50个细菌基因组测序以及一种植物的全基因组测序和20个个体重测序采购公告
50个细菌基因组测序以及一种植物的全基因组测序和20个个体重测序采购公告
| 项目名称 | 50个细菌基因组测序以及一种植物的全基因组测序和20个个体重测序 | 项目编号 | ZJLAB-FS-BX******** |
|---|---|---|---|
| 公告开始日期 | 168*****60000 | 公告截止日期 | 168*****00000 |
| 采购单位 | 之江实验室 | 付款方式 | 测序完成给出完整报告后付款100% |
| 联系人 | 中标后在我参与的项目中查看 | 联系电话 | 中标后在我参与的项目中查看 |
| 签约时间要求 | 无 | 到货时间要求 | 无 |
| 预 算 | ******.0 | ||
| 收货地址 | 无 | ||
| 供应商资质要求 | 符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件 | ||
| 采购商品 | 采购数量 | 计量单位 | 所属分类 |
|---|---|---|---|
| 50个细菌完成图测序分析服务 | 1 | 项 | 技术测试和分析服务 |
| 品牌 | 无 |
|---|---|
| 型号 | 无 |
| 品牌2 | 无 |
| 型号 | 无 |
| 品牌3 | 无 |
| 型号 | 无 |
| 预算 | ******.0 |
| 技术参数及配置要求 | 3.1 对核酸进行质检，利用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的纯度和完整性，利用Qubit进行定量质检，合格核酸进行测序。 3.2 通过pacbio平台，采用CLR模式进行测序，测序深度＞100X。 3.3 构建350bp文库，采用illumina平台测序，测序深度＞100X，Q20≥95%，Q30≥90%； 3.4 基因组组装分析 3.4.1 原始下机数据质控。 3.4.2 进行基因组组装：使用Canu软件对reads进行基因组组装，得到能反映样品基因组基本情况的初步的组装结果，然后使用 Racon软件基于三代测序数据对拼接结果进行三轮纠错后，再进行三轮二代 reads 的 Pilon软件纠错，得到最终的组装结果 3.4.3 基因组组分分析：分析样品基因组的成分，包括编码基因、非编码RNA、重复序列、前噬菌体、基因岛、CRISPR等基因组成分的预测 ； 3.4.4 功能注释：针对编码基因序列进行不同数据库的功能注释，包括常用的KEGG、COG数据库、针对病原微生物的数据库； |
| 售后服务 | 4.1 项目完成时间要求样品送到公司后90天内完成4.2 投诉和建议响应时间要求24h内响应投诉或建议，72h内反馈改进方案4.3 提供驻地技术支持上门解答客户相关问题4.4 数据保存及传输要求数据保存6个月，中标公司需提供移动硬盘用于数据传输。在项目完成后5年之内，如果项目结果存在疑义或者不完善的（例如数据分析存在差错、数据量不够），项目委托方对中标公司保留追究责任的权利，并与中标公司协商解决。5. 知识产权该项目中的数据及分析结果全部归本单位所有；中标公司需对项目中涉及的实验材料和资料负有保密责任，未经对方允许，不得向第三方转; |
| 采购商品 | 采购数量 | 计量单位 | 所属分类 |
|---|---|---|---|
| 一个植物denovo测序分析服务 | 1 | 项 | 技术测试和分析服务 |
| 品牌 | 无 |
|---|---|
| 型号 | 无 |
| 品牌2 | 无 |
| 型号 | 无 |
| 品牌3 | 无 |
| 型号 | 无 |
| 预算 | ******.0 |
| 技术参数及配置要求 | 1. 一个植物denovo测序分析服务（基因组大小按照3.8G预估） 进行一个植物基因组DNA样品的提取、质检合格样本进行建库 1.1 三代测序 构建HIFI文库，采用Pacbio Revio平台，进行HIFI reads 测序，要求平均深度达到60x，质量值达到Q30水平 1.2 二代测序 构建350bp文库，采用illumina 平台测序，要求测序深度达100X, Q20≥95%，Q30≥90%，并进行survey分析； 1.3 Hi-C测序 构建Hi-C文库，采用illumina 平台 测序，测序深度不低于150X，测序数据量不低于570G，Q30在85%以上，然后与基因组比对、并进行聚类、排序和定向，锚定至染色体。 1.4 转录组测序 进行6个转录组测序，采用illumina 平台测序，每个样本数据量6G Rawdata数据量，Q20≥95%，Q30≥90%； 1.5 基因组组装分析 开展基因组组装以及染色体挂载工作；包括测序数据质控、contig组装、Scaffold组装、单倍型构建、gap填充、GC-depth分布分析、GC含量分析、测序深度分析、基因区覆盖度评估、基因组SNP统计，RNA序列评估、CEGMA评估、BUSCO评估、Hi-C染色体挂载等； 1.6 基因组注释 1.6.1 重复序列注释：利用同源序列比对的方式，基于RepBase库使用Repeat masker和repeat protein mask 进行重复序列注释；利用从头预测的方法对重复序列进行注释，并且对反转录转座子进行具体分类 1.6.2 基因结构注释：使用Augustus，Glimmer HMM和SNAP等软件对基因结构进行预测 1.6.3 基因功能注释：Swissprot注释、TrEMBL注释、KEGG注释、InterPro注释、GO注释1.6.4 非编码RNA注释：包括rRNA、tRNA、miRNA、snRNA。 |
| 售后服务 | 4.1 项目完成时间要求样品送到公司后90天内完成 4.2 投诉和建议响应时间要求24h内响应投诉或建议，72h内反馈改进方案4.3 提供驻地技术支持上门解答客户相关问题4.4 数据保存及传输要求数据保存6个月，中标公司需提供移动硬盘用于数据传输。在项目完成后5年之内，如果项目结果存在疑义或者不完善的（例如数据分析存在差错、数据量不够），项目委托方对中标公司保留追究责任的权利，并与中标公司协商解决。5. 知识产权该项目中的数据及分析结果全部归本单位所有；中标公司需对项目中涉及的实验材料和资料负有保密责任，未经对方允许，不得向第三方转; |
| 采购商品 | 采购数量 | 计量单位 | 所属分类 |
|---|---|---|---|
| 20个植物全基因组重测序分析服务 | 1 | 项 | 技术测试和分析服务 |
| 品牌 | 无 |
|---|---|
| 型号 | 无 |
| 品牌2 | 无 |
| 型号 | 无 |
| 品牌3 | 无 |
| 型号 | 无 |
| 预算 | *****.0 |
| 技术参数及配置要求 | 2.1 基因组DNA提取，质量符合建库要求，出具提取报告； 2.2 构建350bp小片段文库，符合二代测序的上机要求，出具库检报告； 2.3 基因组重测序，采用illumina 平台测序，每个样本数据量不低于76G Rawdata，出具质控报告，Q20≥95%，Q30≥90%； |
| 售后服务 | 4.1 项目完成时间要求样品送到公司后90天内完成4.2 投诉和建议响应时间要求24h内响应投诉或建议，72h内反馈改进方案4.3 提供驻地技术支持上门解答客户相关问题4.4 数据保存及传输要求数据保存6个月，中标公司需提供移动硬盘用于数据传输。在项目完成后5年之内，如果项目结果存在疑义或者不完善的（例如数据分析存在差错、数据量不够），项目委托方对中标公司保留追究责任的权利，并与中标公司协商解决。5. 知识产权该项目中的数据及分析结果全部归本单位所有；中标公司需对项目中涉及的实验材料和资料负有保密责任，未经对方允许，不得向第三方转; |
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