南方医科大学3例小鼠脑组织时空转录组+9例单细胞核转录组+24例例非靶代谢多组学测序服务项目
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南方医科大学3例小鼠脑组织时空转录组+9例单细胞核转录组+24例例非靶代谢多组学测序服务项目
| 竞价编号：JJ* | |
| 项目名称：南方医科大学3例小鼠脑组织时空转录组+9例单细胞核转录组+24例16S rDNA72例非靶代谢多组学测序服务项目 | |
| 项目预算(元)：已隐藏 | 报价方式： 总价报价 |
| 采购单位：南方医科大学 | 联系人：点击查看>>点击查看>> |
| 最少报价家数：3 | 联系电话：点击查看>>点击查看>> |
| 联系手机：点击查看>>点击查看>> | 电子邮箱：点击查看>>点击查看>> |
| 异议反馈：点击查看>>点击查看>> | |
| 开始时间：2024-07-19 11:15:35 | 截止时间：2024-07-22 11:15:00 |
| 报价文件要求：本项目要求报价时上传相关文件 | |
| 资格条件：1. 16s：完成 24例小鼠肠道内容物样品的16s rDNA测序，平均每个样品产出 * 条Tags，并进行相应的标准/高级信息分析。 2. 时空转录组：研究涉及的物种为小鼠脑组织；完成 1 份样品组织样本优化；完成 3 份小鼠脑组织样品高分辨率STOmics空间转录组测序，芯片大小1*2cm，每份样本产生 2 Gpair-end reads，并完成小鼠及弓形虫相应的信息分析。 3. 单细胞核转录组：完成 9 个小鼠细胞样品10X genomics单细胞转录组3"-V3测序，每批次上机 9 个样品，每个样本产生_100_G数据，并完成小鼠及弓形虫相应的信息分析。 4. 非靶代谢：完成 72 个小鼠样品非靶向代谢组检测，并完成相应的信息分析。 5. (略) ，能够免费分析，时限最少5年。 6. 我方测序数据后续的生信分析要求，除未开发的分析方法外，文献或公开信息库中已发表的可实现的生信分析及个性化的生信分析，包括宿主细胞及弓形虫细胞（若能测得弓形虫的单细胞/时空组学数据）的单组学及多组学关联的相关个性化分析，服务方应能免费并及时（1周内）反馈及交付要求的后续分析结果，本售后服务时限为自测序数据交付回我方后5年。 |
| 付款方式：1.在合同生效30个工作日内，*方收取第一笔款项60%； 2.*方完成分析工作后，向*方提供简化版结题报告后15个工作日内，*方收取余款40%；确认回款后*方向*方提交全部数据和分析报告。 | |
| 交付时间： 签订合同后1825天送货。 | |
| 交付地址： 南方医科大学 (略) 。 | |
| 质保期及售后要求：1.病理切片后在切片样品转移至时空组学芯片上的步骤中，若由于实验室环境条件（温度、湿度、气流等）或实验人员操作引起的样品在芯片上未充分铺开、组织切片未完全置于芯片有效区域内、存在折叠区域、切片存在裂开（非边缘细小凹凸）导致的芯片制备失败，由服务方承担芯片费用，并立即进行新一片芯片制备。服务方应保证在试验前有足够的芯片以满足实验需要，若因试验过程中由于芯片数量不足引起的试验中止，重新切割导致目标区域不足够采样，服务方承担重新制备小鼠样品的全部经费损失，但金额不超过该样本项目金额。 2.服务方免费赠送5个任意生信培训或活动名额。 3.服务方项目相关负责人需对*方科研背景有较为充分和全面的认知，能够做好阶段性向*方开展相关汇报的准备。 4..数据交付后，服务方将基于本项目数据的同一套流程分析结果提供个性化分析服务，直至文章产出。为了促进我方文章尽快产出，数据提交5年内，服务方提供免费的生信分析及项目咨询服务，超过此期限，将酌情收费。 5. 测序过程中产生的序列文件*.fq和相关生物信息分析结果文件等全部参考文献资料、原始数据和二次数据，请服务方提供移动硬盘进行所有数据的保存及转交。 | |
| 其他要求：1.服务方应保证项目如期完成，如因服务方过错导致项目迟延或终止时，服务方应及时与*方沟通，协商处理方式。如因服务方过错提供的项目成果不符合双方约定时，服务方应重新提供。 2.服务方应履行以下保密义务： 1）保密内容（包括技术信息和经营信息）：原始资料、 (略) 线、试验报告及与试验有关的资料结果及价格等。 2）涉密人员范围：参与项目所有人员。 3）保密期限：自合同生效日起2年。 4）泄密责任：一切责任由泄密方承担。 3.为方便*方测序数据的使用，服务方承诺在最终数据提供后，继续保留数据 3个月，超过3个月，服务方不承担保存数据的义务； 4.服务方应当保证其交付给*方的研究开发成果不侵犯任何第三人的合法权益。 5.服务方不得在向*方交付研究开发成果之前，自行将研究开发成果转让给第三人。 |
| 序号 | 标的名称 | 数量 | 单位 | 品牌 | 是否限定品牌 | 技术要求 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3例小鼠脑组织时空转录组+9例单细胞核转录组+24例16S rDNA72例非靶代谢多组学测序服务项目 | 1.00 | 个 | 非靶：Triple TOF 6600+质谱仪（AB SCIEX）；10x：10X GENOMICS标记，测序illumina xplus，空转：STOmics?，测序BGI T10, 16srDNA：v3-v4，novaseq6000 | 否 | 技术参数要求 (一)服务内容： 时空转录组：研究涉及的物种为小鼠脑组织；完成 1 份样品组织样本优化；完成 3 份小鼠脑组织样品高分辨率STOmics空间转录组测序，芯片大小1*2cm，每份样本产生 2 Gpair-end reads，并完成相应的信息分析。 单细胞核转录组：完成 9 个小鼠细胞核样品10X genomics单细胞转录组3"-V3测序，每批次上机 9 个样品，每个样本产生_100_G数据，并完成相应的信息分析。 16s：完成 24例小鼠肠道内容物样品的16s rDNA测序，平均每个样品产出 * 条Tags，并进行相应的标准/高级信息分析。 非靶代谢：完成 72 个小鼠样品非靶向代谢组检测，并完成相应的信息分析。 (二)技术要求： 1）10×Genomics单细胞核转录组测序技术要求 1.10X genomics单细胞标记、建库、测序和数据质量均有相应的质控标准； 2.投标人能够提供标准的样本准备方法，参照方法进行组织处理和保存。提供脑组织样本的细胞核悬液制备服务；投标人需提供具体的操作流程，及细胞核悬液的显微镜照片和荧光计数仪的检测结果； 3. (略) 采用il (略) ，测序读长为150bp pairend，单个样品的测序数据量不低于100G，Q30＞80%； 4.提供基础的全面的流程分析以外，还提供个性化分析：对细胞进行聚类分群，根据细胞类型注释软件结合已知marker基因进行亚群细胞类型注释，并对特定细胞亚群进行功能注释（分组GSEA功能注释分析、亚群差异基因功能富集分析），使用GSVA比较不同组间相同细胞类 (略) ，对亚群进行细胞轨迹分析，构建细胞演化图谱，细胞间通讯分析（至少2种方法），SCENIC转录因子分析等；可以根据项目分析要求开发或测试新的分析方法。 5.开发有单 (略) ，云平台可分析内容包括细胞过滤、细胞注释、分群分析、组间差异基因分析、拟时分析（至少4个软件），细胞通讯分析（至少2个软件）、转录因子分析和基因集评分分析， (略) 的相关证明。 2）Stereo seq时空转录组测序技术要求 1.每个芯片大小为 1cm*2cm，检测分辨率不低于 500nm（即两个捕获探针中心之间的距离不大于 500nm），每个样本数据量：不低于2G raw data； 2.同时具备针对新鲜组织样本和冰冻包埋样本 (略) ，包括冷冻切片机（Leica），荧光倒置显微镜（Leica），2100/4200 生物分析仪（agilent）（提供相关证明材料）。 3.投标人能够提供标准的脑组织样本准备方法包括最佳的透化条件（根据所做脑的空间转录组项目经验），参照方法进行脑组织处理和保存。提供小鼠脑组织样本的冷冻包埋制备服务；投标人需提供具体的操作流程，及组织切片HE染色照片与组织优化后的荧光照片。 4.根据Spot聚类得到的cluster进行细胞类型注释，并对特定细胞亚群进行功能注释（分组GSEA功能注释分析、亚群差异基因功能富集分析），特定细胞类型拟时序分化分析以及分化过程功能注释，细胞间通讯分析，SCENIC转录因子分析，RNA速率分析等。提供基础的全面的流程分析以外，还提供个性化分析，可以根据项目分析要求开发或测试新的分析方法。 5.开发有 (略) ，可供客户实时交互式分析、使用在线报告进行数据分析、数据筛选、绘图等， (略) 的相关证明。 6.开发有单细胞+空间转录组关联分析报告，可以做RCTD、cell2location、stereoscope、MIA、Music关联分析。 3）16s和非靶代谢组测序技术要求 1.开发有微 (略) ，可供客户实时交互式分析：物种组成分析、指示物种分析、alpha多样性、beta多样性分析、功能分析、环境因子分析等， (略) 的相关证明； 2. (略) ，可以在线构建分组方案、分析样本关系、多元统计分析、差异分析、MSEA分析等； 3.开发有16S- (略) ，可动态构建关联O2PLS分析模型和相关性分析； 4.开发有单细胞+常规代谢组关联报告和16S-代谢组关联报告，分析细胞代谢相似性、构建O2PLS 模型等。 4）其他要求： 1.数据存储时间：120个工作日，在项目结束后（即数据交付后）存储时间不少于3月时间，测序数据及基础、高级分析数据采用硬盘交付，后续生信数 (略) 络交付。 2.生信分析学习：为本项目课题组成员提供生物信息学培训名额，提供培训视频课程及出版的生物信息学书籍。 3.可以根据课题组需求，提供优质的售后服务，并及时响应和解决整个项目过程出现的问题（包括协助指导实验或上门解决生信分析问题和需求等），同时提供测序数据的解读。 4.发文情况：供应商均具有相关测序和生物信息服务资质、发表过单细胞测序、空间转录组测序、微生物和代谢组测序高影响因子文章（其中IF≥15至少5篇）。 5.人员配置情况：项目负责人须为专业技术人员具有研究生及以上学历，实验人员和信息分析人员应有专业技术知识培训及较丰富的业务工作经验。 6.质量控制：整体项目实验和标准数据分析按SOP文件进行样本质控、文库质控和数据质控，提供各步骤质控报告，质控和分析结果沟通24小时实时响应。 |
| 序号 | 附件名称 | 上传时间 | 大小 | 操作 |
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| 1 | 技术要求 .docx | 2024-07-16 19:55:19 | 无 | 登录后可下载附件 |
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| 资格条件：1. 16s：完成 24例小鼠肠道内容物样品的16s rDNA测序，平均每个样品产出 * 条Tags，并进行相应的标准/高级信息分析。 2. 时空转录组：研究涉及的物种为小鼠脑组织；完成 1 份样品组织样本优化；完成 3 份小鼠脑组织样品高分辨率STOmics空间转录组测序，芯片大小1*2cm，每份样本产生 2 Gpair-end reads，并完成小鼠及弓形虫相应的信息分析。 3. 单细胞核转录组：完成 9 个小鼠细胞样品10X genomics单细胞转录组3"-V3测序，每批次上机 9 个样品，每个样本产生_100_G数据，并完成小鼠及弓形虫相应的信息分析。 4. 非靶代谢：完成 72 个小鼠样品非靶向代谢组检测，并完成相应的信息分析。 5. (略) ，能够免费分析，时限最少5年。 6. 我方测序数据后续的生信分析要求，除未开发的分析方法外，文献或公开信息库中已发表的可实现的生信分析及个性化的生信分析，包括宿主细胞及弓形虫细胞（若能测得弓形虫的单细胞/时空组学数据）的单组学及多组学关联的相关个性化分析，服务方应能免费并及时（1周内）反馈及交付要求的后续分析结果，本售后服务时限为自测序数据交付回我方后5年。 |
| 付款方式：1.在合同生效30个工作日内，*方收取第一笔款项60%； 2.*方完成分析工作后，向*方提供简化版结题报告后15个工作日内，*方收取余款40%；确认回款后*方向*方提交全部数据和分析报告。 | |
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| 质保期及售后要求：1.病理切片后在切片样品转移至时空组学芯片上的步骤中，若由于实验室环境条件（温度、湿度、气流等）或实验人员操作引起的样品在芯片上未充分铺开、组织切片未完全置于芯片有效区域内、存在折叠区域、切片存在裂开（非边缘细小凹凸）导致的芯片制备失败，由服务方承担芯片费用，并立即进行新一片芯片制备。服务方应保证在试验前有足够的芯片以满足实验需要，若因试验过程中由于芯片数量不足引起的试验中止，重新切割导致目标区域不足够采样，服务方承担重新制备小鼠样品的全部经费损失，但金额不超过该样本项目金额。 2.服务方免费赠送5个任意生信培训或活动名额。 3.服务方项目相关负责人需对*方科研背景有较为充分和全面的认知，能够做好阶段性向*方开展相关汇报的准备。 4..数据交付后，服务方将基于本项目数据的同一套流程分析结果提供个性化分析服务，直至文章产出。为了促进我方文章尽快产出，数据提交5年内，服务方提供免费的生信分析及项目咨询服务，超过此期限，将酌情收费。 5. 测序过程中产生的序列文件*.fq和相关生物信息分析结果文件等全部参考文献资料、原始数据和二次数据，请服务方提供移动硬盘进行所有数据的保存及转交。 | |
| 其他要求：1.服务方应保证项目如期完成，如因服务方过错导致项目迟延或终止时，服务方应及时与*方沟通，协商处理方式。如因服务方过错提供的项目成果不符合双方约定时，服务方应重新提供。 2.服务方应履行以下保密义务： 1）保密内容（包括技术信息和经营信息）：原始资料、 (略) 线、试验报告及与试验有关的资料结果及价格等。 2）涉密人员范围：参与项目所有人员。 3）保密期限：自合同生效日起2年。 4）泄密责任：一切责任由泄密方承担。 3.为方便*方测序数据的使用，服务方承诺在最终数据提供后，继续保留数据 3个月，超过3个月，服务方不承担保存数据的义务； 4.服务方应当保证其交付给*方的研究开发成果不侵犯任何第三人的合法权益。 5.服务方不得在向*方交付研究开发成果之前，自行将研究开发成果转让给第三人。 |
| 序号 | 标的名称 | 数量 | 单位 | 品牌 | 是否限定品牌 | 技术要求 |
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| 1 | 3例小鼠脑组织时空转录组+9例单细胞核转录组+24例16S rDNA72例非靶代谢多组学测序服务项目 | 1.00 | 个 | 非靶：Triple TOF 6600+质谱仪（AB SCIEX）；10x：10X GENOMICS标记，测序illumina xplus，空转：STOmics?，测序BGI T10, 16srDNA：v3-v4，novaseq6000 | 否 | 技术参数要求 (一)服务内容： 时空转录组：研究涉及的物种为小鼠脑组织；完成 1 份样品组织样本优化；完成 3 份小鼠脑组织样品高分辨率STOmics空间转录组测序，芯片大小1*2cm，每份样本产生 2 Gpair-end reads，并完成相应的信息分析。 单细胞核转录组：完成 9 个小鼠细胞核样品10X genomics单细胞转录组3"-V3测序，每批次上机 9 个样品，每个样本产生_100_G数据，并完成相应的信息分析。 16s：完成 24例小鼠肠道内容物样品的16s rDNA测序，平均每个样品产出 * 条Tags，并进行相应的标准/高级信息分析。 非靶代谢：完成 72 个小鼠样品非靶向代谢组检测，并完成相应的信息分析。 (二)技术要求： 1）10×Genomics单细胞核转录组测序技术要求 1.10X genomics单细胞标记、建库、测序和数据质量均有相应的质控标准； 2.投标人能够提供标准的样本准备方法，参照方法进行组织处理和保存。提供脑组织样本的细胞核悬液制备服务；投标人需提供具体的操作流程，及细胞核悬液的显微镜照片和荧光计数仪的检测结果； 3. (略) 采用il (略) ，测序读长为150bp pairend，单个样品的测序数据量不低于100G，Q30＞80%； 4.提供基础的全面的流程分析以外，还提供个性化分析：对细胞进行聚类分群，根据细胞类型注释软件结合已知marker基因进行亚群细胞类型注释，并对特定细胞亚群进行功能注释（分组GSEA功能注释分析、亚群差异基因功能富集分析），使用GSVA比较不同组间相同细胞类 (略) ，对亚群进行细胞轨迹分析，构建细胞演化图谱，细胞间通讯分析（至少2种方法），SCENIC转录因子分析等；可以根据项目分析要求开发或测试新的分析方法。 5.开发有单 (略) ，云平台可分析内容包括细胞过滤、细胞注释、分群分析、组间差异基因分析、拟时分析（至少4个软件），细胞通讯分析（至少2个软件）、转录因子分析和基因集评分分析， (略) 的相关证明。 2）Stereo seq时空转录组测序技术要求 1.每个芯片大小为 1cm*2cm，检测分辨率不低于 500nm（即两个捕获探针中心之间的距离不大于 500nm），每个样本数据量：不低于2G raw data； 2.同时具备针对新鲜组织样本和冰冻包埋样本 (略) ，包括冷冻切片机（Leica），荧光倒置显微镜（Leica），2100/4200 生物分析仪（agilent）（提供相关证明材料）。 3.投标人能够提供标准的脑组织样本准备方法包括最佳的透化条件（根据所做脑的空间转录组项目经验），参照方法进行脑组织处理和保存。提供小鼠脑组织样本的冷冻包埋制备服务；投标人需提供具体的操作流程，及组织切片HE染色照片与组织优化后的荧光照片。 4.根据Spot聚类得到的cluster进行细胞类型注释，并对特定细胞亚群进行功能注释（分组GSEA功能注释分析、亚群差异基因功能富集分析），特定细胞类型拟时序分化分析以及分化过程功能注释，细胞间通讯分析，SCENIC转录因子分析，RNA速率分析等。提供基础的全面的流程分析以外，还提供个性化分析，可以根据项目分析要求开发或测试新的分析方法。 5.开发有 (略) ，可供客户实时交互式分析、使用在线报告进行数据分析、数据筛选、绘图等， (略) 的相关证明。 6.开发有单细胞+空间转录组关联分析报告，可以做RCTD、cell2location、stereoscope、MIA、Music关联分析。 3）16s和非靶代谢组测序技术要求 1.开发有微 (略) ，可供客户实时交互式分析：物种组成分析、指示物种分析、alpha多样性、beta多样性分析、功能分析、环境因子分析等， (略) 的相关证明； 2. (略) ，可以在线构建分组方案、分析样本关系、多元统计分析、差异分析、MSEA分析等； 3.开发有16S- (略) ，可动态构建关联O2PLS分析模型和相关性分析； 4.开发有单细胞+常规代谢组关联报告和16S-代谢组关联报告，分析细胞代谢相似性、构建O2PLS 模型等。 4）其他要求： 1.数据存储时间：120个工作日，在项目结束后（即数据交付后）存储时间不少于3月时间，测序数据及基础、高级分析数据采用硬盘交付，后续生信数 (略) 络交付。 2.生信分析学习：为本项目课题组成员提供生物信息学培训名额，提供培训视频课程及出版的生物信息学书籍。 3.可以根据课题组需求，提供优质的售后服务，并及时响应和解决整个项目过程出现的问题（包括协助指导实验或上门解决生信分析问题和需求等），同时提供测序数据的解读。 4.发文情况：供应商均具有相关测序和生物信息服务资质、发表过单细胞测序、空间转录组测序、微生物和代谢组测序高影响因子文章（其中IF≥15至少5篇）。 5.人员配置情况：项目负责人须为专业技术人员具有研究生及以上学历，实验人员和信息分析人员应有专业技术知识培训及较丰富的业务工作经验。 6.质量控制：整体项目实验和标准数据分析按SOP文件进行样本质控、文库质控和数据质控，提供各步骤质控报告，质控和分析结果沟通24小时实时响应。 |
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