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| 项目名称 | Compound Discoverer软件 | 项目编号 | XJD* |
|---|---|---|---|
| 公告开始日期 | 2024-11-13 08:21:33 | 公告截止日期 | 2024-11-18 12:00:00 |
| 采购单位 | 西安交通大学 | 付款方式 | 100%信用证，见开箱记录后解付90%货款，剩余货款验收合格后解付。按需供货，每月根据实际用量结算 |
| 签约时间要求 | 发布竞价结果后7天内签订合同 | 到货时间要求 | 合同签订后60天内送达 |
| 预算总价 | 币种 | 美元 | |
| 收货地址 | (略) (略) | ||
| 供应商资质要求 | 无 | ||
| 采购商品 | 采购数量 | 计量单位 | 附件 |
|---|---|---|---|
| Compound Discoverer软件 | 1.00 | 套 | 无 |
| 品牌 | 不限（满足参数即可） |
|---|---|
| 型号 | 不限（满足参数即可） |
| 预算单价 | |
| 规格参数 | Compound Discoverer软件招标参数 一、应用领域 Compound Discoverer软件是针对高分辨率、高质量精度质谱仪开发的一款多功能的小分子分析软件，适用于已知和完全未知物的非目标筛查、定性以及统计学分析。Compound Discoverer软件提供了丰富的功能模块，定制化组合为核心的流程化设计，具有良好的灵活性与可拓展性。 “一键”实现从原 (略) 理、结构鉴定 (略) 分析。适用于环境和食品安全研究、食品科学、代谢/脂质组学、代谢流、中药和天然产物、药物代谢、杂质分析、降解产物分析、E&L分析以及法医毒理学等分析。 二、主要功能 软件主要分为两部分功能，其一为非目标性的筛查、定性及差异性分析；以及目标性物质分析，如给定母药的药物代谢、杂质分析等。部分功能阐释如下： 1. 非目标性的筛查、定性及差异性分析 Compound Discoverer 软件有丰富的应用模板，集成色谱峰对齐、峰提取、填充缺失值、归一化、统计学分析、化合物鉴定等功能。具有多种 (略) 络数据库资源，以及在线和 (略) 数据库，可根据分析需求单独或者组合使用。 1.1. 提峰并鉴定未知物 软件一键式对色谱峰中所有组分进行提取，并使用标准品数据库mzCloud?、ChemSpider、MassBank或自建mzVault标准品数据库进行数据库搜索。数据库资源包括：（1）标准品数据库：mzCloud?及自建mzVault标准品数据库，其中mzCloud?目前包含内源性物质、药物、食品安全等覆盖17个不同应用方向，提供＞20,043个化合物，＞9,216,948张图谱，＞25,174种化 (略) 径 ，且在不断更新；（2）NIST LC-MS/MS数据库；（3）MassBank等公开资源谱图数据库；（4）ChemSpider数据库，包含1.14亿种化合物资源，软件的搜索引擎可以做到在线快速搜库，鉴定未知分析物。 1.2.样本间统计学分析 针 (略) 理处理或表型的样本，快速找出不同样本组之间的统计学差异。使用交互式链接显示查看研究中的成分趋势，寻找并鉴定多个样本组之间的差异性成分，通过添加标签、过滤等方式结合多种统计学分析结果快速筛选潜在的目标性组分。 1.3. (略) 分析 Compound Discoverer集成了Thermo Scientific Metabolika、KEGG和Bi (略) 络数据库，在代谢组学、脂质组学、代谢流分析中，进 (略) 分析，并可交互 (略) 分析的结果。 2. 目标性物质的代谢产物、杂质分析 Compound Discoverer集成了给定母药的药物代谢、杂质分析等流程。包含目前常见的I相和II相transformation形式，并可通过dealkylation/diarylation功能，碎片和母药间相关性等手段，针对已知transformation的目标性代谢物、杂质进行分析；同时可以通过质量亏损过滤、母药碎片搜索、特征同位素分布模式等功能对“未知”的代谢物、杂质进行查找。 3. 工作流程化（自带模板） 3.1. 工作流程模块化 Compound Discoverer 软件基于节点（node）式设计，可根据不同的应用特点组合为丰富的应用模板（workflow），用户可方便地调用模板直接分析，目前已有12个不同应用方向近50个workflow可用。 3.2. 自定义模板 针对特殊的应用方向，用户可用灵活的组合所需要的节点。拖放式的编辑模式可轻松将节点集成至一个完整的workflow中。并可在单 (略) 理中将目标性和非目标性分析结合，灵活地选 (略) 理数据，针对用户个性化研究方向进行更加精确的分析，以得到更为准确的结果。 4. 数据结果展示 软件分析完成后，可生成多个列表，包含Compounds、Features、搜索不同数据库的结果、统计学分析方法等，并可快速筛选对分析最有意义的数据，不同的结果展示方式也使数据查看更简单高效。 4.1.结果表格筛选，带有自动隐藏背景功能 各个列表间相互链接并综合在Compounds列表中，能够方便地显示化合物的保留时间、化合物注释结果、统计学分析结果、相 (略) 、峰形评价得分、峰面积等等。 4.2. 丰富的结果展示方式 提供诸如峰面积、RSD、MS2等的直方图、饼图等数据统计。同时提供主成分分析、聚类分析等多种统计学分析方式，并通过PCA得分图、载荷图、火山图、交互式聚类分析热图、PLS-DA、箱线图和趋势线图等多种展示方式，更高效地进行数据分析。 4.3. 显示质谱树与碎片注释，提供阐 (略) 径 软件的化合物注释结果中，采用mzCloud?和mzVault标准品数据库进行分析，并提供匹配分数，增加化合物注释结果的可信度。标准品数据库匹配的结果以镜像图的形式进行展示，并可将mzCloud?数据库中碎片信息展示在镜像图上。针对不在数据库中的物质，可以通过FISh Scoring功能，自动生成理论碎片并和采集的数据进行匹配，理论的碎片同样可展示在碎片图中。 三、Compound Discoverer 3.x系列新特点 1. 代谢流分析 软件可以进行非靶向的代谢流分析。针对完全 (略) 的代谢流分析，可以通过数据库鉴定未知物等手段完成。提供代谢物标记的元素的个数、标记的量、以及交互式 (略) 分析等结果。 2. mzLogic算法 mzLogic是一种先进的算法，利用MS2相似性搜索手段。首先从 mzCloud?数据库*张谱图中获得最相似的谱图，并获得相应的碎片结构信息，再采用结构相似性算法，最大程度的解释ChemSpider搜索匹配的结构，对候选化合物进行智能排序，提升化合物注释结果的数量和可信度。 3. (略) 络功能 (略) 络（Molecular Networking）分析，旨在可视化样品中化合物与化合物间的相似性。Molecular Networking算法通过已知的代谢途径，以及MS2谱图的相似性，获得分子间的相互关系，从而为新化合物的鉴定提供可能性。主要在中药、药物杂质、药物代谢、毒品以及环境领域的新化合物的发现。 4. 全新的峰检测算法，峰质量评价指数 在新的CD3.3软件中，Peak Rating通过评估色谱峰的峰形、色谱峰/基线比等四维参数，最大化地进行峰检测，从而获得更多的色谱峰信息，避免峰丢失。并通过预置的峰面积、峰形、CV等参数对提到的峰进行打分。可以快速的保留高质量的色谱峰，提升提峰的准确性和运算速度。 5. 基于QC样本的峰面积校正和归一化 CD*续引入了基于QC样本进行峰面积校正的方法，同时引入了基于随机森林的缺失值填充，以及多批次QC样本的系统误差校正（SERRF）等功能；此外，增加了包括峰面积总和（Sum）或中位数（Median）等4种选择的归一化方法，增强大队列分析的能力，提高结果的准确性。 综上，该软件包含(1)全新的峰检测算法、峰质量评级计算和过滤功能、(2)ChromAlign节点方法、(3)新的Search mzCloud?节点功能（使用采集的MSn的多级数据搜索整个mzCloud?数据库的质谱树，计算MS2和MSn质谱树的匹配分值，还可以在 Compounds表中检索和显示 |
| 售后服务 | 1. 厂家提供软件的现场安装调试并达到投标书指标要求的技术性能，并同时在现场对用户进行操作培训。培训次数不少于3次。 2. 厂家提供终身免费技术支持。 |
| 项目名称 | Compound Discoverer软件 | 项目编号 | XJD* |
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| 公告开始日期 | 2024-11-13 08:21:33 | 公告截止日期 | 2024-11-18 12:00:00 |
| 采购单位 | 西安交通大学 | 付款方式 | 100%信用证，见开箱记录后解付90%货款，剩余货款验收合格后解付。按需供货，每月根据实际用量结算 |
| 签约时间要求 | 发布竞价结果后7天内签订合同 | 到货时间要求 | 合同签订后60天内送达 |
| 预算总价 | 币种 | 美元 | |
| 收货地址 | (略) (略) | ||
| 供应商资质要求 | 无 | ||
| 采购商品 | 采购数量 | 计量单位 | 附件 |
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| Compound Discoverer软件 | 1.00 | 套 | 无 |
| 品牌 | 不限（满足参数即可） |
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| 型号 | 不限（满足参数即可） |
| 预算单价 | |
| 规格参数 | Compound Discoverer软件招标参数 一、应用领域 Compound Discoverer软件是针对高分辨率、高质量精度质谱仪开发的一款多功能的小分子分析软件，适用于已知和完全未知物的非目标筛查、定性以及统计学分析。Compound Discoverer软件提供了丰富的功能模块，定制化组合为核心的流程化设计，具有良好的灵活性与可拓展性。 “一键”实现从原 (略) 理、结构鉴定 (略) 分析。适用于环境和食品安全研究、食品科学、代谢/脂质组学、代谢流、中药和天然产物、药物代谢、杂质分析、降解产物分析、E&L分析以及法医毒理学等分析。 二、主要功能 软件主要分为两部分功能，其一为非目标性的筛查、定性及差异性分析；以及目标性物质分析，如给定母药的药物代谢、杂质分析等。部分功能阐释如下： 1. 非目标性的筛查、定性及差异性分析 Compound Discoverer 软件有丰富的应用模板，集成色谱峰对齐、峰提取、填充缺失值、归一化、统计学分析、化合物鉴定等功能。具有多种 (略) 络数据库资源，以及在线和 (略) 数据库，可根据分析需求单独或者组合使用。 1.1. 提峰并鉴定未知物 软件一键式对色谱峰中所有组分进行提取，并使用标准品数据库mzCloud?、ChemSpider、MassBank或自建mzVault标准品数据库进行数据库搜索。数据库资源包括：（1）标准品数据库：mzCloud?及自建mzVault标准品数据库，其中mzCloud?目前包含内源性物质、药物、食品安全等覆盖17个不同应用方向，提供＞20,043个化合物，＞9,216,948张图谱，＞25,174种化 (略) 径 ，且在不断更新；（2）NIST LC-MS/MS数据库；（3）MassBank等公开资源谱图数据库；（4）ChemSpider数据库，包含1.14亿种化合物资源，软件的搜索引擎可以做到在线快速搜库，鉴定未知分析物。 1.2.样本间统计学分析 针 (略) 理处理或表型的样本，快速找出不同样本组之间的统计学差异。使用交互式链接显示查看研究中的成分趋势，寻找并鉴定多个样本组之间的差异性成分，通过添加标签、过滤等方式结合多种统计学分析结果快速筛选潜在的目标性组分。 1.3. (略) 分析 Compound Discoverer集成了Thermo Scientific Metabolika、KEGG和Bi (略) 络数据库，在代谢组学、脂质组学、代谢流分析中，进 (略) 分析，并可交互 (略) 分析的结果。 2. 目标性物质的代谢产物、杂质分析 Compound Discoverer集成了给定母药的药物代谢、杂质分析等流程。包含目前常见的I相和II相transformation形式，并可通过dealkylation/diarylation功能，碎片和母药间相关性等手段，针对已知transformation的目标性代谢物、杂质进行分析；同时可以通过质量亏损过滤、母药碎片搜索、特征同位素分布模式等功能对“未知”的代谢物、杂质进行查找。 3. 工作流程化（自带模板） 3.1. 工作流程模块化 Compound Discoverer 软件基于节点（node）式设计，可根据不同的应用特点组合为丰富的应用模板（workflow），用户可方便地调用模板直接分析，目前已有12个不同应用方向近50个workflow可用。 3.2. 自定义模板 针对特殊的应用方向，用户可用灵活的组合所需要的节点。拖放式的编辑模式可轻松将节点集成至一个完整的workflow中。并可在单 (略) 理中将目标性和非目标性分析结合，灵活地选 (略) 理数据，针对用户个性化研究方向进行更加精确的分析，以得到更为准确的结果。 4. 数据结果展示 软件分析完成后，可生成多个列表，包含Compounds、Features、搜索不同数据库的结果、统计学分析方法等，并可快速筛选对分析最有意义的数据，不同的结果展示方式也使数据查看更简单高效。 4.1.结果表格筛选，带有自动隐藏背景功能 各个列表间相互链接并综合在Compounds列表中，能够方便地显示化合物的保留时间、化合物注释结果、统计学分析结果、相 (略) 、峰形评价得分、峰面积等等。 4.2. 丰富的结果展示方式 提供诸如峰面积、RSD、MS2等的直方图、饼图等数据统计。同时提供主成分分析、聚类分析等多种统计学分析方式，并通过PCA得分图、载荷图、火山图、交互式聚类分析热图、PLS-DA、箱线图和趋势线图等多种展示方式，更高效地进行数据分析。 4.3. 显示质谱树与碎片注释，提供阐 (略) 径 软件的化合物注释结果中，采用mzCloud?和mzVault标准品数据库进行分析，并提供匹配分数，增加化合物注释结果的可信度。标准品数据库匹配的结果以镜像图的形式进行展示，并可将mzCloud?数据库中碎片信息展示在镜像图上。针对不在数据库中的物质，可以通过FISh Scoring功能，自动生成理论碎片并和采集的数据进行匹配，理论的碎片同样可展示在碎片图中。 三、Compound Discoverer 3.x系列新特点 1. 代谢流分析 软件可以进行非靶向的代谢流分析。针对完全 (略) 的代谢流分析，可以通过数据库鉴定未知物等手段完成。提供代谢物标记的元素的个数、标记的量、以及交互式 (略) 分析等结果。 2. mzLogic算法 mzLogic是一种先进的算法，利用MS2相似性搜索手段。首先从 mzCloud?数据库*张谱图中获得最相似的谱图，并获得相应的碎片结构信息，再采用结构相似性算法，最大程度的解释ChemSpider搜索匹配的结构，对候选化合物进行智能排序，提升化合物注释结果的数量和可信度。 3. (略) 络功能 (略) 络（Molecular Networking）分析，旨在可视化样品中化合物与化合物间的相似性。Molecular Networking算法通过已知的代谢途径，以及MS2谱图的相似性，获得分子间的相互关系，从而为新化合物的鉴定提供可能性。主要在中药、药物杂质、药物代谢、毒品以及环境领域的新化合物的发现。 4. 全新的峰检测算法，峰质量评价指数 在新的CD3.3软件中，Peak Rating通过评估色谱峰的峰形、色谱峰/基线比等四维参数，最大化地进行峰检测，从而获得更多的色谱峰信息，避免峰丢失。并通过预置的峰面积、峰形、CV等参数对提到的峰进行打分。可以快速的保留高质量的色谱峰，提升提峰的准确性和运算速度。 5. 基于QC样本的峰面积校正和归一化 CD*续引入了基于QC样本进行峰面积校正的方法，同时引入了基于随机森林的缺失值填充，以及多批次QC样本的系统误差校正（SERRF）等功能；此外，增加了包括峰面积总和（Sum）或中位数（Median）等4种选择的归一化方法，增强大队列分析的能力，提高结果的准确性。 综上，该软件包含(1)全新的峰检测算法、峰质量评级计算和过滤功能、(2)ChromAlign节点方法、(3)新的Search mzCloud?节点功能（使用采集的MSn的多级数据搜索整个mzCloud?数据库的质谱树，计算MS2和MSn质谱树的匹配分值，还可以在 Compounds表中检索和显示 |
| 售后服务 | 1. 厂家提供软件的现场安装调试并达到投标书指标要求的技术性能，并同时在现场对用户进行操作培训。培训次数不少于3次。 2. 厂家提供终身免费技术支持。 |
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