单细胞和空间测序技术服务（ZBZXFB2022031）成交结果公告

招 标 正 文
 

单细胞和空间测序技术服务（ZBZXFB2022031）成交结果公告

项目名称单细胞和空间测序技术服务项目编号ZBZXFB*******
公告开始日期167*****57000公告截止日期167*****00000
采购单位四川大学付款方式请查看比选文件
联系人中标后在我参与的项目中查看联系电话中标后在我参与的项目中查看
签约时间要求成交后5个工作日内到货时间要求成交后3个工作日内
预 算******.0
收货地址四川大学华西校区成都市人民南路三段17号
供应商资质要求

符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件

采购商品采购数量计量单位所属分类
10X Genomics单细胞测序18个其他服务行业
品牌-
型号-
品牌2无
型号无
品牌3无
型号无
预算*****.0
技术参数及配置要求1)细胞活性:＞85%(如抽取细胞核,该指标<5%)；2)结团率:＜15%；3)细胞浓度范围:700~1200cells/μl；4)细胞直径范围:<40μm(如抽取细胞核,该指标<15μm)；5)有核率:＞70%；6)cDNA峰形呈正态分布状,介于500bp-8000bp,主峰＞1300bp；7)DNA文库浓度≥1.5nM；8)文库测序数据量≥100GBase(PE150测序模式)；9)Q30>85％；10)测序数据基因组比对率≥85%；11)目标捕获细胞数浮动范围在20%以内；12)细胞平均reads>20k；13)细胞基因中位数≥1000(如抽取细胞核,该指标≥800)；14)线粒体基因比率<25%的细胞占比70%以上；15)鉴定的细胞类型正常，包含组织实质细胞和免疫细胞等类群A．标准分析内容：a、测序数据质控：各个样本测序数据质控（reads数、测序饱和度等）与Cell Ranger分析结果质控;b、各个样本数据比对（细胞数目统计、reads基因组比对率等）和多样本数据合并（基因表达定量）c. 细胞基因数、UMI数、线粒体基因表达过滤：单细胞亚群分类与分类结果可视化包括细胞过滤、单细胞亚群分类（各亚群单个细胞基因中位数、各样本在各亚群数目统计）、分类结果可视化（聚类分析可视化tSNE图）、样本/Cluster细胞构成比例分析d、细胞类型定义：SingleR定义细胞类型(参考)、细胞定义t-SNE聚类可视化e、Marker基因分析及展示：Marker基因（上调基因）筛选、Marker基因热图、各细胞cluster Top10 Marker基因小提琴图、各细胞cluster Top10 Marker基因Feature plot图、各细胞cluster Top10 Marker基因Dot plot图。f、细胞Cluster基因差异分析：不同Cluster间差异基因火山图、不同Cluster间基因表达MA图g、样本间基因差异分析：相同细胞Cluster样本间基因表达差异分析、GO富集、KEGG富集、基因火山图、表达MA图h、功能富集分析：各细胞cluster上调基因GO功能富集分析、KEGG功能富集分析i、目标细胞群体亚聚类：细胞群体sub-cluster聚类、t-SNE聚类及可视化、Marker基因（上调基因）筛选、整体Marker基因热图、sub-Cluster Top10 Marker基因小提琴图和Dot plot图、sub-Cluster间上调基因GO富集和KEGG富集、sub-Cluster间上调基因j、拟时序分析：细胞state轨迹分布分析、细胞cluster状态轨迹分布分析、细胞拟时序分布轨迹分析、拟时序轨迹分布相关TOP50基因分析及可视化、拟时序轨迹分布特定基因（默认top6）分析及可视化B．高级分析内容：RNA速率（RNA velocity）分析、细胞受体配体互作分析、细胞周期分析、GSEA功能富集分析、GSVA功能富集分析、Cluster/cell/sample间相关性分析、单细胞-Bulk相关性分析(需要提供RNA-seq数据)、WGCNA分析、差异表达基因TF预测、差异表达基因蛋白互作分析、差异表达基因相关性网络分析、差异表达长链非编码RNA(lncRNAs)分析、差异表达lncRNAs转录因子预测、蛋白互作分析及相关性网络分析、不同组织的相同细胞类型之间编码基因、lncRNAs表达及相关性分析、单细胞CNV分析等。C.定制化分析内容：a、设置专门的服务团队对客户进行针对性分析服务，24小时内响应客户数据分析需求;b、提供邮箱、电话、微信群、线上线下会议等多种方式进行沟通和数据分析探讨;c、根据客户样本特性和数据质量，制定针对性的细胞、基因数据质控和过滤参数;d、根据客户目标，共同探究文章框架，构思文章主旨，合理安排分析结果;e、利用公司单细胞测序行业专业优势，及时掌握领域研究进展和情报，遇到严峻竞争事态时，向甲方提供预警和差异化研究方案;f、结合公司已有的领域知识和单细胞数据分析经验，对个性化数据分析结果进行解读研判，并制定下一步数据分析方案;g、对于文章投递过程中审稿人的提问及时协助解答，对于补充数据分析按要求进行数据分析并及时提供分析结果;h、免费进行其它合理的定制化数据分析，服务至文章发表
售后服务所有分析及个性化需求
采购商品采购数量计量单位所属分类
10X Genomics Visium空间转录组测序6个其他服务行业
品牌-
型号-
品牌2无
型号无
品牌3无
型号无
预算*****.0
技术参数及配置要求1)RNA质量: RNA完整无降解，RIN值≥7，RNA总量大于500ng，满足后续实验要求；2)组织形态：组织大小：长×宽 ≤ 6.5mm×6.5mm，组织切面形态完整、无断裂、无冰晶；3)cDNA质控：cDNA片段长度：200-9000bp；主峰在600-1000bp之间；4)文库质控：文库峰形位于250bp-1500bp之间；主峰在400-500bp之间；5)文库测序数据量≥100GBase(PE150测序模式)；6)Q30>85％；7)测序数据基因组比对率≥85%；8)spot基因中位数≥1000；9)空间分布的细胞类型正常，包含组织实质细胞和免疫细胞等类群A．标准分析内容：a、测序数据质控：各个样本测序数据质控（reads数、测序饱和度等）与Space Ranger分析结果质控;b、各个样本数据比对（spots数目统计、reads基因组比对率等）和多样本数据合并（基因表达定量）;c、多样本整合分析：采用Space Ranger提供的aggr对多个样本的spot 的表达量进行整合分析;c. Spot基因数、线粒体基因表达：对每个spot检出基因数、线粒体数进行统计，进行spots的基因分布可视化，可以评估样本中所有spot基因表达情况；d、空间位置的细胞分群：对基因的表达进行归一化，然后进行PCA降维分析，生成带空间位置标签的细胞聚类图谱，通过细胞marker进行细胞鉴定（或者通过单细胞转录组数据进行细胞映射）；e、Marker基因分析及展示：Marker基因（上调基因）筛选、Marker基因热图、spots cluster Top10 Marker基因小提琴图、spots cluster Top10 Marker基因Feature plot图、spots cluster Top10 Marker基因Dot plot图；f、Spots Cluster基因差异分析：不同Cluster间差异基因火山图、不同Cluster间基因表达MA图;g、样本间基因差异分析：相同spots Cluster样本间基因表达差异分析、GO富集、KEGG富集、基因火山图、表达MA图;h、功能富集分析：各spots cluster上调基因GO功能富集分析、KEGG功能富集分析B．高级分析内容：Spots cluster/spots 细胞类型间的拟时序分析、细胞受体配体互作分析、细胞周期分析、GSEA功能富集分析、GSVA功能富集分析、单细胞转录组-空间转录组关联分析(具有同一份样本的单细胞转录组和空间转录数据)、WGCNA分析、差异表达基因TF预测、差异表达基因蛋白互作分析、差异表达基因相关性网络分析等。C.定制化分析内容：a、设置专门的服务团队对客户进行针对性分析服务，24小时内响应客户数据分析需求;b、提供邮箱、电话、微信群、线上线下会议等多种方式进行沟通和数据分析探讨;c、根据客户样本特性和数据质量，制定针对性的细胞、基因数据质控和过滤参数;d、根据客户目标，共同探究文章框架，构思文章主旨，合理安排分析结果;e、利用公司空间转录组测序行业专业优势，及时掌握领域研究进展和情报，遇到严峻竞争事态时，向甲方提供预警和差异化研究方案;f、结合公司已有的领域知识和空间转录组数据分析经验，对个性化数据分析结果进行解读研判，并制定下一步数据分析方案;g、对于文章投递过程中审稿人的提问及时协助解答，对于补充数据分析按要求进行数据分析并及时提供分析结果;h、免费进行其它合理的定制化数据分析，服务至文章发表
售后服务所有分析及个性化需求

信息来源：https://www.yuncaitong.cn/publish/2022/12/12/20LBK5I0E156K9CP.shtml

标签: 技术服务 单细胞 空间

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