公示项目名称

华南农业大学1个林木基因组图谱构建及分析项目技术服务

公示项目所属的

科研项目名称及

项目编号

项目名称：黄梁木基因测序及重要功能基因的挖掘（项目编号：穗科创字[2016]172号）

用户单位名称

林学与风景园林学院（需加盖公章）

联系人/电话

彭昌操/ 159*****118 ?

服务费预算

捌拾捌万贰仟元整元人民币（￥882,000.00）

经费卡号

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公示日期

2019年02 月22 日 – 2019 年02月26日? (由采购职能部门填写)

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项目需求

1.根据基因组survey预估情况，林木基因组大小约755 Mbp，为复杂基因组（杂合度0.57%，重复序列比例61.69%，样品存在外源污染，污染比例占基因组0.97%）。乙方将构建20kb文库进行Pacbio测序，整体测序深度不低于100X，测序数据量不低于75.5G；构建一个小片段库（350bp）,二代测序深度不低于50X. 构建一个10X genomics文库，测序数据量不低于180G；同时构建林木光学图谱，测序深度不低于100X，测序数据量不低于90G。针对林木基因组特征，开发基因组分析的软件包NOVO-Neolamarckia cadamba-PCC一套，进行拼接组装。基于林木基因组分析软件NOVO-Neolamarckia cadamba-PCC的开发，承诺基因组组装结果达到如下指标：连续片段ContigN50长度达到1Mb；拼接片段Scaffold N50≥3Mb，并对该基因组进行相关生物信息分析，为提高基因组组装质量，额外增加1个Hi-C测定及染色体组装以及16个样本的甲基化测序。

2.基于illumina技术测序平台，利用双末端测序（Paired-End）的方法，完成100个林木的全基因组重测序工作，平均每个样品测序深度不低于10X，测序数据量不低于8G，总数据量不低于800G，根据 林木 的特点（遗传背景、AT含量、重复序列组成及杂合度等），进行相关生物信息分析。

3.基于illumina技术测序平台，利用双末端测序（Paired-End）的方法，完成 100 个 林木 的转录组测序，每个样品测序数据量不低于6G，总数据量不低于600G。根据 林木 的特点（遗传背景、AT含量、重复序列组成及杂合度等），进行相关生物信息分析。

4.完成高质量的基因组图谱构建、基因组注释、比较基因组及进化分析、重测序样本群体进化分析、次生代谢物等转录组分析以及甲方所要求的所有个性化信息分析，所有信息分析的高质量标准以能发表高水平研究论文为准。

预算测算依据

技术服务费总额：人民币大写捌拾捌万贰仟元整（￥882,000.00），已包含税费。具体费用构成情况如下：

1. 基因组建库测序费用为人民币壹拾伍万元整（￥150,000.00）

2. 基因组组装费用为人民币贰拾伍万元整（￥250,000.00）

3. 基因组注释费用为人民币壹拾伍万元整（￥150,000.00）

4. 比较基因组和进化分析费用为人民币壹拾万零贰仟元整（￥102,000.00）

5. 群体进化建库测序分析价格为人民币壹拾万元整（￥100,000.00）

6. 转录组建库测序分析价格为人民币壹拾叁万元整（￥130,000.00）

一家或以上单位的报价

单位名称：北京诺禾致源科技股份有限公司?报价：? 882000.00元人民币

单位名称：北京新科开源基因科技有限公司?报价：? 900000.00元人民币

单位名称：北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司?报价：950000.00元人民币

推荐承做单位名单

及承做价格

推荐承做单位名单:? 北京诺禾致源科技股份有限公司

承做价格: ?882000.00元

备注

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