序号

项目及品种名称

规格/型号

物资质量技术标准或
服务内容及标准要求

计量
单位

采购
数量

预算单价（万元）

预算
总金额
（万元）

项目名称

78.1

1

多组学检测

转录组学

1. 样本类型：白膜层细胞
2. RNA提取要求：（1）RNA总量要求：每个样本RNA提取量不低于100ng且浓度不低于50ng/μl；（2）RNA完整性要求：RNA的RIN≥4
3. 建库方式要求：普通转录组文库
●4. 测序平台：Illumina Xplus
5.上机模式：PE150测序
6. 数据量及质控要求：（1）数据量要求：每个样本有效数据量≥6 G raw data；（2）下机数据质量要求，Q20＞90%，Q30＞85%，GC分布正常。
7. 生信分析要求
7.1数据质控：对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。
7.2参考基因组比对分析。
7.3基因表达水平分析：样本间基因表达水平的相关性分析、主成分分析、基因差异表达分析。
7.4差异表达基因中转录因子鉴定。
7.5差异基因富集分析：GO、KEGG富集分析。
7.6差异表达基因的蛋白质互作网络分析。
7.7 GSEA分析。
8. 周期要求：30个自然日内交付结果

例

280

0.0405

11.34

2

宏基因组学

1. 样本类型：粪便
2. 样本提取质控要求：（1）DNA提取量要求：单个样本提取DNA总量不低于25ng且浓度不低于5ng/μl
3. 建库方式要求：DNA小片段文库
●4. 测序平台：Illumina Xplus
5.上机模式：PE150测序
6. 数据量及质量要求：（1）数据量要求：每个样本有效数据量≥6 G raw data；（2）数据质量要求，Q20＞90%，Q30＞85%，GC分布正常
7. 生信分析要求
7.1数据质控：对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。
7.2 Metagenome组装。
7.3基因预测及丰度分析：gene catalogue统计、core-pan 分析、基因数目差异分析（异箱图、Venn图/花瓣图）、相关性分析。
7.4物种相对丰度分析：物种相对丰度概况，注释基因数目及相对丰度聚类分析，基于物种丰度的降维分析、Anosim分析、聚类分析、MetaGenomeSeq分析、LEfSe 分析、Random Forest分析。
7.5功能注释及分析：KEGG、eggNOG、CAZy、PHI、VFDB、注释基因数目分析、功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类分析、基于功能丰度的降维分析、Anosim分析、聚类分析、代谢通路比较分析、代谢通路注释基因数目及差异EC分析、MetaGenomeSeq分析、LEfSe 分析。
7.6抗性基因注释及分析：抗性基因丰度概况，抗性基因类型的分布及丰度聚类分析，基于抗性基因丰度的Anosim分析、组间抗性基因数目差异分析、MetaGenomeSeq分析、Lefse分析、抗性基因与物种归属关系。
8. 周期要求：30个自然日内交付结果

例

120

0.0435

5.22

3

非靶向代谢组学

1．样本类型：血浆，尿液，唾液
●2. 色谱仪器平台满足：扫描速率最高12 Hz，分辨率在m/z 200处为140,000，质量范围：50至6000m/z。动态范围＞5000:1；质量准确度:内部：<1 ppm RMS，外部：<3 ppm RMS。灵敏度：全扫描MS：柱上500 fg丁螺环酮S/N 100:1，SIM：柱上50 fg丁螺环酮可获得100:1或更佳的S/N。
3. 检测时间要求：使用内标大于5个，正负离子模式，单个样本检测时长20-30 min。
4. 生信分析要求
4.1数据质控：QC相关性分析、总样品PCA分析；
4.2代谢物定性定量分析，代谢物分类分析；
4.3代谢物通路及分类注释：HMDB注释，LIPID注释，LIPIDMaps等；
4.4差异代谢物筛选：PCA分析、PLS-DA分析、火山图分析、火柴杆图分析、Venn图、箱线图、小提琴图、聚类分析热图、K-Means分析、相关性热图、Z-score分析等；
4.5差异代谢物富集分析：KEGG分类图、KEGG气泡图、KEGG通路图、KEGG调控网络图分析等
4.6GSEA分析及差异代谢物ROC曲线分析（生物标志物筛选）；
4.7代谢组学与宏基因组学关联分析。
5.分析软件及数据库要求
5.1分析软件要求：使用Compound Discover 进行数据分析；
5.2分析数据库要求：利用不少于两个代谢化合物数据库（包含mzCloud、mzVault等）进行搜库鉴定及注释。
6. 周期要求：30个自然日内交付结果

例

620

0.027

16.74

4

DIA定量蛋白质组学

1. 样本类型：血浆
2. 蛋白提取质控要求：每个样本提取获总量不低于10 μg，且浓度不低于1 μg/μl。
●3.质谱仪器平台满足：动态范围单张 Orbitrap 质谱谱图内 >5,000，质量检测范围在40-8,000道尔顿，质量准确度：外标法<3ppm RMS;内标法 <1 ppm RMS，质量分辨率m/z 200 时高达480,000，扫描速率200 Hz。
●4.液相色谱仪满足：最大压力1500 bar (21,750 psi)，流速范围1 nL/min - 100 μL/min，增幅为 1 nL，色谱柱温度范围高于环境温度 5°C 至 80°C。
●5. 采用Top14 Abundant Protein Depletion 中型离心柱方法去除血液中的高峰度蛋白。
6.仪器运行时间要求：单个样品上机时间10-20 min。
7.有设备连续30个自然日以上的稳定测试，且拥有血液大队列样本(n＞300)经验和批次效应处理的方案。
8. 生信分析要求
8.1数据质控：DIA质控报告、鉴定总览统计表格；
8.2蛋白功能注释：功能注释结果Venn图、低丰度蛋白浓度注释分析、组织特异性分泌注释分析、亚细胞定位分析、结构域注释分析、GO功能注释分析、COG功能注释分析、KEGG功能注释分析、转录因子分析等；
8.3定量分析：定量统计结果、PCA分析、重复性分析；
8.4差异蛋白筛选和分析：火山图、差异蛋白浓度注释分析、聚类分析、富集分析（GO、KEGG、结构域、亚细胞定位）、组织特异性分泌注释分析、GSEA分析、互作分析等；
8.5 DIA质控：肽段长度分布、内标iRT检出分析、unique肽段数分布；
8.6蛋白组与代谢组、转录组关联分析。
9. 蛋白鉴定数量要求：合格样品鉴定的蛋白数量不低于2000个。
10.周期要求：30个自然日内交付结果

例

280

0.16

44.8