大连海洋大学仿刺参群体重测序服务中标公告

大连海洋大学仿刺参群体重测序服务中标公告


公告概要:
公告信息:
采购项目名称仿刺参群体重测序服务
品目

服务/其他服务

采购单位大连海洋大学
行政区域大连市公告时间2019年12月10日11:31
本项目招标公告日期2019年11月22日中标日期2019年12月10日
评审专家名单丁君、肖坤、刘波
总中标金额¥19.890000 万元(人民币)
联系人及联系方式:
项目联系人陈先生
项目联系电话150*****466
采购单位大连海洋大学
采购单位地址辽宁省大连市沙河口区黑石礁街52号
采购单位联系方式李学鸣 ****-********
代理机构名称中建精诚工程咨询有限公司
代理机构地址大连市高新园区软件园路1A-4号楼20层5号
代理机构联系方式陈先生150*****466

  中建精诚工程咨询有限公司受大连海洋大学的委托,就“仿刺参群体重测序服务”项目(项目编号:ZJJCDL-2019-025)组织采购,评标工作已经结束,中标结果如下:

一、项目信息

项目编号:ZJJCDL-2019-025

项目名称:仿刺参群体重测序服务

项目联系人:陈先生

联系方式:150*****466

二、采购单位信息

采购单位名称:大连海洋大学

采购单位地址:辽宁省大连市沙河口区黑石礁街52号

采购单位联系方式:李学鸣 ****-********

三、项目用途、简要技术要求及合同履行日期:

项目用途:仿刺参群体重测序服务

技术要求:

  1. DNA质量检测

样品浓度:1.7≤OD260/280≤2.2;

样品总量:≥3ug;

电泳检测:主带清晰,无降解或轻度降解。

  1. 平台要求

使用Illumina测序平台进行二代测序,平均每个样品产生10Gb clean data,保证Q30达到80%,并建立350 bp文库,构建高质量的基因组图谱。

  1. 测序数据质检

(1)原始数据统计;

(2)碱基测序质量分布;

(3)碱基类型分布;

(4)低质量数据过滤;

(5)数据质量评估。

1.4生物信息分析

基本内容

完成时间

  1. 质检合格的DNA样品完成二代测序并建立350bp文库,共计260个,过滤后每个样品得到不少于10 Gb数据。

收到样品后,30天完成并提供质检报告。

  1. 获得200,000-300,000个共有的高质量SNP/InDel,利用NJ法构建260个个体系统发育树,并进行群体结构分析和PCA主成分分析。

完成质检后,20天完成SNP/InDel calling和群体结构分析。

  1. 基于以上200,000-300,000个SNP进行遗传多样性分析(π和θ2个指标)和亲缘关系分析(Kinship)。

完成(2)后,10天完成Kinship和遗传多样性分析。

  1. 基于以上200,000-300,000个SNP信息进行LD连锁不平衡分析,依据8个不同地理来源的样品,分成2个组(group)进行选择清除分析,获得受选择区域后对区域内的基因进行GO和KEGG功能注释和富集分析。

完成(3)后,7天完成LD和选择清除分析。

  1. 基于8个不同地理来源的分组进行基因流分析(TreeMix)。

完成(4)后,5天完成基因流分析。

  1. 基于以上200,000-300,000个SNP信息、亲缘关系矩阵进行海参刺性状的2种不同模型的关联分析,并在最高关联度SNP上下游200Kb范围内候选基因。

完成(5)后,13天完成GWAS分析。

  1. 筛选出至少30个与刺参棘刺,抗逆性状连锁的高质量SNP位点,用于MAS育种。

完成(6)后,2天完成SNP位点筛选分析。

合同履行日期:合同签订之日起30个工作日内完成

四、采购代理机构信息

采购代理机构全称:中建精诚工程咨询有限公司

采购代理机构地址:大连市高新园区软件园路1A-4号楼20层5号

采购代理机构联系方式:陈先生150*****466

五、中标信息

招标公告日期:2019年11月22日

中标日期:2019年12月10日

总中标金额:19.89 万元(人民币)

中标供应商名称、联系地址及中标金额:

中标供应商:杭州联川生物技术股份有限公司

联系地址:浙江省杭州下沙经济技术开发区6号大街260号

中标金额:198,900.00元

本项目招标代理费总金额:0.23868 万元(人民币)

本项目招标代理费收费标准:

参照《招标代理服务费管理暂行办法》计价格【2002】1980号文和发改价格【2011】534号文件的有关规定

评审专家名单:

丁君、肖坤、刘波

中标标的名称、规格型号、数量、单价、服务要求:


1、中标标名称:仿刺参群体重测序服务
2、规格型号:服务
3、单 价:198,900.00元/人民币
4、服务要求:详见采购文件

六、其它补充事宜


标签: 重测序 海洋大学

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