序号

采购项目名称

采购需求概况

预算金额

（万元）

预计采购时间

（填写到月）

备注

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湖北文理学院附属医院(襄阳市中心医院)妇产科转录组测序分析业务委托

采购内容:380个人的有参二代转录组数据采集和分析技术开发；采购数量:1项；主要功能或目标:构建二代转录组文库，采用MGI2000平台测序，每个样本测序数据量10G，并进行数据质控，对质控合格的数据进行生物信息学分析；需满足的要求:标准分析 1.原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理
2.测序数据产量统计及质量评估
3.比对分析
3.1与参考基因组比对分析
3.2与参考转录本比对分析
3.3样本均一性分析
4.表达水平分析
4.1基因和isoform表达定量分析
4.2基因和isoformPCA分析（限两组或以上样本）
5、表达定量整体质量评估
5.1样本饱和度分析
5.2同组样本间基因和isoform venn图（两个或以上样本）
6、差异表达分析
6.1差异基因和isoform聚类分析（两个或以上样本）
6.2差异表达功能注释及GO、KEGG富集分析（两个或以样本）
6.3差异转录因子分析
7、新转录本预测与注释
高级分析 8、lncRNA鉴定
9、蛋白互作分析
10、gemline突变检测
11、可变剪切分析
12、差异可变剪切分析
13、融合基因分析
个性化分析 14、WGCNA分析
14.1模块构建
14.2模块分析
14.3模块基因表达模式
14.4各模块基因GO富集Fenix
14.5各模块基因KEGG富集分析
15、GSEA富集分析。

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2022-09

无