玫瑰茄全基因组图谱开发延期公告
玫瑰茄全基因组图谱开发延期公告
项目名称 | 玫瑰茄全基因组图谱开发 | 项目编号 | EJWJ* |
---|---|---|---|
公告开始日期 | * | 公告截止日期 | * |
采购单位 | 福建农林大学 | 付款方式 | 待结题报告交付后,付全款。 |
联系人 | 中标后在我参与的项目中查看 | 联系电话 | 中标后在我参与的项目中查看 |
签约时间要求 | 成交后30日内 | 到货时间要求 | 无 |
预 算 | *.0 | ||
收货地址 | 无 | ||
供应商资质要求 | 符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件 |
采购商品 | 采购数量 | 计量单位 | 所属分类 |
---|---|---|---|
玫瑰茄全基因组图谱开发 | 1 | 项 | 农学研究服务 |
品牌 | 无 |
---|---|
型号 | 无 |
品牌2 | 无 |
型号 | 无 |
品牌3 | 无 |
型号 | 无 |
预算 | *.0 |
技术参数及配置要求 | 1、完成玫瑰茄样品的DNA提取,质检合格后构建三代测序基因组文库进行PacBio R (略) HIFI测序模式测序并进行数据质控,测序数据量60Gb;构建二代测序基因组文库进行DNB- (略) PE150测序策略测序并进行数据质控,测序数据量50G;2、完成玫瑰茄样品的*醛交联、细胞核提取,构建1个Hi-C文库,质检后基于il (略) 进行测序。测序数据量200Gb;3、完成4个玫瑰茄不同组织样品的RNA提取,质检合格后进行基于DNB- (略) 进行常规转录组测序,测序数据量6G;取不同组织部位玫瑰茄样品进行RNA提取,质检合格后基于 (略) 进行转录组测序,测序数据量10G;完成测序后进行HIFI单倍型基因组图谱分析,分析内容如下:(1)数据质控;(2)单倍型基因组组装(共组装2套)(组装、组装结果评估);(3)HIC辅助基因组拼接,比对参考基因组,将组装得到的Contig挂载到染色体,挂载率>90%;(4)基因组注释基因组注释(重复序列注释、基因结构注释、基因功能注释、ncRNA注释);(5)比较基因组学分析(基因家族分析、系统进化分析);(6)单倍型基因组特有分析、亚基因组结构变异分析、亚基因组不对称进化分析(Ka/Ks差异分析)等位基因表达偏岐分析;4、1)供应商样本提取合格率≥98%,对于DNA提取不合格样本,提取到合格为止。2)供应商针对检测合格后的样品(样本总量≥ 100ng),搭配自动化建库仪器,通量做到1人/4H/96个样本。3)供应商拥有自主nanopore测序仪并服务过使用 (略) 测序的用户,并发表过文章。 |
售后服务 | 7×24小时技术支持,服务响应时限:反馈问题后2小时内; |
项目名称 | 玫瑰茄全基因组图谱开发 | 项目编号 | EJWJ* |
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公告开始日期 | * | 公告截止日期 | * |
采购单位 | 福建农林大学 | 付款方式 | 待结题报告交付后,付全款。 |
联系人 | 中标后在我参与的项目中查看 | 联系电话 | 中标后在我参与的项目中查看 |
签约时间要求 | 成交后30日内 | 到货时间要求 | 无 |
预 算 | *.0 | ||
收货地址 | 无 | ||
供应商资质要求 | 符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件 |
采购商品 | 采购数量 | 计量单位 | 所属分类 |
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玫瑰茄全基因组图谱开发 | 1 | 项 | 农学研究服务 |
品牌 | 无 |
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型号 | 无 |
品牌2 | 无 |
型号 | 无 |
品牌3 | 无 |
型号 | 无 |
预算 | *.0 |
技术参数及配置要求 | 1、完成玫瑰茄样品的DNA提取,质检合格后构建三代测序基因组文库进行PacBio R (略) HIFI测序模式测序并进行数据质控,测序数据量60Gb;构建二代测序基因组文库进行DNB- (略) PE150测序策略测序并进行数据质控,测序数据量50G;2、完成玫瑰茄样品的*醛交联、细胞核提取,构建1个Hi-C文库,质检后基于il (略) 进行测序。测序数据量200Gb;3、完成4个玫瑰茄不同组织样品的RNA提取,质检合格后进行基于DNB- (略) 进行常规转录组测序,测序数据量6G;取不同组织部位玫瑰茄样品进行RNA提取,质检合格后基于 (略) 进行转录组测序,测序数据量10G;完成测序后进行HIFI单倍型基因组图谱分析,分析内容如下:(1)数据质控;(2)单倍型基因组组装(共组装2套)(组装、组装结果评估);(3)HIC辅助基因组拼接,比对参考基因组,将组装得到的Contig挂载到染色体,挂载率>90%;(4)基因组注释基因组注释(重复序列注释、基因结构注释、基因功能注释、ncRNA注释);(5)比较基因组学分析(基因家族分析、系统进化分析);(6)单倍型基因组特有分析、亚基因组结构变异分析、亚基因组不对称进化分析(Ka/Ks差异分析)等位基因表达偏岐分析;4、1)供应商样本提取合格率≥98%,对于DNA提取不合格样本,提取到合格为止。2)供应商针对检测合格后的样品(样本总量≥ 100ng),搭配自动化建库仪器,通量做到1人/4H/96个样本。3)供应商拥有自主nanopore测序仪并服务过使用 (略) 测序的用户,并发表过文章。 |
售后服务 | 7×24小时技术支持,服务响应时限:反馈问题后2小时内; |
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