项目概况

3种雨久花科和8种接合藻纲植物基因组及群体遗传进化分析招标项目的潜在投标人应在华中师范大学招标信息网(http://zb.ccnu.edu.cn)获取招标文件，并于 (北京时间）前递交响应(投标)文件。

序号

采购标的

数量

预算金额

（元）

单位

技术规格、参数及要求

1

雨久花科T2T基因组（1.3G）泛基因组

3

447,000.00

个

1）对提供的3个不同植物组织进行提取并运用Nanopore promethION平台，对DNA进行超长建库（N50:100kb）测序，获得 240Gb（raw data）数据；2）对提供的3个不同植物组织进行提取并运用运用PacBio平台进行CCS（HiFi）测序，测序数据量为6个cell；3）对提供的3个不同植物组织进行提取并进行HIC文库测序，获得100X数据400G，并比对参考基因组，将组装得到的Contig挂载到染色体，挂载率>90%，Hi-C建库测序分析(100X)测序；4）对提供的3个不同植物组织进行基因组组装和组装结果统计分析，基因组连续性评估（N50）, Contig 数目小于50个，至少1-2条染色体达到T2T水平，基因组一致性评估（二代数据、HIFI数据、转录组数据），二代和三代转录组数据、HIFI数据、转录组数据mapping rate>95%，基因组完整性评估（BUSCO），组装、注释BUSCO>95%，基因组准确性评估（QV），基因组准确性QV>40，端粒序列鉴定，着丝粒序列鉴定（已明确着丝粒重复序列特征的物种）；5）对提供的3个不同植物组织进行基因家族鉴定，特有/共有基因分析，进化树构建，物种分化时间计算，基因家族收缩和扩张分析，直系同源基因鉴定，全基因组复制事件预测，共线性分析，组装的基因组与目标物种历史基因组版本进行比较；6）总周期控制在5个月以内，数据质保周期3年。

序号

采购标的

数量

预算金额

（元）

单位

技术规格、参数及要求

1

接合藻纲T2T基因组（1 G）谱系基因组

8

952,000.00

个

1）对提供的8个不同植物组织进行提取并运用Nanopore promethION平台，对DNA进行超长建库（N50:100kb）测序，获得480Gb（raw data）数据；2）对提供的8个不同植物组织进行提取并运用运用PacBio平台进行CCS（HiFi）测序，测序数据量为16个cell；3）对提供的8个不同植物组织进行提取并进行HIC文库测序，获得100X数据800G，并比对参考基因组，将组装得到的Contig挂载到染色体，挂载率>90%，Hi-C建库测序分析(100X)测序，获得800G数据量；4）对提供的8个不同植物组织进行基因组组装和组装结果统计分析，基因组连续性评估（N50），Contig数目小于50个，至少1-2条染色体达到T2T水平，基因组一致性评估（二代数据、HIFI数据、转录组数据），二代和三代转录组数据、HIFI数据、转录组数据mapping rate>95%，基因组完整性评估（BUSCO），组装、注释BUSCO>95%，基因组准确性评估（QV），基因组准确性QV>40，端粒序列鉴定，着丝粒序列鉴定（已明确着丝粒重复序列特征的物种）；5）对提供的8个不同植物组织进行基因家族鉴定，特有/共有基因分析，进化树构建，物种分化时间计算，基因家族收缩和扩张分析，直系同源基因鉴定，全基因组复制事件预测，共线性分析，组装的基因组与目标物种历史基因组版本进行比较；6）总周期控制在5个月以内，数据质保周期3年。