别统计各样品在功能大类、功能亚类和基因层级的探针检出数及信号强度，同时绘制柱状图和热图，并基于raw_data中探针的有无进行样品间/组间共有特有探针数统计以及 venn 图的绘制。
2.2 Alpha 多样性分析
基于normalized_data进行Alpha多样性指数计算，了解各样品探针的多样性，同时以柱状图的形式进行展示。
2.3 Beta多样性分析
基于normalized_data进行Beta多样性指数计算，得到样品间距离矩阵，了解样品间探针 构成的差异性和相似性，并结合样本距离heatmap图进行直观展示。
2.4 降维分析
基于normalized_data或Beta多样性指数的距离矩阵进行PCA、PCoA和DCA等降维分析，以便直观展示样本间的差异性和相似性。
2.5 组间差异分析
基于normalized_data分析组间功能结构的差异是否显著，默认选择常见的Anosim和Adonis等组间群落差异显著性检验方法.基于norm_gene_intensity、norm_sub_cat_intensity、 norm_gene_cat_intensity分析gene、sub_cat及gene_cat层级对应的探针信号强度在组间的差异大小，挖掘组间有显著差异的基因或功能类别。
2.6 相关性分析
基于normalized data进行基因和环境参数的基础相关性分析，并以heatmap图进行展示，并进一步进行CCA/RDA分析，BioEnv分析，VPA分析，曼特尔检验等。
3. 交付周期
3.1 成交人收到所需样品和样品信息单，且样本核酸质检合格正式开始计算项目服务周期；
3.2 成交人在样本入库完毕后的6个自然日内完成样本核酸提取和核酸质检，并发送核酸质检报告；
3.3 样本质检合格并得到用户的确认后，在90个自然日内完成GeoChip检测与分析工作；
4. 其它要求：
4.1 所获得的数据成果所有权归采购人所有；
4.2 成交人需与采购人充分沟通样品制备、保存及运输方式以使项目顺利进行。
4.3 签订合同时，成交人须提交获得GeoChip产品厂家Glomics Inc.的代理授权证明原件复印件并加盖成交方公章。
售后服务1、 售后咨询：项目交付 12 个月内，供应方免费提供项目咨询服务；2 、项目结题：成交人以邮件形式所提供的结题报告后 2 个工作日内回复邮件进行确认，逾期未确认的，默认为项目结题；3 、个性化分析：用户在个性化分析启动前一次性以书面方式列出所有分析需求，由成交人后台人员评估后给出分析方案、费用及周期。;

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