服务名称

服务范围

服务要求

服务时间

服务标准

青稞基因组变异发掘

424份材料进行重测序；二代测序后从中筛选5个材料进行染色体水平测序与组装，以大麦基因组4.5G为参考。

424份材料进行重测序

项目周期：90个工作日

（1）提取+建库；

（2）要求数据不小于50G；

（3）50G数据call SNP+Indel；

（4）利用华大T7平台进行测序。

二代测序后从中筛选5个材料进行染色体水平测序与组装，以大麦基因组4.5G为参考。

项目周期：150个工作日

（1）二代建库；

（2）二代测序，要求50X；

（3）二代survey，做kmer预估；

（4）三代hifi测序，要求30-40X；

（5）Hic建库；

（6）Hic测序，要求100X；

（7）三代转录组80G；

（8）二代转录组，用于辅助注释；

（9）染色体水平的组装

分析内容包括： contig组装+Hi-C挂载+组装结果评估

组装结果评估分析内容：

1.序列完整性评估：BUSCO评估：C值：90%以上代表完整性较好；CEGMA评估：90%以上代表完整性较好；

2.序列一致性评估，reads mapping率和基因组覆盖率，95%以上较好；SNP Calling：纯合SNP 0.01%以下，代表单碱基准确度高；

3.序列准确性评估：QV值一般在50以上非常好，45以上比较好。

（10）注释

其分析内容包括：重复序列注释+基因结构注释+基因功能注释+非编码RNA注释，对重复序列占比，预测出编码基因的个数，可预测到功能的基因比例的统计。

重复序列注释：微卫星序列，小卫星序列，DNA转座子，LTR，LINE和SINE等；

基因结构注释：整合De novo预测，同源预测与RNA-seq预测结果进行基因结构预测；

基因功能注释：基因与数据库比对获得功能预测结果，包括以下数据库：Swissprot，Nr，KEGG，InterPro，GO，Pfam；

非编码RNA注释：rRNA、tRNA、snRNA、miRNA的预测。

分析内容包括：基因家族聚类分析+系统进化分析+物种分歧时间估算+基因家族扩张和收缩分析+正选择分析+全基因组复制分析+基因组共线性分析。