广西药用植物园关于“辅助决策知识库”开发服务项目采购的公告第二次公告
广西药用植物园关于“辅助决策知识库”开发服务项目采购的公告第二次公告
广西药用植物园关于“辅助决策知识库”开发服务项目采购的公告(第二次公告)
发布时间:2024年08月21日 来源:广西药用植物园
广西药用植物园关于“辅助决策知识库”开发服务项目采购的公告(第二次公告)
广西药用植物园因科研工作需要,拟对“辅助决策知识库”开发服务项目进行采购。于2024年8月13日发布了采购公告,但因递交响应文件的供应商不足三家,采购失败。现进行第二次采购公告(采购需求有调整),有关事项公告如下:
一、采购项目名称
“辅助决策知识库”开发服务项目
二、预算金额
38万元(含税)
三、采购需求主要内容
在指定的30个权威公开生物医学数据库获取所有数据信息,再将获取到的数据进行清理,整合,转换,最终通过数据库设计、存储与部署,创建形成新的辅助决策知识库,并且基于辅助决策知识库做生物信息学分析。项目在质保期内,若源数据库信息产生更新,则需同步更新至该辅助决策知识库。
四、具体需求参数
1.需要整合超过5万个基因/蛋白信息(包括基因信息,分子通路,分子功能以及蛋白相互作用关系);
2.超过5000个中药及分子信息(包括中药成分及靶点关系、中药毒理信息、中药肝损伤信息和中药代谢信息);
3.超过50万个西药/化合物及分子信息(包括西药及靶点关系、化合物及靶点关系,药物肝损伤和药物副作用信息);
4.超过2万个疾病表型及分子信息(包括疾病信息和疾病-基因关系);
5.需要结合实体抽取和关系抽取等自然语言处理技术,以及实体和概念对齐,实体映射等知识融合技术,实现生物医学知识的抽取,对齐和融合,形成数据库。
6.具体到各个源数据库包含的实体类型,关系类型以及数据量都有所差别,因此实际数据量无法确定,暂按每个数据库中能找到的数据及数量进行参考。
7. 响应时间:数据库查询响应时间≤5s;
8. 操作系统和硬件平台支持:确保数据库系统能够在不同的操作系统(包括Windows、Ubuntu和CentOS系统)和硬件平台上(CPU内核数量不小于4,内存不小于16G,存储不小于1T)运行。
9. 数据格式和接口兼容性:确保数据库能够处理各种数。据格式和接口,包括但不限于SQL标准、API接口等。
10. 数据库类型:结构化数据库MySQL,其中结构化数据存储到MySQL数据库,格式为.sql文件;非结构化数据以文本形式存储,格式为文本.txt等。
一级类别 | 二级类别 | 数据库 | 数据量(参考值) |
基因/蛋白 | 基因信息 | 基因数据库NCBI Gene | *****个基因 |
分子通路/ 分子功能 | 分子通路数据库KEGG | 305个通路 | |
分子功能标注数据库COG | 4600个COGs | ||
分子功能标注数据库GO | *****个GO条目 | ||
蛋白相互作用关系数据 | 蛋白互作数据库STRING11 | ****** PPIs(Score>700) | |
蛋白互作数据库BioGRID | 8***** PPIs | ||
蛋白互作数据库HI_union | ***** PPIs | ||
蛋白互作数据库IntAct | 7600 PPIs | ||
中药 | 中药、成分、靶点、疾病及其关系 | 中药分子信息数据库SymMap | |
中医药百科全书数据库ETCM | 1800个草药,*****个成分,1040个靶点以及它们之间的关系 | ||
本草组鉴数据库HERB | |||
中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP | 449个中药,*****个成分,以及它们之间的关系 | ||
中药分子信息数据库TCMBank | |||
中药分子靶点数据库HIT2.0 | 1100个中药,1100个成分,2000个靶点以及它们之间的关系 | ||
中药分子靶点数据库BATMAN | 8300个中药,*****个成分,9500个蛋白以及它们之间的关系 | ||
中药毒理 | 中药系统毒理学数据库TCMSTD | 242个中药,4100个成分,210个有毒成分,2300个靶点,以及它们之间的关系 | |
中药肝损伤 | 药物性肝损伤专业数据库Hepatox | 西药,中药和中成药共600余个 | |
中药代谢 | 中药血液吸收成分及代谢物数据库DCABM-TCM | 184个中药,1640个化合物以及它们之间的关系 | |
西药/化合物 | 药物及靶点 | 药物靶点数据库DrugBank | 5200个药物,2100个靶点以及它们之间的关系 |
药物靶标数据库TTD | *****个药物,3600个靶点以及它们之间的关系 | ||
配体受体数据库GLASS | 51余万化合物靶点关系 | ||
药物分子靶标数据库BindingDB | 5*****余化合物,2600余靶点以及它们之间的关系 | ||
化合物及靶点机制 | 化合物数据库ChEMBL | 230余万化合物,*****余靶点以及它们之间的关系 | |
比较毒物基因组库CTD | |||
药物肝损伤 | 药物肝损伤数据库LiverTox | 560个药物 | |
药物副作用 | 药物副作用资源数据库SIDER | 1000药物和920个疾病表型以及它们之间的关系 | |
疾病/表型 | 疾病信息及分子机制 | 疾病分子信息数据库SympGAN | |
疾病基因关系数据库DisGeNet | *****个疾病和8500个基因以及它们之间的13余万关系 | ||
疾病分子信息数据库OMIM | 6200个疾病表型和*****个基因信息 | ||
疾病分子信息数据库MalaCards | *****个疾病及其基因信息 |
六、报价资料(文件名称格式请命名“辅助决策知识库”开发服务项目报价—司(xx万元),按顺序排版PDF,每页加盖公章)。
(一)封面:报价项目名称、报价公司、联系人及电话;
(二)营业执照副本扫描件(原件备查);
(三)公司法定代表人身份证明,授权委托人的授权委托书及身份证扫描件(原件备查)。企业信誉状况良好,自成立以来三年内无违法记录。
(四)开发服务内容及报价(含税)。
七、报价要求
报价时间:2024年8月21日起至8月26日12:00截止。
报价方式:网络邮箱报价。
邮箱:gxyyzwykybcg@163.com
联系人:0771-******* 马工
纪检监督电话:0771-******* 朱老师
八、其他说明
本次采购公告发布后,若满足采购要求的报价文件仍不足三家,将从符合采购要求报价的1或2家中以最低价中标的原则选定1个供应商。
广西壮族自治区药用植物园
2024年8月21日
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