安阳工学院申请Discovery Studio-生命科学分子模拟软件项目采用单一来源方式采购，现公示如下：

一、拟定供应商名称、地址

拟定供应商名称：北京创腾科技有限公司

地址：北京市海淀区中关村科学院南路2号融科资讯中心

二、 拟提供货物或服务项目基本情况

项目名称
数量
仪器参数
预算金额

Discovery Studio-生命科学分子模拟软件
1套
详见附件
34.5万元

三、单一来源原因及相关说明

生命科学和药物研究信息数量的迅速增加、计算机与网络技术的飞速发展、理论研究和实践日益紧密的结合，迫切需要理论模拟与实验科学相互结合、相互印证和补充，这一科研方式在生物、药物、化学、环境及材料等领域研究上的意义显著。近时期以来，安阳工学院微生物工程课题组对生命科学分子模拟软件进行了充分的咨询和调研。认为生命科学分子模拟软件对相应实验提供很好的理论指导，减少科研的盲目性，在科研选题及科研过程中有很大帮助，目前也成为新科学探索的必要手段，不但节省科研经费，提高研究效率，同时有助于发表大量高水平研究论文，符合科学研究的发展趋势以及国家节能减排、低碳环保的大政方针的迫切需要。经过相关科研人员对于研究内容、研究方法、研究目标的讨论，我们急需购置一套生命科学分子模拟软件。其中，由美国Biovia制造的Discovery Studio生命科学分子模拟软件具有以下唯一能满足我们需要的软件工具，具体如下：

1、总体情况：目前我们非常重要的研究方向：蛋白/核酸的序列分析、蛋白进化分析、蛋白质三维结构的预测与模拟、蛋白质结构表面电荷分析及pKa值预测、膜蛋白的结构预测与模拟、抗体的设计与分析、蛋白理性设计、虚拟氨基酸突变、二硫键预测、丙氨酸扫描、饱和突变、核酸的设计与模拟、蛋白（核酸）-蛋白（核酸）相互作用、X-ray晶体结构解析等。现非常迫切需要Discovery Studio生命科学分子模拟软件（简称DS软件）指导和辅助实验研究工作，以保证科研工作更加高效快速地进行。DS软件是目前国际上最权威的生物分子模拟软件，该软件提供了全面完善易用的模拟和信息学环境，通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境，DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。在生命科学研究过程中，可以帮助研究者利用分子模拟设计手段从分子层面构建、显示和分析生物大分子和有机小分子的结构模型及其相关性质，与科学实验有机相结合，来研究、解释并解决生命科学领域的各种现象和问题。

2、DS软件是唯一能在同一平台界面环境下提供CHARMm程序、NAMD程序、拉伸分子动力学计算的模拟平台。CHARMm程序由哈佛大学Martin Karplus于1983年开发，并不断发展，目前已发表成百上千的学术文章，学术结果遍布各类科学杂志涵盖材料、生命等多学科。基于Martin Karplus在生物、化学方面模拟的贡献，2013年的诺贝尔化学奖颁发给包括Martin Karplus在内的三位科学家，以表彰Martin Karplus在计算机模拟预测在化学、生物学领域的贡献。CAHARMm亦是该类工具中唯一获得诺贝尔化学的计算程序。另外基于Martin Karplus教授开发的拉伸分子动力学程序SMD，采用CHARMm的方法计算AFM（原子力显微镜）函数，可以利用拉伸分子动力学研究时间尺度更广的生物学过程。同时，NAMD是快速模拟大分子体系的分子动力学程序，可以更加快速的研究生物大分子体系的生物学行为。

3、DS软件是唯一能在平台界面环境下实现MODELER同源建模功能的软件。MODELER程序，至今已被学术论文引用了8000多次，是同源模拟的行业标准程序，准确性和业内认可度极高。DS软件在此基础之上是唯一可以提供抗体模建全方位解决方案的模拟平台，包括全长抗体结构建模、Fab区结构建模、Fv区结构建模、抗体CDR区结构优化等功能。同时内置抗体模板数据库，可以帮助实现抗体人源化。并且具有独特的批量抗体建模流程，可以快速的、批量的对抗体结构进行构建和优化。针对于膜蛋白的同源建模，DS可以实现隐形膜环境的添加，同时基于GBMV、GBSW、GBIM等算法，考虑隐形的溶剂模型，对膜蛋白进行结构优化。

4、DS软件是唯一能在同一平台界面环境下提供ZDOCK程序、ZRANK程序、RDOCK程序的软件。ZDOCK是商业软件中业内认可度和使用率最高的大分子对接程序。ZDOCK程序可以实现生物大分子之间结合模式的预测，包括蛋白质-蛋白质、抗体-抗原、蛋白质-DNA、蛋白质-多糖等结合模式的分析。ZRANK程序考虑范德化相互作用、静电相互作用、去溶剂化能对生物分子之间的结合模式进行打分。RDOCK程序可以对生物大分子之间结合模式进行柔性优化。并且内置了表位分析程序，可以考虑氢键、疏水、卤键、盐桥、静电等非键相互作用，对生物分子结合的表位进行预测和分析。

5、DS软件唯一能在同一平台界面环境下研究虚拟氨基酸突变功能的软件。DS是唯一可以进行蛋白质氨基酸单点突变、双点突变、三点突变、及多点突变的模拟平台。同时可以考虑实验突变的温度、PH值、离子强度等因素，对蛋白质进行丙氨酸扫描、饱和突变等。DS进行虚拟氨基酸突变时，同时考虑范德化作用、静电作用、溶剂化作用及熵变，分析突变对蛋白复合物亲和性以及蛋白稳定性的影响，因此DS软件是可以帮助我们快速高效的进行蛋白质理性设计的最佳工具。

6、DS软件唯一能在同一平台界面环境下研究蛋白质二硫键的预测软件。在蛋白质内部引入二硫键是提升蛋白质稳定性的一种方法，然而稳定的突变位点不仅仅由空间距离决定。稳定的二硫键之间除了有比较好的空间立体距离，还包括其它的一些因素，比如立体位阻、氨基酸埋藏深度等因素。DS进行蛋白质二硫键预测时可以独特考虑以下因素，比如空间立体距离、立体位阻、可溶剂表面积、氨基酸埋藏深度、体积改变、序列间隔、温度因子变化等。

在以上基础上DS软件可以支持Windows/Linux系统和个人电脑，界面友好、可定制且呈多视窗交互式，操作简便，易于使用；支持服务器-客户端模式，使得我们科研人员能够最方便且最大限度地实现计算资源共享。同时，DS软件建立在最新的流程管理平台Pipeline Pilot? (简称PP)基础上的DS让数据的共享和交流变得更为方便和简洁；DS中的部分功能流程(protocols)可以在PP中进行编辑和组合，然后重新导入DS中使用，并且还可以通过web形式共享；同时，PP还为使用者整合自己的或第三方的软件工具提供了接口。DS可以基于网页形式在后台对不同用户进行管理。

我们通过长期细致地考察、在国内同行间进行了解和调研，对市场上类似软件进行了比较分析，了解国内同行的使用情况和售后服务情况，并征求国内同行相关专家的建议，认为北京创腾科技有限公司提供的美国Biovia公司的Discovery Studio生命科学分子模拟软件是功能完善、信息全面、计算方法得到专业性公认的软件，同时又是易用性最好的国际知名商业软件，是最能够满足我们科研需求的软件和工具。

并且，北京创腾科技有限公司是美国Biovia公司在中国的唯一代理，在技术支持和服务上，有经验非常丰富的专业人员，而且在市场上具有良好的口碑，与全国500多家高校等科研院所合作的成功经验。

综合上述的科研需求，根据调研结果，所以需要单一来源采购。

公示期限从2016年8月19日至2016年8月26日止。

潜在政府采购供应商对内容有异议的，请于公示期满后2个工作日内以实名书面（包括联系人、地址、联系电话）形式将意见反馈至市财政局采购监督管理科（联系地址：安阳市文峰区富源街2号，联系人：李宇光，联系电话：****-*******）、安阳工学院（联系地址：安阳市黄河大道，联系人：陈彦涛，联系电话：137*****902）和安阳市政府采购中心（联系地址：安阳市文峰区市民之家四楼，联系人：郑璀，联系电话：****-*******）。

二〇一六年八月十九日