因工作需要，攀枝花市疾病预防控制中心拟采购细菌全基因组测序服务，本次项目采用最低评标价法方式进行评标，特邀请符合本次采购要求的企业参加该项目的比选。

一、项目基本名称

《攀枝花市疾病预防控制中心细菌全基因组测序服务》采购项目。

二、项目内容

1、本项目采购预算10万元；

2、采购清单：

★三、项目技术要求

（一）细菌全基因组测序技术要求：

1、测序读长：平均测序读长为200～300bp，最长不可超过350bp；

2、数据准确度需Q30（99.9%）>90%；

3、碱基类型分布均匀，无GC分离；平均覆盖度 99.5%以上；提供测序过程中的实时监控报告；

4、原始数据量（碱基数）≥1.5G；

5、基因组覆盖度≥95%，基因区覆盖度≥98%，整体覆盖深度≥100×；确保覆盖度均匀性，避免某些区域覆盖度不足；

6、N50>50kb，N90>10kb；

7、重复序列和结构变异的检测：要求能够识别和报告重复序列和结构变异；

8、数据质量控制报告：要求提供详细的QC报告，包括测序前后的样本质量评估；

9、数据交付和格式：除了FASTQ格式，还应要求提供BAM或SAM格式的比对文件，以及变异检测的VCF文件。

（二）细菌全基因组测序报告内容：

1. 原始数据整理及质量评估:

1.1 下机数据质量控制: 应包括测序平台提供的基本质量评分和覆盖度分布图；

1.2 数据过滤: 应明确过滤标准，如Q20或Q30阈值，以及去除低质量reads和接头序列；

1.3 测序错误率低于1%，且基因组覆盖度的CV（变异系数）不超过10%，确保数据的准确性和一致性。

2. 序列拼接结果:

2.1 基因组序列及其统计: 应提供详细的拼接结果，包括N50/N75值、基因组大小、GC含量等，并与参考基因组进行比较。

3. 基因预测:

需要优化为基因组注释，包括编码区、rRNA、tRNA等非编码RNA的预测，并使用当前认可的数据库和软件进行注释。使用如NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP)等标准化流程。

4. 致病菌毒力因子（VFDB）分析:

应使用最新版VFDB数据库，并提供毒力因子的详细注释和相关风险评估。提供毒力因子和抗性基因的全面分析，包括基因位置、序列和潜在影响。

5. 抗生素抗性（CARD）分析:

应使用最新版CARD数据库，并提供抗性基因的详细信息，包括基因、相关抗性谱和可能的抗性机制。

6. 变异检测分析:

根据约定参考基因组完成突变体分析，交付比对bam文件与突变体原始vcf文件。

7. 原始数据:

云盘、优盘，或通过安全的数据下载平台进行数据交付。

（三）细菌宏基因组测序技术要求：

1、测序读长：平均测序读长为200~300bp，最长不可超过350bp；同时结合长读长技术（如PacBio或Nanopore），以提供至少1,000bp的平均读长；

2、数据准确度需Q30（99.9%）>90%；3、原始数据量（碱基数）≥ 10 G；根据样本的预期微生物多样性和研究目标，提供数据量的计算方法或公式，确保数据量足以覆盖预期的微生物种类和丰度；

4、覆盖度分布的统计数据，确保样本中不同微生物的覆盖度均匀；

5、提供微生物组成分析，包括物种丰富度和多样性指数；

6、提供基于测序数据的代谢通路和功能基因的预测；

7、提供完整的数据质量控制报告，包括测序前后的样本质量评估。

（四）细菌宏基因组测序报告内容：

1. 测序数据统计:

1.1 测序碱基质量值: 应确保Q30或更高标准的比例，Q30>90%；

1.2 测序碱基含量分布: 应确保GC含量的分布均匀，无明显偏差；

1.3 测序质量控制: 应包括每个样本的详细质量控制图表和指标；

1.4 测序数据产出统计: 应提供测序深度、覆盖度和数据量的具体统计。

2. 数据组装:

需要明确组装的指标，如N50、N90值，以及组装的完整性和准确性。

3. 基因预测以及基因集构建:

3.1 gene catalogue 基本信息统计: 应包括基因预测的数量、长度分布等；

3.2 基于基因丰度的样品间相关性和韦恩分析: 应提供样品间基因丰度的相关性分析和多样性指数。

4. 物种组成及丰度分析:

物种聚类分析、丰度聚类热图、降维分析、关联网络分析:应确保使用标准化的流程和最新的生物信息学工具和数据库。

5. 组间差异分析:

Anosim、LEfSe、Metastat、STAMP分析:确保所有组间差异分析具有统计学意义，并提供详细的结果解释。

6. 功能水平分析:

功能注释、数据库注释结果、功能丰度概况、降维分析: 应使用标准化的数据库和流程进行功能注释。

7. 基于功能丰度的组间差异分析:

Anosim、Metastat、STAMP分析:确保统计学方法的适用性和结果的解释。

8. 抗性基因注释:

抗性基因相对丰度概况、组间差异分析: 应使用最新的抗性基因数据库，如CARD和VFDB。

9. 宏基因组binning:

9.1 每个bin的完整性应达到90%以上；污染度应低于10%；

9.2 每个bin的基因组覆盖度应达到50×以上；每个bin内的GC含量应与其代表的微生物种类的GC含量一致；

9.3至少包含90%的已知单拷贝核心基因，如rRNA基因、保守的代谢途径基因等；

9.4通过16S rRNA基因或其他保守基因的比对，确保bin内的序列与参考基因组的一致性；

9.5能够区分至少97%的物种水平的微生物群落成员；

9.6使用当前认可的binning工具和算法，如MetaBAT、MaxBin等；提供手动检查和验证binning结果的服务；

9.7 提供binning结果的可视化展示，如基因组覆盖度图、物种组成图等。

四、比选相关事宜

1、本项目采用最低评标价法进行评标。

2、标注“★”的要求内容为本次比选项目的实质性要求，如不能满足，其投标文件将作为无效处理。

3、比选报价为包干价（采购人不再另行支付根据成交单价以及实际检测株数计算的结算金额以外的其他任何费用）。

★4、报价公司须提供的资质条件：公司营业执照复印件、法定代表人身份证明材料复印件；法定代表人授权书原件及被授权人的身份证复印件。

★5、报价公司须提供的承诺函原件：具有独立承担民事责任的能力；具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度；具有履行合同所必需的设备和专业技术能力；近三年内在经营活动中没有重大违法记录；采购活动前三年内没有行贿犯罪记录；规范投标承诺书。

6、根据项目要求提供相关资料及报价。（需装订成册密封并加盖报价公司鲜章）。

7、比选投标文件递交截止时间2024年7月29日，投标文件可快递至我中心（需用顺丰快递）或递交到攀枝花市疾病预防控制中心办公楼306。

8、联系方式

地址：攀枝花市东区三线大道北段996号

联系人：陈老师，联系电话：0812-*******

攀枝花市疾病预防控制中心

2024年7月22日