生科院采购基因组测序虚拟仿真实验设计服务
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生科院采购基因组测序虚拟仿真实验设计服务
| 竞价编号：JJ(略) | |
| 项目名称：生科院采购基因组测序虚拟仿真实验设计服务 | |
| 项目预算(元)：(略) | 报价方式： 总价报价 |
| 采购单位：华南师范大学 | 联系人：点击查看>>点击查看>> |
| 最少报价家数：3 | 联系电话：点击查看>>点击查看>> |
| 联系手机：点击查看>>点击查看>> | 电子邮箱：点击查看>>点击查看>> |
| 异议反馈：点击查看>>点击查看>> | |
| 开始时间：2024-11-15 12:09:00 | 截止时间：2024-11-18 12:09:00 |
| 报价文件要求：本项目要求报价时上传相关文件 | |
| 资格条件：满足政府采购法第二十二条规定的其他证明材料及承诺 （1）具有独立承担民事责任的能力，具有有效的营业执照； （2）具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度（提供 2023年财务审计报告或者提供其基本开户银行出具的资信证明）； （3） 近三个月内其中任意一个月依法缴纳税收的完税证明； （4） 近三个月内其中任意一个月依法缴纳社会保障资金的证明材料； （5）参加政府采购活动前三年内，在经营活动中没有重大违法记录（提供参加政府采购活动前 3 年内在经营活动中没有重大违法记录的书面声明）； 采购代理机构将在开标结束后通过“信用中国”网站（http://**.cn）和 “中国 (略) ”网站（http://**.cn）等渠道查询供应商的相关主体信用记录，查询范围（供应商）。对列入失信被执行人、重大税收违法案件当事人名单、政府采购严重违法失信行为记录名单的供应商，采购人、采购代理机构应当拒绝其参与本项目采购活动。 |
| 付款方式：中标单位完成部署安装调试并经验收小组验收合格后，提供等额发票等资料，采购人在 15 日内向中标单位支付合同总额的 100 % | |
| 交付时间： 签订合同后20天送货。 | |
| 交付地址： 采购人指定位置。 | |
| 质保期及售后要求：1．质保期1年，质保期自双方在项目验收报告签字之日起计算。 2. 质保期内（以本项目验收合格之日算起）提供以下技术支持和服务： （1）电话咨询：提供技术援助电话，解答采购人在使用中遇到的问题，及时为采购人提出解决问题的建议和办法。 （2）现场响应：2小时内响应（包括电话响应）；12小时内到达现场（如电话响应无法解决）。修复时间：24 小时内解决；如在24小时内无法修复，则采取应急措施，以确保项目成果正常运行。 | |
| 其他要求：无 |
| 序号 | 标的名称 | 数量 | 计量单位 | 生产厂商/品牌 | 型号规格 | 是否限定品牌 | 技术要求 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 基因组测序虚拟仿真实验 | 1.00 | 套 | - | - | 否 | 一、整体要求： 1.基因组测序虚拟仿真实验需要通过提供一个高仿真度的、高交互操作的虚拟实验环境，为师生提供基因组测序虚拟实验支持。 ★2.须具备多终端支持，能够实现在包括WEB端、PC端等终端的使用。 3.具备完好的兼容性，能够支持在Windows7以上版本、64位以上操作系统的PC机上运行。支持在不安装任何插件的情况下在包括谷歌浏览器、360浏览器、火狐浏览器等浏览器流畅的运行。 4.实验功能设计合理、流程完整、互动友好，具备流畅的用户实验体验，能够直观、方便的进行实验操作。交互和提示功能完善，对于用户正常操作、异常操作、以及带操作内容需要进行明显的提示和实时的反馈。 5.实验包含认知模块、实验教学模块和考核模块。 6.认知模块在虚拟模型的基础上，提供以图片、视频、图文等形式的学：基因组Hi-C文库构建、二代测序及数据结果分析、基因组质量评估、并生成评估报告。 11.具备标准开放接口，能够实现应用融合、数据互通，提供和学校现有以及未来建设的教学、 (略) 的对接。 ★（1）在实验使用期内，须按照学校 (略) 的对接以及数据互通。（须提供承诺书） ★（2）提供和国家虚拟仿真 (略) 的对接接口和支持服务。实现实训人次、实验人数等实验过程和结 (略) 数据互通，满足对接要求。（须具有成功且成熟的对接案例，并提供视频演示） ★12.维护升级：提供学校使用期间的系统内容和功能维护升级服务，在使用期间内，实验的年更新率不低于10%。使用期内，对学校提出的功能点、内容、交互操作等升级和修改要求，免费提供定制化修改和完善。（须提供承诺书） 二、虚拟仿真实验功能要求： 1.基因组特征评估，包括基因组小片段文库构建、二代测序及数据结果分析。 （1）实现基因组DNA提取实验功能： 1）提供基因组评估模块，支持1.1比例搭建实验台仿真模拟场景。进行待测序样品组织基因组DNA的提取操作。 2）须提供基因组大小不同的两种物种作为测序材料选项：植物类选择模式生物拟南芥，动物类则选用家蚕。 3）预设一键式完成高质量DNA提取的功能，确保DNA的纯度与完整性。支持根据用户所选物种，自动展示其基因组大小等关键信息。 （2）支持基因组评估短片段测序文库构建功能，支持利用提取的DNA样品（样品1）进行基因组评估短片段测序文库的构建。构建过程须要包含以下内容： 1）DNA样品片段化：将DNA样品切割成适合测序的短片段 2）补平与加A：对片段化的DNA进行末端补平，并在3"端添加单个腺嘌呤（A）碱基，以便于后续接头的连接。 3）加接头：将特定的测序接头连接到DNA片段的两端，为测序仪识别做准备。 4）PCR扩增：通过聚合酶链式反应（PCR）扩增含有接头的DNA片段，以增加文库中的DNA量。 5）片段纯化回收：去除未连接的接头、引物和其他杂质，确保文库的质量。 （3）支持测序过程（测序机房三维仿真场景），支持用户需进入测序机房三维仿真场景（机房场景1）执行以下操作： 1）选择测序深度：根据研究目的和预算，用户需合理选择测序深度，以确保获得足够的测序数据。 2）开机与加样：启动虚拟模型测序仪，并将测序文库样品（文库1）加入到测序芯片中。 3）启动测序：点击启动按钮，开始测序过程。此时，系统将播放测序过程动画视频，同时伴随同期语音解释，以直观展示测序的各个环节。 （4）支持数据分析功能，提供以下分析： 1）展示测序结果数据文件：系统将在数据文件夹1.1中展示测序结果数据文件，供用户查看。 2）上传至服务器：支持用户将测序结果文件上传至服务器（Linux桌面环境），以便进行后续分析。 3）数据分析：支持用户在服务器上，选择数据分析软件及命令，进行数据质量控制、基因组特征评估等操作。提供交互式选择功能，引导用户完成软件的选择、命令行的生成等步骤，并展示计算等待及结果文件生成的过程。 4）结果下载与查看：支持最终生成的评估结果文件夹（结果文件夹1.2）下载到本地电脑（Windows系统桌面）。用户可在Windows环境中查看包含基因组kmer特征分布图谱、预估基因组大小等图形结果的文件。 2.须提供基因组测序及拼接，包括：基因组三代测序文库的构建、HiFy测序及数据结果分析。 （1）支持DNA样品选择与准备功能：支持选取来自模块一的DNA样品1，并根据用户操作进行提示，对错误进行提示：此样品为测序的起始材料，其质量和完整性将直接影响后续测序及分析结果。 （2）测序文库构建（文库2） 1）支持用户进入试验台三维仿真场景（实验台场景2）：支持用户需进入高度仿真的试验台环境，模拟真实的文库构建过程。 2）须满足文库构建步骤：须依据Hifi测序的要求，执行包括DNA片段化、末端修复、加接头、筛选、PCR扩增等在内的文库构建流程。每一步骤均需严格遵循操作指南，确保文库的质量与测序的兼容性。 （3）满足上机测序实验功能，支持以下要求： 1）支持用户进入测序机房仿真场景（机房场景2）：用户需将构建好的文库转移至测序机房，准备进行上机测序。 2）测序参数设置：根据文库的特性及测序需求，设置合理的测序参数，如测序深度、读长等。 3）测序执行：启动测序仪，开始测序过程。测序数据将实时生成并存储于测序仪的内置存储系统中。 （4）测序数据传输与基因组拼接分析 1）支持用户进入电脑及屏幕仿真场景（电脑场景2）：测序完成后，支持用户将测序数据传输至电脑，进行后续的数据分析。 2）数据文件夹管理：在数据文件夹2中，用户可找到测序所得的原始数据，包括测序读段、质量得分等信息。 3）基因组拼接分析：支持利用专业的生物信息学软件及算法，对测序数据进行拼接、比对、注释等分析。此过程旨在生成初步的基因组草图序列。 4）结果文件夹生成：分析完成后，须将在结果文件夹2中生成包含基因组草图序列的文件，即draftgenome.fa。此文件为本模块的核心输出结果，将作为后续分析的基础。 3. 提供HiC辅助组装基因组至染色体水平：基因组Hi-C文库构建、二代测序及数据结果分析。 （1） (略) 理 1）实验环境设置：实验操作须提供专业的实验台仿真模拟环境（试验台场景3），针对选定的物种组织样品进行测序前 (略) 理。所选物种与前期模块一保持一致，确保实验的连续性和数据的一致性。 2）须满 (略) 理流程：通过高清晰度动画视频，详细展示以下步骤： (略)醛交联：固定染色体三维结构。 细胞裂解：释放染色体DNA。 酶切：产生适合Hi-C分析的DNA片段。 末端补平：确保DNA片段末端的一致性。 生物素标记：对DNA片段进行标记。 连接反应：连接标记的DNA片段。 解交联：恢复DNA的线性状态。 (略) 理后， (略) 理样品（样品3.1）置于离心管中。 （2） Hi-C测序文库构建 1）须满足文库构建：预处理样品转移至短片段测序文库构建的实验台仿真场景（试验台场景1.2），并通过动画视频指导完成文库构建过程，最终获得Hi-C测序文库溶液（文库3）。 （3）进行测序 1）测序执行：支持用户在文库3在专业测序机房（机房场景1）进行高通量测序，生成测序数据文件夹（数据文件夹3）。 （4）数据结果分析 1）需满足用户对基因组草图 (略) 理：对模块二生成的基因组草图文件（draftgenome.fa）进行去冗 (略) 理，生成优化后的结果文件（结果文件3.1）。 2）须满足用户对基因组辅助组装：利用专业的基因组辅助组装软件，结合测序数据文件3. (略) 理结果文件3.1，执行以下步骤：运行组装流程，生成染色体水平的基因组序列文件（chromosome.fa）。生成包括基因组互作热图在内的相关结果文件，归档于结果文件夹3中。 4.须提供基因组质量评估模块 1）支持用户对组装好的基因组进行质量评估。在电脑及屏幕仿真场景（电脑场景4）中，针对chromosome.fa文件，利用相关软件，进行组装质量评估，包括contigN50，ScaffoldN50的计算，以及基因组完整性评估。 |
| 序号 | 附件名称 | 上传时间 | 大小 | 操作 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 六：附件-基因组测序虚拟仿真实验系统参数V2.docx | 2024-11-15 12:13:10 | 无 | 登录后可下载附件 |
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| 资格条件：满足政府采购法第二十二条规定的其他证明材料及承诺 （1）具有独立承担民事责任的能力，具有有效的营业执照； （2）具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度（提供 2023年财务审计报告或者提供其基本开户银行出具的资信证明）； （3） 近三个月内其中任意一个月依法缴纳税收的完税证明； （4） 近三个月内其中任意一个月依法缴纳社会保障资金的证明材料； （5）参加政府采购活动前三年内，在经营活动中没有重大违法记录（提供参加政府采购活动前 3 年内在经营活动中没有重大违法记录的书面声明）； 采购代理机构将在开标结束后通过“信用中国”网站（http://**.cn）和 “中国 (略) ”网站（http://**.cn）等渠道查询供应商的相关主体信用记录，查询范围（供应商）。对列入失信被执行人、重大税收违法案件当事人名单、政府采购严重违法失信行为记录名单的供应商，采购人、采购代理机构应当拒绝其参与本项目采购活动。 |
| 付款方式：中标单位完成部署安装调试并经验收小组验收合格后，提供等额发票等资料，采购人在 15 日内向中标单位支付合同总额的 100 % | |
| 交付时间： 签订合同后20天送货。 | |
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| 质保期及售后要求：1．质保期1年，质保期自双方在项目验收报告签字之日起计算。 2. 质保期内（以本项目验收合格之日算起）提供以下技术支持和服务： （1）电话咨询：提供技术援助电话，解答采购人在使用中遇到的问题，及时为采购人提出解决问题的建议和办法。 （2）现场响应：2小时内响应（包括电话响应）；12小时内到达现场（如电话响应无法解决）。修复时间：24 小时内解决；如在24小时内无法修复，则采取应急措施，以确保项目成果正常运行。 | |
| 其他要求：无 |
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| 1 | 基因组测序虚拟仿真实验 | 1.00 | 套 | - | - | 否 | 一、整体要求： 1.基因组测序虚拟仿真实验需要通过提供一个高仿真度的、高交互操作的虚拟实验环境，为师生提供基因组测序虚拟实验支持。 ★2.须具备多终端支持，能够实现在包括WEB端、PC端等终端的使用。 3.具备完好的兼容性，能够支持在Windows7以上版本、64位以上操作系统的PC机上运行。支持在不安装任何插件的情况下在包括谷歌浏览器、360浏览器、火狐浏览器等浏览器流畅的运行。 4.实验功能设计合理、流程完整、互动友好，具备流畅的用户实验体验，能够直观、方便的进行实验操作。交互和提示功能完善，对于用户正常操作、异常操作、以及带操作内容需要进行明显的提示和实时的反馈。 5.实验包含认知模块、实验教学模块和考核模块。 6.认知模块在虚拟模型的基础上，提供以图片、视频、图文等形式的学：基因组Hi-C文库构建、二代测序及数据结果分析、基因组质量评估、并生成评估报告。 11.具备标准开放接口，能够实现应用融合、数据互通，提供和学校现有以及未来建设的教学、 (略) 的对接。 ★（1）在实验使用期内，须按照学校 (略) 的对接以及数据互通。（须提供承诺书） ★（2）提供和国家虚拟仿真 (略) 的对接接口和支持服务。实现实训人次、实验人数等实验过程和结 (略) 数据互通，满足对接要求。（须具有成功且成熟的对接案例，并提供视频演示） ★12.维护升级：提供学校使用期间的系统内容和功能维护升级服务，在使用期间内，实验的年更新率不低于10%。使用期内，对学校提出的功能点、内容、交互操作等升级和修改要求，免费提供定制化修改和完善。（须提供承诺书） 二、虚拟仿真实验功能要求： 1.基因组特征评估，包括基因组小片段文库构建、二代测序及数据结果分析。 （1）实现基因组DNA提取实验功能： 1）提供基因组评估模块，支持1.1比例搭建实验台仿真模拟场景。进行待测序样品组织基因组DNA的提取操作。 2）须提供基因组大小不同的两种物种作为测序材料选项：植物类选择模式生物拟南芥，动物类则选用家蚕。 3）预设一键式完成高质量DNA提取的功能，确保DNA的纯度与完整性。支持根据用户所选物种，自动展示其基因组大小等关键信息。 （2）支持基因组评估短片段测序文库构建功能，支持利用提取的DNA样品（样品1）进行基因组评估短片段测序文库的构建。构建过程须要包含以下内容： 1）DNA样品片段化：将DNA样品切割成适合测序的短片段 2）补平与加A：对片段化的DNA进行末端补平，并在3"端添加单个腺嘌呤（A）碱基，以便于后续接头的连接。 3）加接头：将特定的测序接头连接到DNA片段的两端，为测序仪识别做准备。 4）PCR扩增：通过聚合酶链式反应（PCR）扩增含有接头的DNA片段，以增加文库中的DNA量。 5）片段纯化回收：去除未连接的接头、引物和其他杂质，确保文库的质量。 （3）支持测序过程（测序机房三维仿真场景），支持用户需进入测序机房三维仿真场景（机房场景1）执行以下操作： 1）选择测序深度：根据研究目的和预算，用户需合理选择测序深度，以确保获得足够的测序数据。 2）开机与加样：启动虚拟模型测序仪，并将测序文库样品（文库1）加入到测序芯片中。 3）启动测序：点击启动按钮，开始测序过程。此时，系统将播放测序过程动画视频，同时伴随同期语音解释，以直观展示测序的各个环节。 （4）支持数据分析功能，提供以下分析： 1）展示测序结果数据文件：系统将在数据文件夹1.1中展示测序结果数据文件，供用户查看。 2）上传至服务器：支持用户将测序结果文件上传至服务器（Linux桌面环境），以便进行后续分析。 3）数据分析：支持用户在服务器上，选择数据分析软件及命令，进行数据质量控制、基因组特征评估等操作。提供交互式选择功能，引导用户完成软件的选择、命令行的生成等步骤，并展示计算等待及结果文件生成的过程。 4）结果下载与查看：支持最终生成的评估结果文件夹（结果文件夹1.2）下载到本地电脑（Windows系统桌面）。用户可在Windows环境中查看包含基因组kmer特征分布图谱、预估基因组大小等图形结果的文件。 2.须提供基因组测序及拼接，包括：基因组三代测序文库的构建、HiFy测序及数据结果分析。 （1）支持DNA样品选择与准备功能：支持选取来自模块一的DNA样品1，并根据用户操作进行提示，对错误进行提示：此样品为测序的起始材料，其质量和完整性将直接影响后续测序及分析结果。 （2）测序文库构建（文库2） 1）支持用户进入试验台三维仿真场景（实验台场景2）：支持用户需进入高度仿真的试验台环境，模拟真实的文库构建过程。 2）须满足文库构建步骤：须依据Hifi测序的要求，执行包括DNA片段化、末端修复、加接头、筛选、PCR扩增等在内的文库构建流程。每一步骤均需严格遵循操作指南，确保文库的质量与测序的兼容性。 （3）满足上机测序实验功能，支持以下要求： 1）支持用户进入测序机房仿真场景（机房场景2）：用户需将构建好的文库转移至测序机房，准备进行上机测序。 2）测序参数设置：根据文库的特性及测序需求，设置合理的测序参数，如测序深度、读长等。 3）测序执行：启动测序仪，开始测序过程。测序数据将实时生成并存储于测序仪的内置存储系统中。 （4）测序数据传输与基因组拼接分析 1）支持用户进入电脑及屏幕仿真场景（电脑场景2）：测序完成后，支持用户将测序数据传输至电脑，进行后续的数据分析。 2）数据文件夹管理：在数据文件夹2中，用户可找到测序所得的原始数据，包括测序读段、质量得分等信息。 3）基因组拼接分析：支持利用专业的生物信息学软件及算法，对测序数据进行拼接、比对、注释等分析。此过程旨在生成初步的基因组草图序列。 4）结果文件夹生成：分析完成后，须将在结果文件夹2中生成包含基因组草图序列的文件，即draftgenome.fa。此文件为本模块的核心输出结果，将作为后续分析的基础。 3. 提供HiC辅助组装基因组至染色体水平：基因组Hi-C文库构建、二代测序及数据结果分析。 （1） (略) 理 1）实验环境设置：实验操作须提供专业的实验台仿真模拟环境（试验台场景3），针对选定的物种组织样品进行测序前 (略) 理。所选物种与前期模块一保持一致，确保实验的连续性和数据的一致性。 2）须满 (略) 理流程：通过高清晰度动画视频，详细展示以下步骤： (略)醛交联：固定染色体三维结构。 细胞裂解：释放染色体DNA。 酶切：产生适合Hi-C分析的DNA片段。 末端补平：确保DNA片段末端的一致性。 生物素标记：对DNA片段进行标记。 连接反应：连接标记的DNA片段。 解交联：恢复DNA的线性状态。 (略) 理后， (略) 理样品（样品3.1）置于离心管中。 （2） Hi-C测序文库构建 1）须满足文库构建：预处理样品转移至短片段测序文库构建的实验台仿真场景（试验台场景1.2），并通过动画视频指导完成文库构建过程，最终获得Hi-C测序文库溶液（文库3）。 （3）进行测序 1）测序执行：支持用户在文库3在专业测序机房（机房场景1）进行高通量测序，生成测序数据文件夹（数据文件夹3）。 （4）数据结果分析 1）需满足用户对基因组草图 (略) 理：对模块二生成的基因组草图文件（draftgenome.fa）进行去冗 (略) 理，生成优化后的结果文件（结果文件3.1）。 2）须满足用户对基因组辅助组装：利用专业的基因组辅助组装软件，结合测序数据文件3. (略) 理结果文件3.1，执行以下步骤：运行组装流程，生成染色体水平的基因组序列文件（chromosome.fa）。生成包括基因组互作热图在内的相关结果文件，归档于结果文件夹3中。 4.须提供基因组质量评估模块 1）支持用户对组装好的基因组进行质量评估。在电脑及屏幕仿真场景（电脑场景4）中，针对chromosome.fa文件，利用相关软件，进行组装质量评估，包括contigN50，ScaffoldN50的计算，以及基因组完整性评估。 |
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| 1 | 六：附件-基因组测序虚拟仿真实验系统参数V2.docx | 2024-11-15 12:13:10 | 无 | 登录后可下载附件 |
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