一、项目名称及内容

（一）项目编号：JF-********

（二）项目名称：江西省疾病预防控制中心采购结核杆菌全基因组测序服务项目

（三）项目地点：江西省南昌市

（四）项目内容：采购要求及数量详见附件

（五）预算价格：*****元人民币

（六）评价办法：在满足采购方全部技术要求下所报最低价者为拟中标人。

二、投标人资格条件：

（一）具有独立承担民事责任的能力；

（二）具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度；

（三）具有履行合同所必须的货物和专业技术能力；

（四）有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录；

（五）在经营活动中没有重大违法记录；

三、投标人投标文件须提供

（一）报价单

（二）营业执照复印件，加盖单位公章

以上资料密封后，在启封口加盖单位公章递交。

四、响应文件提交截止时间

2023年3月29日10：00时（北京时间）。

五、联系方式

江西省疾病预防控制中心药品科

联系人：苟忠林

联系电话：0791-********

详细地址：江西省南昌市北京东路555号

六、附件

附件1：采购要求及数量

附件2：结核分枝杆菌全基因组测序技术参数

2023年3月23日

附件1：

附件2：

结核分枝杆菌全基因组测序技术参数

1、测序服务内容

（1）样本提取：取灭活结核分枝杆菌菌液进行超声分散。采用改良版CTAB法提取DNA。

（2）样本质检：Agilent 5400完整性检测，对样本是否满足建库测序要求进行判定。

（3）测序目标：结核分枝杆菌全基因组测序

（4）测序平台：二代Illumina测序平台

（5）测序长度：PE150

（6）测序深度：平均200X

（7）文库类型：微生物小片段文库

（8）数据质量：在样本合格的情况下，平均Q30≥85%

（9）数据产量：1G RawData

2、生信分析服务内容

（1）低质量序列过滤、接头（adapter）序列去除：原始数据(Raw Data)进行去除接头和低质量read的处理，得到有效数据(Clean Data)。

（2）参考序列比对：将Clean Data比对到结核分支杆菌参考基因组H37Rv（NC_******.3）进行测序深度和覆盖度的统计。

（3）变异检测：鉴定突变位点，对突变进行注释，获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel等一系列变异信息。

（4）遗传距离分析：根据每个菌株的突变位点生成突变矩阵，根据突变矩阵生成菌株间SNP距离矩阵。

（5）耐药分析：谱系及耐药突变分析结果。耐药突变频率结果。补偿性突变结果。耐药报告结果。包括：异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮、氨基糖苷类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸、利奈唑胺、贝达喹啉、氯法齐明、德拉马尼17种药物。

进化树构建：通过与结核分枝杆菌参考基因组H37Rv（NC_******.3）进行比对，构建进化树，图形化显示耐药表型。