服务内容和要求
（一） 服务内容
对动物粪便样本、环境样本等进行宏基因组测序，并对序列进行组装，得到每个样本的微生物多样性和群落结构特征。
（二）服务要求
1、测序要求使用Illumina Hiseq测序平台进行测序，测序读长为2X150bp，进行宏基因组测序。由于本项目是宏基因组测序，因此所建文库为350bp小片段文库，测序质量Q20 ≥ 95%、Q30 ≥90%。
2.宿主过滤（如有宿主基因组污染，请在信息分析执行前提供宿主基因组序列进行污染过滤，否则不进行污染过滤或需额外收取分析费用）
3.各样品Metagenome组装
4.各样品unmapping reads混合组装
5.基因预测及丰度分析
5.1 gene catalogue 基本信息统计
5.2 core-pan 基因分析
5.3 基因数目差异分析(组间基因数目差异箱图、Venn图/花瓣图)
5.4 基因数目的样品间相关性分析
6.物种注释及统计
6.1 物种相对丰度概况
6.2 注释基因数目及相对丰度聚类分析
6.3 基于物种丰度的降维分析
6.4 基于物种丰度的Anosim分析
7.基于物种丰度的样品聚类分析
8．组间差异物种的Metastat分析
9．组间差异物种的LEfSe分析
10．基于物种丰度的Random Forest分析
11.常用功能数据库注释
11.1 KEGG、eggNOG、CAZy
11.2 注释基因数目分析
11.3 功能相对丰度概况
11.4 功能相对丰度聚类分析
11.5 基于功能丰度的降维分析
11.6 基于功能丰度的Anosim分析
11.7 基于功能丰度的样品聚类分析
11.8 代谢通路比较分析
11.8.1 代谢通路比较分析
11.8.2 代谢通路注释基因数目及差异EC分析
11.9 组间差异功能的Metastat分析
11.10 组间差异功能的LEfSe分析
12.抗性基因注释
12.1 抗性基因丰度概况
12.2 抗性基因类型的分布及丰度聚类分析
12.3 基于抗性基因丰度的Anosim分析
12.4 组间抗性基因数目差异分析
12.5 组间差异抗性基因的Metastat分析
12.6 组间差异抗性基因的Lefse分析
12.7 抗性基因与物种归属关系
（三）验收标准
1、60个样本的测序总数据量达到8G以上；30个样本达总数据量达到12G以上；
2、原始数据的测序质量Q20 ≥ 95%、Q30 ≥90%；
3、对各样品及混合组装的结果，采用 MetaGeneMark 软件进行基因预测，得到开放阅读框，去冗余后与microNR比对，运用LCA算法对物种进行注释，采用DIAMOND对基因集进行注释，获得完整的样本微生物多样性信息。
评标方法及标准
1、评标原则
评标活动遵循“公平、公正、科学、择优”的原则。
2、评标委员会
招标方将根据项目的特点依法组建评标委员会，评标委员会负责审标、询标、评审等工作。
3、评分标准
序号 评分因素 分值 评分细则
1 投标报价部分
（20分） 20 满足招标文件要求且投标价格最低的投标报价为评标基准价，其价格分为满分。其他投标人的价格分统一按照下列公式计算：
投标报价得分=(评标基准价／投标价)×20%×100。
备注：根据《政府采购促进中小企业发展暂行办法》（财库[2011]181号）第五条要求，本项目对小型和微型企业报价给予6%的扣除，用扣除后的投标报价参与评审。
2 商务部分（30分） 投标人实力情况 24
1、投标人拥有自有的Illumina测序设备（HiseqX），每提供一台得0.25分，最多得4分。（需提供仪器设备的采购合同或者发票、清单的复印件作为凭证，否则不得分）
2、投标人拥有自有的PacBioSequel测序设备，每提供一台得0.5分，最多得4分。（需提供仪器设备的采购合同或者发票、清单的复印件作为凭证，否则不得分）
3、投标人拥有自有的ION S5 XL SYSTEN基因测序设备，每提供一台得5分，最多得10分。（ 需要确认仪器采购合同名称，是否是购销协议，否则不得分）
4、投标人可提供测序相关专利、自主软件著作权，每提供1个得0.5分，最高得2分。
5、具有ISO13485质量管理体系认证；获得国家高新技术企业证书；获得实验室通过NGS实验室的CAP认证；具备医疗机构执业许可证。提供一种认证证明材料得1分，最多得4分。（须提供相关证明材料复印件为准，并加盖单位公章，否则不得分。）
项目服务经验情况 6 投标人提供2016年以来，承接过的测序项目的证明。每提供一项得1分，最高得6分。（需提供合同关键页复印件等证明材料。）
3 技术服务部分
（50分） 项目实施方案 30
根据各投标人针对本次项目实施和技术方案进行打分：
1、具有有针对性，合理性和可操作性的详细项目实施方案以及工作计划安排合理，得30分；
2、项目实施方案基本符合项目实施需求，工作计划安排基本合理，得15分；
3、项目实施方案不符合项目实施需求，且工作计划安排不得当，得0分。
人员配备计划 6 根据各投标人的人员配备方案进行横向比较：
1、技术人员队伍配备结构合理、经验丰富得6分；
2、技术人员队伍配备结构基本合理、经验较丰富得3分；
3、技术人员队伍配备简单，基本无经验的得1分。
（提供以上人员的身份证、学历证书、简历等证明材料复印件作为考评依据，否则不得分）
技术要求响应情况 5 完全响应招标文件的技术要求，得5分；每有一项负偏离的扣1分，扣完为止。
服务保障 9
有专门售后体系及负责团队，售后服务承诺能够充分满足招标人的需求，绝对保证数据安全。
1、优秀标准：能按照标人的需求提供详细的数据资料，提供项目后续研究所需数据、信息深度挖掘和分析等服务，得满分9分。
2、良好标准：能按照标人的需求提供详细的数据资料，提供项目
后续研究提供数据信息整理等服务，得分5分。
3、一般标准：能按照标人的需求提供详细的数据资料，不提供后续研究所需数据、信息咨询等服务，得分1分。
合计 100