深圳大学-竞价公告
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深圳大学-竞价公告
申购单号:CF*
申购主题:线粒体DNA*基化及拷贝数检测
采购单位:深圳大学
报价要求:
发票类型:增值税专用发票
币种:人民币
预算:*.0
签约时间:发布竞价结果后7天内签约合同
送货时间:合同签订后40天内送达
安装要求:免费上门安装（含材料费）
收货地址: (略) / (略) /南山区/点击查看>>*
付款方式:货到验收合格后付款
备注说明:1.自样本检测合格、PCR引物设计完成并检测合格后，在40个自然日内完成样品的建库和测序工作并提供项目所有原始测序数据，包括：测序数据，原始数据、清理数据、序列文件*.fq文件、数据清理步骤记录；所有样本的DNA提取、mtDNA拷贝数和*基化的检测、数据整理分析的全过程实验记录；所有样本的DNA提取、mtDNA拷贝数和*基化的检测、数据分析的质量控制的佐证材料。2.*方确保提交符合合同约定的数据量给*方。考虑到生物学实验的不确定性，*方将有可能在测序过程中产生过量数据。如果实际测序产生的数据量超出合同约定的数据量，*方保证将数据全部提交给*方。3.知识产权归属：a)本协议所产生的所有成果的知识产权全部归属于委托方（*方），受委托方（*方）不得利用测试结果单独申报任何形式的成果。b)在课题执行过程中各自向对方提供的相关信息,不构成向对方授予任何关于知识产权的许可行为。c)本合作协议不在各方之间建立任何商业上的代理、合作关系。申购明细：
| 序号 | 采购内容 | 数量 | 预算单价 |
| 1 | 线粒体DNA*基化及拷贝数检测 | 1.0 | 项 |
| 品牌 | 技术服务 | ||
| 型号 | 技术服务 | ||
| 规格参数 | 委托方（*方）提供508例血液样本，由受托方（*方）完成108例血标本的线粒体DNA（mtDNA）*基化检测，400例血标本的mtDNA拷贝数检测及测序数据的数据整理及分析，技术内容如下：1.DNA提取、DNA浓度检测、DNA完整性检测和全血样本的保存；2.引物设计：对目标序列/位点进行靶向区域*基化Panel设计（Methyl Targeted Panel）,扩增子长度一般为100-300bp长度范围；3.测序：测序策略为PE150测序。拷贝数检测每个样本获得不少于1.5Gb raw data数据(该数据量为WGS数据,在总数据量达标的情况下，每个样本数据量不低于目标数据量的90%，测序平均Q20≥90%，平均Q30≥80%)；*基化检测平均深度200X；4.线粒体DNA*基化检测信息分析：a)去接头污染，去低质量reads和产量情况统计；b）Bisulfite信息采集序列与参考基因组目标序列的比对；c）C碱基深度和覆盖度分析；d）C碱基的*基化水平统计；e）不同样本间基因*基化水平比较；5.线粒体DNA拷贝数检测信息分析：a)原始数据质量评估；b）原始数据Trimming；c）Clean reads 质量评估；d）参考基因组比对情况统计；e）拷贝数变异（CNV）分析；f）参考序列物种：hg196.技术要求：a）DNA提取、DNA浓度及完整性检测（硅胶层析柱法进行DNA提取；Qubit Fluorometer检测DNA浓度；琼脂糖凝胶电泳法检测DNA完整性）；样本的保存：根据血样原有ID号，对所提取的DNA进行编号，确保DNA编号与血样编号一一对应。检测不合格的样品，需要保存在-80℃，保存好ID号，做好记录，并在5个工作日内通知*方，与*方沟通存在的问题；b）mtDNA*基化检测：*方对*方确定的靶向区域进行基于Acegen Targeted Methyl Panel系统的亚硫酸盐测序PCR引物设计，结合高通量测序进行检测，每个样本的位点/区域测序平均深度不低于200X；c）mtDNA拷贝数检测：每个样品进行质检及全基因组测序（whole genome sequencing, WGS）文库构建; 对质检合格的样本基因组DNA进行WGS建库, 样本基因组经超声片段化，DNA片段主峰在200-500bp范围，对应文库大小主峰在300-600bp主峰范围。然后进行末端修复，接头连接，最后进行PCR扩增；d）*方在*方筛选确定的基因启动子区域进行BSP引物设计合成及验证 | ||
| 质保及售后服务 | 1. *方提供的样品不合格时，*方应在5个工作日内与*方进行沟通，*方在5个工作日内进行样品的及时更换。2. 如因*方过错导致项目迟延时，*方应及时与*方沟通，*方应承担违约责任，*方除继续履行合同外，还应支付违约金，违约金为已支付金额的10%。3. *方需对涉及本合同的技术文件、资料信息、检测结果等进行保密，保密期限为合同有效期及合同终止后三年内。泄密方承担因此给信息提供方造成的损失，并支付本项目总费用金额的30%作为违约金。4. 如因*方过错导致项目失败、合同被解除时，应当支付本项目总费用金额的 30% 作为违约金，还应在合同解除之日起30个日历日内返还*方已经支付的合同款。 | ||
申购单号:CF*
申购主题:线粒体DNA*基化及拷贝数检测
采购单位:深圳大学
报价要求:
发票类型:增值税专用发票
币种:人民币
预算:*.0
签约时间:发布竞价结果后7天内签约合同
送货时间:合同签订后40天内送达
安装要求:免费上门安装（含材料费）
收货地址: (略) / (略) /南山区/点击查看>>*
付款方式:货到验收合格后付款
备注说明:1.自样本检测合格、PCR引物设计完成并检测合格后，在40个自然日内完成样品的建库和测序工作并提供项目所有原始测序数据，包括：测序数据，原始数据、清理数据、序列文件*.fq文件、数据清理步骤记录；所有样本的DNA提取、mtDNA拷贝数和*基化的检测、数据整理分析的全过程实验记录；所有样本的DNA提取、mtDNA拷贝数和*基化的检测、数据分析的质量控制的佐证材料。2.*方确保提交符合合同约定的数据量给*方。考虑到生物学实验的不确定性，*方将有可能在测序过程中产生过量数据。如果实际测序产生的数据量超出合同约定的数据量，*方保证将数据全部提交给*方。3.知识产权归属：a)本协议所产生的所有成果的知识产权全部归属于委托方（*方），受委托方（*方）不得利用测试结果单独申报任何形式的成果。b)在课题执行过程中各自向对方提供的相关信息,不构成向对方授予任何关于知识产权的许可行为。c)本合作协议不在各方之间建立任何商业上的代理、合作关系。申购明细：
| 序号 | 采购内容 | 数量 | 预算单价 |
| 1 | 线粒体DNA*基化及拷贝数检测 | 1.0 | 项 |
| 品牌 | 技术服务 | ||
| 型号 | 技术服务 | ||
| 规格参数 | 委托方（*方）提供508例血液样本，由受托方（*方）完成108例血标本的线粒体DNA（mtDNA）*基化检测，400例血标本的mtDNA拷贝数检测及测序数据的数据整理及分析，技术内容如下：1.DNA提取、DNA浓度检测、DNA完整性检测和全血样本的保存；2.引物设计：对目标序列/位点进行靶向区域*基化Panel设计（Methyl Targeted Panel）,扩增子长度一般为100-300bp长度范围；3.测序：测序策略为PE150测序。拷贝数检测每个样本获得不少于1.5Gb raw data数据(该数据量为WGS数据,在总数据量达标的情况下，每个样本数据量不低于目标数据量的90%，测序平均Q20≥90%，平均Q30≥80%)；*基化检测平均深度200X；4.线粒体DNA*基化检测信息分析：a)去接头污染，去低质量reads和产量情况统计；b）Bisulfite信息采集序列与参考基因组目标序列的比对；c）C碱基深度和覆盖度分析；d）C碱基的*基化水平统计；e）不同样本间基因*基化水平比较；5.线粒体DNA拷贝数检测信息分析：a)原始数据质量评估；b）原始数据Trimming；c）Clean reads 质量评估；d）参考基因组比对情况统计；e）拷贝数变异（CNV）分析；f）参考序列物种：hg196.技术要求：a）DNA提取、DNA浓度及完整性检测（硅胶层析柱法进行DNA提取；Qubit Fluorometer检测DNA浓度；琼脂糖凝胶电泳法检测DNA完整性）；样本的保存：根据血样原有ID号，对所提取的DNA进行编号，确保DNA编号与血样编号一一对应。检测不合格的样品，需要保存在-80℃，保存好ID号，做好记录，并在5个工作日内通知*方，与*方沟通存在的问题；b）mtDNA*基化检测：*方对*方确定的靶向区域进行基于Acegen Targeted Methyl Panel系统的亚硫酸盐测序PCR引物设计，结合高通量测序进行检测，每个样本的位点/区域测序平均深度不低于200X；c）mtDNA拷贝数检测：每个样品进行质检及全基因组测序（whole genome sequencing, WGS）文库构建; 对质检合格的样本基因组DNA进行WGS建库, 样本基因组经超声片段化，DNA片段主峰在200-500bp范围，对应文库大小主峰在300-600bp主峰范围。然后进行末端修复，接头连接，最后进行PCR扩增；d）*方在*方筛选确定的基因启动子区域进行BSP引物设计合成及验证 | ||
| 质保及售后服务 | 1. *方提供的样品不合格时，*方应在5个工作日内与*方进行沟通，*方在5个工作日内进行样品的及时更换。2. 如因*方过错导致项目迟延时，*方应及时与*方沟通，*方应承担违约责任，*方除继续履行合同外，还应支付违约金，违约金为已支付金额的10%。3. *方需对涉及本合同的技术文件、资料信息、检测结果等进行保密，保密期限为合同有效期及合同终止后三年内。泄密方承担因此给信息提供方造成的损失，并支付本项目总费用金额的30%作为违约金。4. 如因*方过错导致项目失败、合同被解除时，应当支付本项目总费用金额的 30% 作为违约金，还应在合同解除之日起30个日历日内返还*方已经支付的合同款。 | ||
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