小鼠10x单细胞转录测序更正
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小鼠10x单细胞转录测序更正
| 项目编号 | BA* | 项目名称 | 小鼠10x单细胞转录测序 |
|---|---|---|---|
| 经办人单位 | (略) （白求恩第 (略) ） | 经办人 | *小博 |
| 预算金额 | *.00 人民币 | 成交金额 | *.00 人民币 |
| 成交供应商 | 广州基 (略) | ||
| 联系地址 | 广东省- (略) - (略) 智港大街15号思科智慧城A5座6楼 | 采购单位 | 吉林 (略) （白求恩第 (略) ） |
| 付款方式 | 服务完毕验收合格后100%付款。 | ||
| 供应商联系手机 | * | 服务时间 | 2025年02月14日 至 2025年02月24日 |
| 服务地址 | 广东省- (略) - (略) 智港大街15号思科智慧城A5座6楼 | ||
| 验收方式 | 以成交单为准，参考相关内容进行验收。验收程序以*方职能部门规定为准。 | ||
| 售后服务要求 | 单细胞项目可以微信建群，包含所有的个性化，直到文章发表，根据你后续数据的实际需要，私人定制化的个性分析，直至文章发表，免费做补充分析及个性化； 1.*方应保证项目如期完成，如因*方过错导致项目迟延或终止时，*方应及时与*方沟通， (略) 理方式。如因*方过错提供的项目成果不符合双方约定时，*方应重新提供。 2.*方应履行以下保密义务： 1）保密内容（包括技术信息和经营信息)：原始资料、 (略) 线、试验报告及与试验有关的资料结果及价格等。 2）涉密人员范围：参与项目所有人员。 3）保密期限：自合同生效日起2年。 4）泄密责任：一切责任由泄密方承担。 3.为方便*方测序数据的使用，*方承诺在最终数据提供后，继续保留数据 3个月，超过3个月，*方不承担保存数据的义务； 4.*方应当保证其交付给*方的研究开发成果不侵犯任何第三人的合法权益。 5.*方不得在向*方交付研究开发成果之前，自行将研究开发成果转让给第三人。 | ||
| 采购材料 | 自主采购评审报告.docx | ||
| 采购品目 | 临床医学研究服务 | 名称 | 小鼠10x单细胞转录测序 |
|---|---|---|---|
| 单位 | 项 | 数量 | 10 |
| 单价 | ￥* | 总价 | ￥* |
| 范围/服务内容及要求 | 1、1、服务内容 1.1合同目标及技术内容 完成 10 个（小鼠)（拉*名)细胞样品10X genomics单细胞转录组_____3"___（3"-V3/5")测序，每批次上机 3 个样品，每个样本产生_100__G数据，并完成相应的信息分析。 1. (略) 线 *方对*方提供的 10 个细胞悬液样品进行检测，样品检测合格后采取 (略) 线进行10X genomics单细胞转录组测序：10X genomics单细胞转录组样品制备――上机测序――生物信息学分析。 1.3生物信息学分析内容 ? 标准信息分析 （需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果) 1.测序数据质控和表达量定量 1) 测序数据基本质控 2) 数据定量 3) 最终鉴定细胞表达量矩阵 2.细胞过滤 1) 过滤前后各样本/分组细胞数据量统计 2) 过滤前后各样本/分组细胞基本信息统计 3.单细胞亚群分类 1) 非正常细胞的进一步过滤（分别对多胞和低质量细胞进行过滤） 2) 细胞亚群分类结果统计 3) 各样本/分组在各细胞亚群细胞数量统计 4) 基因在各个细胞亚群表达量均值统计 5）各亚群相关性分析 6) 细胞与亚群对照表绘制 7) 分类结果可视化 8) 基于已知标记基因的分类效果评估 9) 单细胞亚群鉴定 4.亚群上调表达基因分析 1) 上调表达基因筛选 2) 上调基因表达分布 3) 上调表达基因GO富集分析 4) 上调表达基因KEGG富集分析 5) 上调表达基因DO富集分析（物种限制：人） 6) 上调表达基因Reactome富集分析（部分物种） 7) 上调基因蛋 (略) 络分析 5.GSVA分析 6.转录因子注释（物种必须具备参考基因组和motif序列信息） 7.膜蛋白注释（物种必须具备蛋白序列库） ? 定制化信息分析（请选择需要分析内容) 1.已知表达基因（分子marker或表面标记物)在各亚群表达分布图 2.样本间差异基因分析 1) 差异基因统计 2) 差异基因分布分析 3) 差异基因GO富集分析 4) 差异基因KEGG富集分析 5) 差异基因DO富集分析（物种限制：人） 6) 差异基因Reactome富集分析（部分物种） 3.细胞通讯分析 1) CellphoneDB分析结果（物种限制：人、大鼠、小鼠和植物） 细胞互作分析 配受体对分析 基因集水平的细胞互作（物种限制：人、小鼠） 基因集水平的配受体对（物种限制：人、小鼠） 组间差异分析 2) CellChat分析结果（物种限制：人、小鼠、斑马鱼） 细胞互作分析 配受体对分析 (略) 水平的细胞通讯 通路相关配受体对分析 组间差异分析 4.转录因子分析（物种必须具备参考基因组和motif序列信息） 1) Motif富集结果 2) Regulons鉴定、活性分析、分布特征 3) Regulons差异分析、亚群上调Regulons分布 4) 转录因子- (略) 络互作分析 5.细胞周期分析 1) 细胞周期评估 2) 细胞周期推断 3) 细胞周期上调基因统计 4) 细胞周期上调基因富集分析 6.单细胞CNV分析（限肿瘤） 1) 肿瘤细胞和正常细胞的预测（分别运行inferCNV、copyKAT、can软件） 2) CNV变异阈值判断 3) 单细胞CNV关联统计 4) CNV分布图 7.RNA速率分析（指定比对的参考基因组） 1) 数据统计 2) 动态模型 3) 随机模型 8.WGCNA分析 9.多软件拟时整合分析 1) Monocle2 2) Monocle3 3) PAGA 4) Slingshot 5) CytoTRACE 10.单细胞微生物互作分析（需另外收费） 1) 微生物reads统计 2) 微生物单细胞关联分析 3) 微生物单细胞差异分析 2、各方工作内容及进度安排 2.1*方 1.工作内容：提供合格的细胞样品（建议细胞活性在90%以上)，样品要求详见《基迪奥送样手册》。若寄送冰冻样本，则详细填写在线送样单。在数据建库完成时，填写《样品关系单》。因样品送样单、样品关系单填写不完整或不及时发送造成的检测错误、项目延期等后果，均由*方承担。 2.工作进度及时间安排：本合同签订后5个工作日内，*方以书面、电子邮件或其他形式提供上述技术资料。 2.2 *方 1.*方在完成标记后，对cDNA样品进行检测。 2.项目周期以样品检测合格，且首付款到位后开始计算。*方需在项目周期内（五一、十一等国家法定节假日不计入）完成全部测序及测序 (略) 理工作并向*方提供简化版项目完成报告；在收到*方项目尾款后，向*方提供所有原始测序数据、完整的项目分析结果和完成报告。 3.若在测序 (略) 理中遇到技术障碍，*方应与*方及时沟通，双方沟通时间应从本条第二点中的工作日中扣除。 4.若因样品送样单、样品关系单等需要*方提供的信息不及时发送或信息有误所造成的耽误时间，应从上述第二点中的工作日中扣除。 5.关于上门标记实验服务，广州、南京、 (略) 内免费，重庆、合肥、厦门、广东、四川省内2000 元/次， (略) 域4000元/次，*方将按双方约定时间准时到达指定地点提供上机标记实验服务。自到达时起，服务周期为24小时，如因*方原因导致*方延长服务周期或等待周期，*方将按1000元/24小时加收误工费。另外，因有较高成本和固定消耗，如*方每次只有1个样品，加收2000元/次，2个样品及以上不加收费用。对于检测不合格的样品，如需保存，*方应在收到样品检测报告后7天内与*方联系，并发送《返样单》。如*方逾期未与*方联系或返样单不到位，该不合格逾期样品会在样品检测报告发出后的7天后进行销毁。对于完成测序分析，剩余样本需要返还的项目，*方需要在收到项目完整版结题报告1个月内提出，发送《返样单》，同时支付返样所需的干冰及快递费用。*方逾期未与*方联系或返样单不到位，样本将进行销毁。若*方需要*方保存样品，样本保存收费为2元／管／天，费用从收到完整版结题报告后开始起算。对于不符合*方建库要求，属于风险建库的样品，*方坚持要求进行测序工作，所有费用由*方承担，*方不对测序结果承担责任；如失败后续*方再次送样，需重新支付相关费用。 6.*方在向*方提供项目结果和报告后，原始测序数据保留数据的时间为三个月。 7.数据交付后，*方将基于本项目数据的同一套流程分析结果提供个性化分析服务，直至文章产出。为了促进*方文章尽快产出，数据提交18个月内，*方提供免费的项目咨询服务，超过此期限，将酌情收费。对于分析全部或部分完成后，由于*方原因需要重复流程分析并由此带来的个性分析，*方将重新收费。这些情形包括： 1）*方样本分析单填写错误导致重复分析； 2）*方变更参考基因组重复分析； 3）在项目结果无异常的情况下，*方要求选用不同的分析流程重复分析； 4）*方同一项目的样本设立不同的样本组合进行重复分析； 5）加入本项目外的数据进行重复分析； 6）其它需要重复进入流程分析并由此带来的个性分析； 3、成果交付 *方在项目完成之后向*方邮箱发送结题报告并视为送达；*方在收到结题报告后30天内，如无反馈视为对本项目交付结果满意（*方邮箱以合同*方指定邮箱为准，*方反馈邮箱以*方发送结题报告的邮箱为准)。测序过程中产生的序列文件*.fq和相关生物信息分析结果文件， (略) 络传输或*方自行提供U盘或移动硬盘传输。如果需要*方提供U盘或移动硬盘传输数据，则*方需支付U盘或移动硬盘费用。 *方确保提交符合合同约定（见第一条第1点)的数据量给*方。考虑到生物学实验的不确定性，即在各样本总数据量达标的情况下，每个样本数据量不低于目标数据量的90%，平均Q20≥90%，平均Q30≥80%。若为微生物、*基化建库和10X单细胞测序，则Q20和Q30会在上述基础上下降5%~20%。如果实际测序产生的数据量超出合同约定的数据量，*方将所有下机数据全部提交给*方，*方提交给*方的信息分析结果将基于所有提交给*方的数据。 双方确定，按以下标准及方法对*方完成的研究开发成果进行验收：对于提供的基因组测序深度，测序数据质量，数据分析结果全部达到合同规定标准，并得到*方确认。 | ||
| 吉林大学招标与备案(采购)管理中心 | 设 备 类：林老师: 0431-* 工 程 类：白老师: 0431-* 服务及其他货物：李老师: 0431-* |
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| 项目编号 | BA* | 项目名称 | 小鼠10x单细胞转录测序 |
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| 经办人单位 | (略) （白求恩第 (略) ） | 经办人 | *小博 |
| 预算金额 | *.00 人民币 | 成交金额 | *.00 人民币 |
| 成交供应商 | 广州基 (略) | ||
| 联系地址 | 广东省- (略) - (略) 智港大街15号思科智慧城A5座6楼 | 采购单位 | 吉林 (略) （白求恩第 (略) ） |
| 付款方式 | 服务完毕验收合格后100%付款。 | ||
| 供应商联系手机 | * | 服务时间 | 2025年02月14日 至 2025年02月24日 |
| 服务地址 | 广东省- (略) - (略) 智港大街15号思科智慧城A5座6楼 | ||
| 验收方式 | 以成交单为准，参考相关内容进行验收。验收程序以*方职能部门规定为准。 | ||
| 售后服务要求 | 单细胞项目可以微信建群，包含所有的个性化，直到文章发表，根据你后续数据的实际需要，私人定制化的个性分析，直至文章发表，免费做补充分析及个性化； 1.*方应保证项目如期完成，如因*方过错导致项目迟延或终止时，*方应及时与*方沟通， (略) 理方式。如因*方过错提供的项目成果不符合双方约定时，*方应重新提供。 2.*方应履行以下保密义务： 1）保密内容（包括技术信息和经营信息)：原始资料、 (略) 线、试验报告及与试验有关的资料结果及价格等。 2）涉密人员范围：参与项目所有人员。 3）保密期限：自合同生效日起2年。 4）泄密责任：一切责任由泄密方承担。 3.为方便*方测序数据的使用，*方承诺在最终数据提供后，继续保留数据 3个月，超过3个月，*方不承担保存数据的义务； 4.*方应当保证其交付给*方的研究开发成果不侵犯任何第三人的合法权益。 5.*方不得在向*方交付研究开发成果之前，自行将研究开发成果转让给第三人。 | ||
| 采购材料 | 自主采购评审报告.docx | ||
| 采购品目 | 临床医学研究服务 | 名称 | 小鼠10x单细胞转录测序 |
|---|---|---|---|
| 单位 | 项 | 数量 | 10 |
| 单价 | ￥* | 总价 | ￥* |
| 范围/服务内容及要求 | 1、1、服务内容 1.1合同目标及技术内容 完成 10 个（小鼠)（拉*名)细胞样品10X genomics单细胞转录组_____3"___（3"-V3/5")测序，每批次上机 3 个样品，每个样本产生_100__G数据，并完成相应的信息分析。 1. (略) 线 *方对*方提供的 10 个细胞悬液样品进行检测，样品检测合格后采取 (略) 线进行10X genomics单细胞转录组测序：10X genomics单细胞转录组样品制备――上机测序――生物信息学分析。 1.3生物信息学分析内容 ? 标准信息分析 （需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果) 1.测序数据质控和表达量定量 1) 测序数据基本质控 2) 数据定量 3) 最终鉴定细胞表达量矩阵 2.细胞过滤 1) 过滤前后各样本/分组细胞数据量统计 2) 过滤前后各样本/分组细胞基本信息统计 3.单细胞亚群分类 1) 非正常细胞的进一步过滤（分别对多胞和低质量细胞进行过滤） 2) 细胞亚群分类结果统计 3) 各样本/分组在各细胞亚群细胞数量统计 4) 基因在各个细胞亚群表达量均值统计 5）各亚群相关性分析 6) 细胞与亚群对照表绘制 7) 分类结果可视化 8) 基于已知标记基因的分类效果评估 9) 单细胞亚群鉴定 4.亚群上调表达基因分析 1) 上调表达基因筛选 2) 上调基因表达分布 3) 上调表达基因GO富集分析 4) 上调表达基因KEGG富集分析 5) 上调表达基因DO富集分析（物种限制：人） 6) 上调表达基因Reactome富集分析（部分物种） 7) 上调基因蛋 (略) 络分析 5.GSVA分析 6.转录因子注释（物种必须具备参考基因组和motif序列信息） 7.膜蛋白注释（物种必须具备蛋白序列库） ? 定制化信息分析（请选择需要分析内容) 1.已知表达基因（分子marker或表面标记物)在各亚群表达分布图 2.样本间差异基因分析 1) 差异基因统计 2) 差异基因分布分析 3) 差异基因GO富集分析 4) 差异基因KEGG富集分析 5) 差异基因DO富集分析（物种限制：人） 6) 差异基因Reactome富集分析（部分物种） 3.细胞通讯分析 1) CellphoneDB分析结果（物种限制：人、大鼠、小鼠和植物） 细胞互作分析 配受体对分析 基因集水平的细胞互作（物种限制：人、小鼠） 基因集水平的配受体对（物种限制：人、小鼠） 组间差异分析 2) CellChat分析结果（物种限制：人、小鼠、斑马鱼） 细胞互作分析 配受体对分析 (略) 水平的细胞通讯 通路相关配受体对分析 组间差异分析 4.转录因子分析（物种必须具备参考基因组和motif序列信息） 1) Motif富集结果 2) Regulons鉴定、活性分析、分布特征 3) Regulons差异分析、亚群上调Regulons分布 4) 转录因子- (略) 络互作分析 5.细胞周期分析 1) 细胞周期评估 2) 细胞周期推断 3) 细胞周期上调基因统计 4) 细胞周期上调基因富集分析 6.单细胞CNV分析（限肿瘤） 1) 肿瘤细胞和正常细胞的预测（分别运行inferCNV、copyKAT、can软件） 2) CNV变异阈值判断 3) 单细胞CNV关联统计 4) CNV分布图 7.RNA速率分析（指定比对的参考基因组） 1) 数据统计 2) 动态模型 3) 随机模型 8.WGCNA分析 9.多软件拟时整合分析 1) Monocle2 2) Monocle3 3) PAGA 4) Slingshot 5) CytoTRACE 10.单细胞微生物互作分析（需另外收费） 1) 微生物reads统计 2) 微生物单细胞关联分析 3) 微生物单细胞差异分析 2、各方工作内容及进度安排 2.1*方 1.工作内容：提供合格的细胞样品（建议细胞活性在90%以上)，样品要求详见《基迪奥送样手册》。若寄送冰冻样本，则详细填写在线送样单。在数据建库完成时，填写《样品关系单》。因样品送样单、样品关系单填写不完整或不及时发送造成的检测错误、项目延期等后果，均由*方承担。 2.工作进度及时间安排：本合同签订后5个工作日内，*方以书面、电子邮件或其他形式提供上述技术资料。 2.2 *方 1.*方在完成标记后，对cDNA样品进行检测。 2.项目周期以样品检测合格，且首付款到位后开始计算。*方需在项目周期内（五一、十一等国家法定节假日不计入）完成全部测序及测序 (略) 理工作并向*方提供简化版项目完成报告；在收到*方项目尾款后，向*方提供所有原始测序数据、完整的项目分析结果和完成报告。 3.若在测序 (略) 理中遇到技术障碍，*方应与*方及时沟通，双方沟通时间应从本条第二点中的工作日中扣除。 4.若因样品送样单、样品关系单等需要*方提供的信息不及时发送或信息有误所造成的耽误时间，应从上述第二点中的工作日中扣除。 5.关于上门标记实验服务，广州、南京、 (略) 内免费，重庆、合肥、厦门、广东、四川省内2000 元/次， (略) 域4000元/次，*方将按双方约定时间准时到达指定地点提供上机标记实验服务。自到达时起，服务周期为24小时，如因*方原因导致*方延长服务周期或等待周期，*方将按1000元/24小时加收误工费。另外，因有较高成本和固定消耗，如*方每次只有1个样品，加收2000元/次，2个样品及以上不加收费用。对于检测不合格的样品，如需保存，*方应在收到样品检测报告后7天内与*方联系，并发送《返样单》。如*方逾期未与*方联系或返样单不到位，该不合格逾期样品会在样品检测报告发出后的7天后进行销毁。对于完成测序分析，剩余样本需要返还的项目，*方需要在收到项目完整版结题报告1个月内提出，发送《返样单》，同时支付返样所需的干冰及快递费用。*方逾期未与*方联系或返样单不到位，样本将进行销毁。若*方需要*方保存样品，样本保存收费为2元／管／天，费用从收到完整版结题报告后开始起算。对于不符合*方建库要求，属于风险建库的样品，*方坚持要求进行测序工作，所有费用由*方承担，*方不对测序结果承担责任；如失败后续*方再次送样，需重新支付相关费用。 6.*方在向*方提供项目结果和报告后，原始测序数据保留数据的时间为三个月。 7.数据交付后，*方将基于本项目数据的同一套流程分析结果提供个性化分析服务，直至文章产出。为了促进*方文章尽快产出，数据提交18个月内，*方提供免费的项目咨询服务，超过此期限，将酌情收费。对于分析全部或部分完成后，由于*方原因需要重复流程分析并由此带来的个性分析，*方将重新收费。这些情形包括： 1）*方样本分析单填写错误导致重复分析； 2）*方变更参考基因组重复分析； 3）在项目结果无异常的情况下，*方要求选用不同的分析流程重复分析； 4）*方同一项目的样本设立不同的样本组合进行重复分析； 5）加入本项目外的数据进行重复分析； 6）其它需要重复进入流程分析并由此带来的个性分析； 3、成果交付 *方在项目完成之后向*方邮箱发送结题报告并视为送达；*方在收到结题报告后30天内，如无反馈视为对本项目交付结果满意（*方邮箱以合同*方指定邮箱为准，*方反馈邮箱以*方发送结题报告的邮箱为准)。测序过程中产生的序列文件*.fq和相关生物信息分析结果文件， (略) 络传输或*方自行提供U盘或移动硬盘传输。如果需要*方提供U盘或移动硬盘传输数据，则*方需支付U盘或移动硬盘费用。 *方确保提交符合合同约定（见第一条第1点)的数据量给*方。考虑到生物学实验的不确定性，即在各样本总数据量达标的情况下，每个样本数据量不低于目标数据量的90%，平均Q20≥90%，平均Q30≥80%。若为微生物、*基化建库和10X单细胞测序，则Q20和Q30会在上述基础上下降5%~20%。如果实际测序产生的数据量超出合同约定的数据量，*方将所有下机数据全部提交给*方，*方提交给*方的信息分析结果将基于所有提交给*方的数据。 双方确定，按以下标准及方法对*方完成的研究开发成果进行验收：对于提供的基因组测序深度，测序数据质量，数据分析结果全部达到合同规定标准，并得到*方确认。 | ||
| 吉林大学招标与备案(采购)管理中心 | 设 备 类：林老师: 0431-* 工 程 类：白老师: 0431-* 服务及其他货物：李老师: 0431-* |
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